PDB-8t32: Crystal structure of K48 acetylated GABARAP in complex with the L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t32

タイトル

Crystal structure of K48 acetylated GABARAP in complex with the LIR of TP53INP2/DOR

要素

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
LIR of DOR

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

Autophagy (オートファジー) / GABARAP acetylation / DOR LIR / TP53INP2 LIR

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction /

GABA receptor binding / cellular response to nitrogen starvation /

phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / microtubule associated complex /

オートファジー /

beta-tubulin binding /

axoneme ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.051 Å

データ登録者

Ali, M.G.H. / Wahba, H.M. / Cyr, N. / Omichinski, J.G.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Autophagy / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of the role of acetylation on the interactions of the human Atg8-family proteins with the autophagy receptor TP53INP2/DOR.
著者: Ali, M.G. / Wahba, H.M. / Igelmann, S. / Cyr, N. / Ferbeyre, G. / Omichinski, J.G.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t32.cif.gz	71.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t32.ent.gz	51.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/8t32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/8t32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t31C 8t33C 8t35C 8t36C 8t4tC 8t2l 8t2m 8t2n C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

B: LIR of DOR

ヘテロ分子

15.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.179, 44.179, 128.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46 分子量: 14127.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O95166
#2: タンパク質・ペプチド	LIR of DOR 分子量: 1528.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 28 % (w/v) PEG 2000 MME, 0.1 M Bis-Tris: HCl, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: 7B2 / 波長: 0.9687 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9687 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.051→30.8 Å / Num. obs: 8486 / % possible obs: 97.31 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.91
反射シェル	解像度: 2.051→2.124 Å / Num. unique obs: 648 / CC_1/2: 0.408

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.051→30.8 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2709	842	10.02 %
R_work	0.2549	-	-
obs	0.2566	8401	97.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.051→30.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1064	0	10	13	1087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1102
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.463	1482
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.94	663
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	153
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	189

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.051-2.1791	0.4253	121	0.393	1058	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1791-2.3472	0.319	138	0.319	1260	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3472-2.5834	0.3718	139	0.3153	1253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5834-2.9569	0.3322	142	0.306	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9569-3.7244	0.2786	145	0.2786	1300	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0522	2.3099	0.1656	3.2897	2.8834	7.6252	-0.6672	-1.4114	-1.1642	-0.0273	-0.3267	0.6065	2.1993	-1.3409	0.097	0.8176	0.0399	0.2733	0.9075	0.2	1.0818	-1.1172	-11.8861	23.1586
2	3.2931	-0.9342	-2.7411	6.0763	-0.5175	7.1886	-0.4596	-1.4566	0.1961	1.9994	0.7535	-0.1909	-0.4276	0.7226	-0.0078	1.0661	0.1445	-0.0636	1.0296	-0.0198	0.5863	10.7041	-7.0993	26.6588
3	7.2233	0.0912	-4.2966	6.9524	-0.9004	9.3649	-0.6579	-0.5375	-0.4432	0.3375	0.1985	-0.171	1.3091	0.4904	-0.1238	0.661	0.205	0.0041	0.6603	0.1035	0.4903	11.4101	-15.0223	12.267
4	2.3523	3.1675	1.084	6.4077	-2.6736	9.6705	-0.2223	-0.5258	-0.0797	-0.1128	0.4194	-0.6022	0.0437	0.8552	0.0251	0.3768	0.0034	0.0389	0.5212	0.0147	0.5254	10.2941	-7.546	8.4596
5	3.3773	0.017	-2.8044	2.3995	-2.4735	4.5448	-0.2226	-0.442	0.2079	0.7131	0.295	0.2208	-0.3331	0.3047	-0.0004	0.6161	0.0884	0.023	0.4916	0.1071	0.5078	5.863	-5.6455	19.1834
6	8.0248	1.2277	-5.4366	2.0009	-8.8925	9.355	-0.021	0.8291	0.197	-2.0666	1.2048	3.926	2.0288	-4.5241	2.1779	0.6914	-0.1292	0.0413	1.0541	0.3179	0.8277	-0.2679	-10.911	2.2761
7	2.6763	-1.5949	0.901	2.5338	-0.7622	2.4303	-0.3336	-1.0349	-0.8793	1.0152	-0.0888	-0.8668	-0.1309	1.6881	0.0221	1.1099	0.2667	-0.1959	1.357	0.173	1.0034	17.8994	-15.966	22.5889

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 35 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 98 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 99 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 111 through 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 30 through 41 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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