[日本語] English
万見
- PDB-8t31: Crystal structure of GABARAP in complex with the LIR of TP53INP2/DOR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t31
タイトルCrystal structure of GABARAP in complex with the LIR of TP53INP2/DOR
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
  • Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / Autophagy / GABARAP selectivity / DOR LIR / TP53INP2 LIR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein localization / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / tissue homeostasis / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / Macroautophagy ...negative regulation of protein localization / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / tissue homeostasis / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / Macroautophagy / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / smooth endoplasmic reticulum / autophagosome membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / beta-tubulin binding / protein targeting / mitophagy / sperm midpiece / autophagosome / ubiquitin binding / PML body / GABA-ergic synapse / microtubule cytoskeleton organization / osteoblast differentiation / intracellular protein localization / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein transport / actin cytoskeleton / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p53-inducible nuclear protein / DOR family / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.096 Å
データ登録者Ali, M.G.H. / Wahba, H.M. / Cyr, N. / Omichinski, J.G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of the role of acetylation on the interactions of the human Atg8-family proteins with the autophagy receptor TP53INP2/DOR.
著者: Ali, M.G. / Wahba, H.M. / Igelmann, S. / Cyr, N. / Ferbeyre, G. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2023年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
B: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2
C: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
D: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2
E: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
F: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2
G: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
H: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2
I: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
J: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,51010
ポリマ－78,51010
非ポリマー00
水2,306128
1
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
B: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7022
ポリマ－15,7022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7560 Å2
手法PISA
2
C: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
D: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7022
ポリマ－15,7022
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7220 Å2
手法PISA
3
E: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
F: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7022
ポリマ－15,7022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7210 Å2
手法PISA
4
G: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
H: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7022
ポリマ－15,7022
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6990 Å2
手法PISA
5
I: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
J: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7022
ポリマ－15,7022
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.898, 95.783, 138.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 11 or resid 13...
21(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...
31(chain E and (resid 2 through 11 or resid 13...
41(chain G and (resid 2 through 11 or resid 13...
51(chain I and (resid 2 through 11 or resid 13...
12(chain B and resid 29 through 41)
22chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 2 through 11 or resid 13...AA2 - 114 - 13
121LYSLYSALAALA(chain A and (resid 2 through 11 or resid 13...AA13 - 3915 - 41
131ILEILELEULEU(chain A and (resid 2 through 11 or resid 13...AA41 - 7043 - 72
141ALAALAGLYGLY(chain A and (resid 2 through 11 or resid 13...AA72 - 9274 - 94
161HISHISVALVAL(chain A and (resid 2 through 11 or resid 13...AA98 - 114100 - 116
211LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...CC2 - 114 - 13
221LYSLYSALAALA(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...CC13 - 3915 - 41
231ILEILELEULEU(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...CC41 - 7043 - 72
241ALAALAALAALA(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...CC7274
251HISHISVALVAL(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...CC98 - 114100 - 116
311LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 2 through 11 or resid 13...EE2 - 114 - 13
321LYSLYSALAALA(chain E and (resid 2 through 11 or resid 13...EE13 - 3915 - 41
331ILEILELEULEU(chain E and (resid 2 through 11 or resid 13...EE41 - 7043 - 72
341ALAALAGLYGLY(chain E and (resid 2 through 11 or resid 13...EE72 - 9274 - 94
351LEULEUTYRTYR(chain E and (resid 2 through 11 or resid 13...EE94 - 9596 - 97
361HISHISVALVAL(chain E and (resid 2 through 11 or resid 13...EE98 - 114100 - 116
411LYSLYSPHEPHE(chain G and (resid 2 through 11 or resid 13...GG2 - 114 - 13
421LYSLYSALAALA(chain G and (resid 2 through 11 or resid 13...GG13 - 3915 - 41
431ILEILELEULEU(chain G and (resid 2 through 11 or resid 13...GG41 - 7043 - 72
441ALAALAGLYGLY(chain G and (resid 2 through 11 or resid 13...GG72 - 9274 - 94
461HISHISVALVAL(chain G and (resid 2 through 11 or resid 13...GG98 - 114100 - 116
511LYSLYSPHEPHE(chain I and (resid 2 through 11 or resid 13...II2 - 114 - 13
521LYSLYSALAALA(chain I and (resid 2 through 11 or resid 13...II13 - 3915 - 41
531ILEILELEULEU(chain I and (resid 2 through 11 or resid 13...II41 - 7043 - 72
541ALAALAGLYGLY(chain I and (resid 2 through 11 or resid 13...II72 - 9274 - 94
551LEULEUTYRTYR(chain I and (resid 2 through 11 or resid 13...II94 - 9596 - 97
561HISHISVALVAL(chain I and (resid 2 through 11 or resid 13...II98 - 114100 - 116
112GLYGLYPROPRO(chain B and resid 29 through 41)BB29 - 411 - 13
212GLYGLYPROPROchain FFF29 - 411 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46


分子量: 14086.176 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O95166
#2: タンパク質・ペプチド
Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2 / Diabetes and obesity-regulated gene / p53-inducible protein U / PIG-U


分子量: 1615.738 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53INP2, C20orf110, DOR, PINH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IXH6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M Na-citrate, 5% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.096→26.253 Å / Num. obs: 37232 / % possible obs: 90.03 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.78
反射 シェル解像度: 2.096→2.171 Å / Num. unique obs: 1455 / CC1/2: 0.222

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.096→26.253 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 2000 5.37 %
Rwork0.197 35213 -
obs0.2005 37213 90.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.67 Å2 / Biso mean: 57.1633 Å2 / Biso min: 22.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.096→26.253 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5242 0 0 128 5370
Biso mean---51.53 -
残基数----624
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2689X-RAY DIFFRACTION6.842TORSIONAL
12C2689X-RAY DIFFRACTION6.842TORSIONAL
13E2689X-RAY DIFFRACTION6.842TORSIONAL
14G2689X-RAY DIFFRACTION6.842TORSIONAL
15I2689X-RAY DIFFRACTION6.842TORSIONAL
21B116X-RAY DIFFRACTION6.842TORSIONAL
22F116X-RAY DIFFRACTION6.842TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0963-2.14870.329460.326181230
2.1487-2.20680.37870.3099154156
2.2068-2.27170.35631280.2988223380
2.2717-2.34490.34391460.2872258794
2.3449-2.42870.33221530.2578269999
2.4287-2.52590.32361580.24762768100
2.5259-2.64070.31751570.24012759100
2.6407-2.77980.30831580.21832773100
2.7798-2.95370.30851570.2212782100
2.9537-3.18140.27611580.21012788100
3.1814-3.50090.25821600.19292802100
3.5009-4.0060.23921600.1762834100
4.006-5.04130.20611620.14852847100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31460.4924-0.79281.93941.05391.4330.0701-0.11890.21850.5782-0.35990.4148-0.7417-0.10890.00020.39470.0585-0.01480.4173-0.02810.4033-9.43833.06729.1727
22.32390.07220.01721.90450.61582.9232-0.02060.37670.0034-0.1464-0.07750.2523-0.1709-0.1141-00.2496-0.030.0120.30320.00420.3545-6.7806-5.746916.0576
30.5266-0.7542.13231.1222-3.14688.8488-0.29950.68570.19210.3118-0.15350.4634-0.8528-0.6439-0.31260.1439-0.05440.05850.4497-0.14940.624-17.6453-8.860926.8885
40.1179-0.4199-0.49151.70492.30763.5934-0.1277-0.2546-1.1211-0.15270.12050.08091.52860.99720.03310.5170.05290.0610.3455-0.05470.6165-10.2494-20.076621.1942
50.5303-0.0701-0.29190.2631-0.25320.45270.0642-0.16250.62930.12940.4584-1.2201-0.11961.08890.0020.6320.01720.01930.5195-0.02790.427111.21924.840630.8823
60.5144-0.09670.44761.43650.2090.4224-0.1663-0.48190.31160.9909-0.44560.6115-0.1578-0.3583-0.03920.47220.0697-0.05050.3812-0.05770.54152.464315.996535.208
70.8789-0.21260.14021.3513-0.55420.83260.06950.42450.749-0.4696-0.1434-0.715-0.59230.6022-0.09610.4927-0.0951-0.09690.3355-0.0660.520410.351218.941526.5613
80.95260.9027-1.07031.1621-0.71381.9692-0.4054-0.47980.5258-0.02950.4093-0.3842-0.670.3348-0.0030.4588-0.0348-0.07150.5918-0.06730.532417.509114.540222.6207
91.9079-1.9340.71995.24532.6923.8061.32050.10610.319-1.81090.4935-0.17260.11331.00980.99920.7475-0.26170.03030.6347-0.00370.47319.000719.841816.9263
100.6999-0.755-0.08120.8999-0.26420.9116-0.29890.77180.1735-0.26570.2519-0.25810.02530.62640.00040.3572-0.11520.04930.71210.02890.503316.895713.214113.4454
110.3669-0.0063-0.45960.06480.02890.5771-0.0140.5751-0.1768-0.64280.08980.45060.2904-1.08350.00450.4121-0.07770.00990.37170.0090.44652.967617.494518.4461
120.74160.23430.89650.69180.01481.1044-0.0763-0.0544-0.1340.0898-0.0008-0.148-0.11610.37970.00140.3834-0.0009-0.03520.308-0.02460.36517.045611.578124.9097
130.0786-0.05340.05710.1240.04660.1605-0.2726-1.188-1.4018-0.52590.433-0.6088-0.17740.81170.00460.65560.0115-0.05560.68720.07060.775617.7073.116313.3032
143.3376-2.3092-2.36961.6131.66261.7073-0.99340.02720.80030.08750.7595-0.0018-0.01730.9134-0.02230.7635-0.1824-0.08840.4888-0.0340.687815.273223.268831.237
150.32230.09270.1950.67910.57060.47890.6064-1.3311-0.29720.6685-0.1107-0.40690.88640.92820.02220.35830.0315-0.16230.5244-0.02830.536620.8163-16.020546.4111
161.6879-1.66520.89541.8311-1.35031.6812-0.553-0.05580.4343-0.14180.768-1.04-1.19940.67150.05720.5327-0.2101-0.04010.5047-0.11810.61522.3015-3.17839.6018
172.77520.74671.70371.87681.53722.39330.14140.1048-0.3123-0.2404-0.2501-0.57130.2290.1719-0.0020.2523-0.0557-0.02160.34050.08070.485517.6283-19.511535.9922
180.0793-0.03520.09780.46630.20580.22820.10490.28590.3965-0.0598-0.0436-0.1952-0.27440.24400.2969-0.0070.04140.38250.02680.403514.4703-12.861628.4203
190.11450.0152-0.25630.4960.02470.4386-0.0005-0.1487-0.4714-0.63010.2309-0.02030.7834-0.0163-0.0010.44550.0049-0.05360.34890.06260.446312.6183-23.498428.2784
201.6629-1.9825-0.13522.20010.53593.6121-0.2861-0.2845-0.40340.3550.19330.48181.3103-0.1667-0.02890.4521-0.11440.00760.46520.0780.4556.9139-23.967634.3216
211.21910.42051.0171.0803-0.91672.1376-0.0072-0.3518-0.13380.3976-0.020.06950.1145-0.40130.00030.3666-0.0407-0.01720.40050.0130.366210.4105-14.747639.7027
223.23961.60033.32492.33090.17014.59110.35031.1124-0.8706-0.23460.4226-1.09570.76360.74060.21440.2879-0.08580.07320.4934-0.13940.540322.2663-13.524826.557
230.3309-0.0260.05770.1924-0.2080.2151-0.0047-0.2718-0.09530.0769-0.50020.46490.50260.16970.00270.445-0.01320.0160.5861-0.00110.366812.4725-6.591752.4747
240.742-0.2003-1.40832.7878-0.45172.9343-0.2038-0.03830.21780.43720.06470.141-1.3391-2.1566-0.74670.76810.327-0.11670.90330.10320.31590.00091.071549.5862
252.0954-0.76760.70040.6911-0.30240.24570.25090.6810.7448-0.0949-0.41740.1681-0.2231-1.5472-0.09880.27530.2937-0.0730.9139-0.01780.4231-0.5294-5.666859.2473
261.11730.63840.22561.0135-1.22293.16110.3478-0.7256-0.3921-0.0868-0.31740.11010.7083-0.8703-0.0010.5637-0.0314-0.06910.6857-0.04510.47773.6993-12.865965.3788
271.3297-0.26920.11540.57690.48521.5560.3214-0.1814-0.44550.2765-0.34090.1342-0.0085-0.8781-00.6704-0.0834-0.08410.53540.01830.46028.1519-10.0671.7387
284.39972.3011-1.6041.2989-0.92140.65370.1898-0.56690.1934-0.6863-1.06250.3119-2.4143-0.564-0.12111.01480.2357-0.03030.585-0.04180.571.73742.520265.788
290.7096-0.5295-0.90490.52960.45011.15770.2097-0.4666-0.29750.13040.03590.46920.0834-0.9570.00360.58810.0305-0.06640.4402-0.03930.44476.762-1.922659.1614
300.072-0.0110.01460.0917-0.060.0362-0.1867-0.3884-0.9072-0.25160.8818-1.58660.0391-0.10270.00510.7463-0.0079-0.16790.87670.07430.811317.8516-10.505770.904
310.188-0.2304-0.09520.2750.11480.04540.96680.5639-0.4546-0.2537-0.6384-0.789-0.8818-0.27510.01720.5785-0.0998-0.04090.9350.09820.4445-5.0455-10.981758.1547
320.2783-0.13870.2740.1373-0.06980.274-0.71010.0550.6611-0.39410.96650.1289-0.4413-0.10250.00130.840.051-0.17570.53030.06140.911810.993516.160258.8869
333.41141.4389-0.26150.94080.16180.2073-0.30381.72690.4663-1.52030.20090.34730.3092-0.193-0.01161.0711-0.0099-0.07540.68860.10620.373715.720711.952945.8527
343.11950.33181.2922.2856-0.58912.4507-0.26990.28830.2085-0.5953-0.1393-0.0142-0.97950.88380.00060.7807-0.0458-0.06180.6330.13380.610626.385216.301560.732
352.481-1.15720.90633.5435-2.59412.62680.08730.0533-0.1067-0.3812-0.1405-0.0240.15080.21250.00030.5004-0.0278-0.07130.43190.02020.477623.80499.520864.0672
360.00510.17730.05915.3421.70160.54210.05320.90530.1954-0.75430.02-1.3937-0.51290.49310.13750.7675-0.35490.10811.03850.13150.612528.821619.229951.9756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 24 )A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 114 )A25 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 29 through 37 )B29 - 37
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 38 through 42 )B38 - 42
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 11 through 24 )C11 - 24
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 25 through 35 )C25 - 35
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 36 through 56 )C36 - 56
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 57 through 67 )C57 - 67
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 68 through 90 )C68 - 90
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 91 through 98 )C91 - 98
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 99 through 110 )C99 - 110
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 111 through 116 )C111 - 116
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 31 through 39 )D31 - 39
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 1 through 10 )E1 - 10
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 11 through 24 )E11 - 24
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 25 through 47 )E25 - 47
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 48 through 56 )E48 - 56
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 57 through 68 )E57 - 68
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 69 through 90 )E69 - 90
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 91 through 117 )E91 - 117
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 29 through 41 )F29 - 41
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 1 through 10 )G1 - 10
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 11 through 24 )G11 - 24
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 25 through 35 )G25 - 35
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 36 through 68 )G36 - 68
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 69 through 90 )G69 - 90
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 91 through 98 )G91 - 98
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 99 through 110 )G99 - 110
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 111 through 116 )G111 - 116
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 34 through 39 )H34 - 39
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'I' and (resid 1 through 10 )I1 - 10
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'I' and (resid 11 through 24 )I11 - 24
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'I' and (resid 25 through 68 )I25 - 68
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'I' and (resid 69 through 114 )I69 - 114
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'J' and (resid 35 through 39 )J35 - 39

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る