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- PDB-8t33: Crystal structure of K46 acetylated GABARAP in complex with the L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t33
タイトルCrystal structure of K46 acetylated GABARAP in complex with the LIR of TP53INP2/DOR
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
  • Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / Autophagy / GABARAP acetylation / DOR LIR / TP53INP2 LIR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein localization / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / tissue homeostasis / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane ...negative regulation of protein localization / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / tissue homeostasis / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / smooth endoplasmic reticulum / protein targeting / mitophagy / sperm midpiece / autophagosome / ubiquitin binding / GABA-ergic synapse / PML body / microtubule cytoskeleton organization / osteoblast differentiation / intracellular protein localization / protein transport / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / actin cytoskeleton / ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p53-inducible nuclear protein / DOR family / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Ali, M.G.H. / Wahba, H.M. / Cyr, N. / Omichinski, J.G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of the role of acetylation on the interactions of the human Atg8-family proteins with the autophagy receptor TP53INP2/DOR.
著者: Ali, M.G. / Wahba, H.M. / Igelmann, S. / Cyr, N. / Ferbeyre, G. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2023年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
B: Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,56815
ポリマ－15,7432
非ポリマー82513
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area7470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.488, 89.178, 63.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-310-

HOH

21A-463-

HOH

31A-485-

HOH

41A-486-

HOH

51B-114-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46


分子量: 14127.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O95166
#2: タンパク質・ペプチド Tumor protein p53-inducible nuclear protein 2 / Diabetes and obesity-regulated gene / p53-inducible protein U / PIG-U


分子量: 1615.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53INP2, C20orf110, DOR, PINH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IXH6
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 % w/v PEG 3000, 0.2 M Zinc acetate dihydrate, 0.1 M Sodium acetate PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.522 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.522 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→45.87 Å / Num. obs: 39016 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.94
反射 シェル解像度: 1.599→1.657 Å / Num. unique obs: 3866 / CC1/2: 0.961

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.599→45.87 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 3756 9.63 %
Rwork0.1848 35260 -
obs0.1874 39016 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 59.1 Å2 / Biso mean: 20.9786 Å2 / Biso min: 8.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.599→45.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1054 0 25 200 1279
Biso mean--28.1 33.83 -
残基数----125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5995-1.61970.26831390.2338129997
1.6197-1.64110.25611480.25351268100
1.6411-1.66350.24261390.22671317100
1.6635-1.68730.27131290.21291312100
1.6873-1.71250.24461430.21771299100
1.7392-1.76780.22191400.19961306100
1.7678-1.79820.20961420.20591332100
1.7982-1.83090.22931600.2021274100
1.8309-1.86620.21551250.20121317100
1.8662-1.90430.25741350.19071288100
1.9043-1.94570.26151470.19341301100
1.9457-1.99090.21091400.19251326100
2.0407-2.09590.20821370.18341301100
2.0959-2.15760.21761430.17461329100
2.1576-2.22720.24261320.18971309100
2.2272-2.30680.23811450.19051290100
2.3068-2.39920.25631420.19221293100
2.3992-2.50830.2421290.19111319100
2.5083-2.64060.19731400.18621299100
2.6406-2.8060.22051510.19171297100
2.806-3.02260.21391410.17741323100
3.0226-3.32670.21671360.17451304100
3.3267-3.80790.18171490.16911301100
3.8079-4.79670.16891350.14891306100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58060.4045-0.20361.99130.78320.7669-0.2920.24530.0047-0.21410.15160.2556-0.0694-0.3805-0.04920.20150.0537-0.01130.41730.00520.24881.196918.3541-7.0141
22.3162-2.44751.48012.6461-1.63142.9245-0.0764-0.1476-0.45310.26760.33160.7079-0.099-0.65370.77110.16670.05850.09150.17080.04190.20044.926512.98296.1592
31.09770.2229-1.2581.2961-0.08241.45190.02060.0148-0.16020.16610.04670.058-0.0355-0.14650.00170.102-0.0073-0.00110.0799-0.00020.114812.630610.3642-2.2218
42.111-1.21070.0080.86610.50581.7014-0.06220.4806-0.00690.03880.36430.2981-0.0409-0.78460.42190.20280.0213-0.03360.24480.0210.22178.047113.4521-18.3165
50.53910.0331-0.48851.43770.03740.62780.1424-0.1558-0.07710.1676-0.0857-0.08040.06830.01690.00010.1155-0.0074-0.00110.10890.01460.115617.35838.1554-3.0993
61.66570.1681-0.08661.3571-0.55441.5148-0.03790.2205-0.255-0.22120.01680.06920.19980.0332-0.00010.14390.0010.01060.1306-0.01930.14218.553310.2633-17.4016
71.00970.531-0.0420.6824-0.22033.2607-0.0492-0.21430.26790.1123-0.02130.0406-0.51120.03380.07120.1537-0.02550.00110.1077-0.00670.133821.282720.472-8.4955
80.6947-0.8321-0.56282.0431-0.54312.7375-0.0975-0.06130.11660.28440.0658-0.0651-0.36110.0224-0.00840.1439-0.00220.00680.10860.00460.111313.936518.2435-2.2468
90.52090.4332-0.52243.95092.07462.5464-0.25220.25010.1499-0.04880.23211.0511-0.3878-0.8596-0.19520.20170.0510.00960.30280.07280.257914.709424.3792-20.1533
101.52840.4619-0.09750.90560.19371.1698-0.1140.05140.08960.01880.00850.11560.1898-0.1887-0.01680.1402-0.0130.03920.09450.01210.176814.92322.8988-4.056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 24 )A11 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 35 )A25 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 36 through 47 )A36 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 48 through 56 )A48 - 56
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 57 through 79 )A57 - 79
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 80 through 90 )A80 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 91 through 110 )A91 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 111 through 117 )A111 - 117
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 34 through 41 )B34 - 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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