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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8srf | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TRPM2 chanzyme in the presence of Magnesium, ADP-ribose, Adenosine monophosphate, and Ribose-5-phosphate, closed state | |||||||||||||||
![]() | TRPM2 chanzyme | |||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / TRPM2 Chanzyme / Channel-enzyme | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å | |||||||||||||||
![]() | Huang, Y. / Kumar, S. / Lu, W. / Du, J. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Coupling enzymatic activity and gating in an ancient TRPM chanzyme and its molecular evolution 著者: Huang, Y. / Lu, W. / Du, J. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 861.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 133.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 206.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40729MC ![]() 8srdC ![]() 8sreC ![]() 8srgC ![]() 8srhC ![]() 8sriC ![]() 8srjC ![]() 8srkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD![](data/chem/img/RP5.gif)
![](data/chem/img/RP5.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 168252.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-RP5 / |
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-非ポリマー , 5種, 45分子 ![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/APR.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/APR.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-AMP / #4: 化合物 | ChemComp-APR / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-CLR / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TRPM2 chanzyme incubated with Magnesium and ADP-ribose for 10s; ADP-ribose partially hydrolyzed; intact ADP-ribose in MHR1/2 domain; Adenosine monophosphate and Ribose-5-phosphate in NUDT9-H domain; closed state. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 8.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 平均露光時間: 0.02 sec. / 電子線照射量: 49 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1761 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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