PDB-8sr9: Cryo-EM structure of TRPM2 chanzyme in the presence of Magnesium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sr9

タイトル

Cryo-EM structure of TRPM2 chanzyme in the presence of Magnesium

要素

TRPM2 chanzyme

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TRPM2 Chanzyme / Channel-enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium channel activity /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Salpingoeca rosetta (真核生物)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Huang, Y. / Kumar, S. / Lu, W. / Du, J.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL153219	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	NS112363	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	NS111031	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM129547	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coupling enzymatic activity and gating in an ancient TRPM chanzyme and its molecular evolution
著者: Huang, Y. / Kumar, S. / Lu, W. / Du, J.

履歴

登録	2023年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sr9.cif.gz	979.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sr9.ent.gz	770.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/8sr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/8sr9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	40723MC 40721C 40722C 40724C 40725C 40726C 40727C 40728C 40729C 40730C 40731C 40732C 40733C 40734C 8sr7C 8sr8C 8sraC 8srbC 8srcC 8srdC 8sreC 8srfC 8srgC 8srhC 8sriC 8srjC 8srkC 40876 EMDB 未公開エントリ M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (1)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (3)
#201 - 2016年9月
イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase)
類似性 (3)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TRPM2 chanzyme

B: TRPM2 chanzyme

C: TRPM2 chanzyme

D: TRPM2 chanzyme

ヘテロ分子

678 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質	TRPM2 chanzyme / TRPM2 chanzyme 分子量: 168252.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salpingoeca rosetta (真核生物) / 遺伝子: PTSG_05449 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F2UB89
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール分子量: 386.654 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: TRPM2 chanzyme in the presence of Magnesium / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Salpingoeca rosetta (真核生物)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	濃度: 8.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影	平均露光時間: 0.02 sec. / 電子線照射量: 49 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: NONE

対称性

点対称性: C₄ (4回回転対称

)

3次元再構成

解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 199037 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.016	39020
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.898	53372
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.379	5808
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.091	6324
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.011	6880

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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