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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sm1 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANTIBODY 769A9 IN COMPLEX WITH EPSTEIN-BARR VIRUS MAJOR GLYCOPROTEIN GP350 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, W.-H. / Bu, W. / Cohen, J.I. / Kanekiyo, M. / Joyce, M.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Basis For Receptor Engagement And Virus Neutralization Through Epstein-Barr Virus Gp350 著者: Chen, W.-H. / Bu, W. / Cohen, J.I. / Kanekiyo, M. / Joyce, G.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sm1.cif.gz | 338.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sm1.ent.gz | 276.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sm1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8sm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8sm1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8sm0C 2h6oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#2: 抗体 | 分子量: 24115.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#3: 抗体 | 分子量: 23435.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 G
#1: タンパク質 | 分子量: 46895.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 株: B95-8 / 遺伝子: BLLF1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03200 |
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.44 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.60M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 0.5% GLYCEROL, 0.1M SODIUM ACETATE PH5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.285→50 Å / Num. obs: 16984 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 9.09 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.703 / Num. unique obs: 1486 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2H6O 解像度: 3.29→45.78 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.29→45.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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