PDB-2h6o: Epstein Barr Virus Major Envelope Glycoprotein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h6o

タイトル

Epstein Barr Virus Major Envelope Glycoprotein

要素

Major outer envelope glycoprotein gp350

キーワード

VIRAL PROTEIN / GLYCOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

viral envelope / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Chen, X.S.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Epstein-Barr virus major envelope glycoprotein
著者: Szakonyi, G. / Klein, M.G. / Hannan, J.P. / Young, K.A. / Ma, R.Z. / Asokan, R. / Holers, V.M. / Chen, X.S.

履歴

登録	2006年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.0	2021年2月3日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 3.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h6o.cif.gz	125.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h6o.ent.gz	102.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/2h6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/2h6o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5tky-d 6j5a-d 6rd6-d 7nvv-d 1mab-d 2f43-d 5erg-1 3tvw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Major outer envelope glycoprotein gp350

ヘテロ分子

68.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.009, 110.009, 146.129
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

The biological assembly is monomeric

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Major outer envelope glycoprotein gp350 分子量: 50471.156 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 属: Lymphocryptovirus / 株: GD1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9QP87

-
糖 , 14種, 14分子

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-3-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6DManpb1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-3-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f6-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAca1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1a_1-5_2NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-g1_e2-f1_g2-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-i1_g2-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3DGalpb1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpa1-3DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2-3-3-2-2/a3-b1_b3-c1_c3-d1_c6-i1_d2-e1_e2-f1_f3-g1_g3-h1_i3-j1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#7: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3DGalpb1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2-3-3-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-i1_d2-e1_e2-f1_f3-g1_g3-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#8: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1883.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3DGalpb1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,11,10/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2-3-3-4-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-i1_d2-e1_e2-f1_f3-g1_g3-h1_i3-j1_i6-k1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#9: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a3-b1_b3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#10: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b3-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#11: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpb1-6]DManpa1-6]DManpa1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2-2-3/a4-b1_b3-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#12: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1584.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpa1-3DGlcpNAca1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,9,8/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-3-1-3-3-3-4/a4-b1_a6-i1_b3-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#13: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1746.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpb1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpa1-3DGlcpNAca1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/5,10,9/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-3-1-3-3-4-3-5/a4-b1_a6-j1_b3-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e3-f1_g3-h1_g6-i1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#14: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a3-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#15: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.45 M Na/K phosphate pH 6.5, 95 mM MOPS pH 6.5, 0.19 M NaCl, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	200	1
2	200	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	0.98
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.98

検出器

タイプ	ID	検出器
ADSC QUANTUM 315	1	CCD
ADSC QUANTUM 315	2	CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.5→20 Å / Num. all: 12276 / Num. obs: 12276 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度: 3.5→3.8 Å / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
ADSC	データ収集
HKL-2000	データ削減
SOLVE	位相決定
SHELXD	位相決定
SHARP	位相決定
CNS	精密化
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.3684	947	RANDOM
R_work	0.326	-	-
obs	0.3385	12276	-
all	-	12276	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3301	0	1199	0	4500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	0.02
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	0.02

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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