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Yorodumi- PDB-8sic: Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8sic | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral protein / envelope glycoprotein / monoclonal antibody / antiviral / immune system / macaques / Epstein-Barr virus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationhost cell membrane / receptor ligand activity / symbiont entry into host cell / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Human herpesvirus 4 (Epstein-Barr virus) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.76 Å | ||||||
Authors | Joyce, M.G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Kanekiyo, M. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Immunity / Year: 2025Title: Structural basis for complement receptor engagement and virus neutralization through Epstein-Barr virus gp350. Authors: Joyce, M.G. / Bu, W. / Chen, W.H. / Gillespie, R.A. / Andrews, S.F. / Wheatley, A.K. / Tsybovsky, Y. / Jensen, J.L. / Stephens, T. / Prabhakaran, M. / Fisher, B.E. / Narpala, S.R. / Bagchi, ...Authors: Joyce, M.G. / Bu, W. / Chen, W.H. / Gillespie, R.A. / Andrews, S.F. / Wheatley, A.K. / Tsybovsky, Y. / Jensen, J.L. / Stephens, T. / Prabhakaran, M. / Fisher, B.E. / Narpala, S.R. / Bagchi, M. / McDermott, A.B. / Nabel, G.J. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Cohen, J.I. / Kanekiyo, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8sic.cif.gz | 672.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8sic.ent.gz | 563 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8sic.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8sic_validation.pdf.gz | 509.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8sic_full_validation.pdf.gz | 542.7 KB | Display | |
| Data in XML | 8sic_validation.xml.gz | 61.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 8sic_validation.cif.gz | 83.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/8sic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/8sic | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8sefC ![]() 8sgaC ![]() 8sggC ![]() 8sgnC ![]() 8sm0C ![]() 8sm1C C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules AHBL
| #1: Antibody | Mass: 23805.807 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human)#2: Antibody | Mass: 22806.154 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) |
|---|
-Protein / Sugars , 2 types, 19 molecules EG

| #3: Protein | Mass: 46895.230 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human herpesvirus 4 (Epstein-Barr virus)Strain: strain B95-8 / Gene: BLLF1 / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P03200#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Non-polymers , 2 types, 118 molecules 


| #5: Chemical | | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.82 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 18% PEG 8000, 0.22 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 18, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.76→71.43 Å / Num. obs: 51461 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 15.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.76→2.91 Å / Rmerge(I) obs: 1.213 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2338 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: in-house structure of gp350 in a complex with a receptor fragment Resolution: 2.76→71.38 Å / SU ML: 0.53 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.69 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.76→71.38 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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About Yorodumi




Human herpesvirus 4 (Epstein-Barr virus)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation





PDBj




Homo sapiens (human)