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- PDB-8sic: Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sic
タイトルCrystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine
要素
  • (Cy137C02 Fab ...) x 2
  • Envelope glycoprotein gp350
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral protein / envelope glycoprotein / monoclonal antibody / antiviral / immune system / macaques / Epstein-Barr virus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / receptor ligand activity / symbiont entry into host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus major outer envelope glycoprotein / : / : / : / : / Herpes virus envelope glycoprotein gp350, N-terminal A domain / Herpesvirus envelope glycoprotein gp350, N-terminal B domain / Herpesvirus envelope glycoprotein gp350 N-terminal C domain / Herpesvirus Envelope glycoprotein GP350 C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein GP350
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca fascicularis (カニクイザル)
Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Kanekiyo, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-07-2-0067 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Structural basis for complement receptor engagement and virus neutralization through Epstein-Barr virus gp350.
著者: Joyce, M.G. / Bu, W. / Chen, W.H. / Gillespie, R.A. / Andrews, S.F. / Wheatley, A.K. / Tsybovsky, Y. / Jensen, J.L. / Stephens, T. / Prabhakaran, M. / Fisher, B.E. / Narpala, S.R. / Bagchi, M. ...著者: Joyce, M.G. / Bu, W. / Chen, W.H. / Gillespie, R.A. / Andrews, S.F. / Wheatley, A.K. / Tsybovsky, Y. / Jensen, J.L. / Stephens, T. / Prabhakaran, M. / Fisher, B.E. / Narpala, S.R. / Bagchi, M. / McDermott, A.B. / Nabel, G.J. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Cohen, J.I. / Kanekiyo, M.
履歴
登録2023年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cy137C02 Fab heavy chain
B: Cy137C02 Fab light chain
E: Envelope glycoprotein gp350
G: Envelope glycoprotein gp350
H: Cy137C02 Fab heavy chain
L: Cy137C02 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,90625
ポリマ－187,0146
非ポリマー3,89119
水2,090116
1
A: Cy137C02 Fab heavy chain
B: Cy137C02 Fab light chain
E: Envelope glycoprotein gp350
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,34212
ポリマ－93,5073
非ポリマー1,8359
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Envelope glycoprotein gp350
H: Cy137C02 Fab heavy chain
L: Cy137C02 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,56313
ポリマ－93,5073
非ポリマー2,05610
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.047, 71.377, 395.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-620-

HOH

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体 Cy137C02 Fab heavy chain


分子量: 23805.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Cy137C02 Fab light chain


分子量: 22806.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 19分子 EG

#3: タンパク質 Envelope glycoprotein gp350 / Membrane antigen / MA


分子量: 46895.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: strain B95-8 / 遺伝子: BLLF1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03200
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 118分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG 8000, 0.22 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→71.43 Å / Num. obs: 51461 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.76→2.91 Å / Rmerge(I) obs: 1.213 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2338

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house structure of gp350 in a complex with a receptor fragment

解像度: 2.76→71.38 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2949 2611 5.07 %
Rwork0.2455 --
obs0.248 51461 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→71.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12965 0 141 116 13222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65918353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7481897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.810.44411400.44132338X-RAY DIFFRACTION95
2.81-2.860.43941470.41642560X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.920.43171350.40632515X-RAY DIFFRACTION100
2.92-2.980.39281340.37112540X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.050.39531190.34552538X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.130.38561490.33272538X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.210.32851360.29942534X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.310.37421570.29592559X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.410.38011510.28772521X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.540.39561440.3132545X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.680.37181300.3142572X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.840.33491220.26852585X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.050.3111310.23752574X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.30.26041340.21532607X-RAY DIFFRACTION100
4.3-4.630.25491290.19542576X-RAY DIFFRACTION100
4.63-5.10.23141350.17972624X-RAY DIFFRACTION100
5.1-5.840.26221350.21262645X-RAY DIFFRACTION100
5.84-7.350.26571350.22782651X-RAY DIFFRACTION100
7.35-71.380.21271480.19212828X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4617-0.29450.41044.0865-0.24273.8517-0.1299-0.1407-0.02880.2303-0.0267-0.00160.37330.33380.19380.84820.259-0.05150.5158-0.07250.441392.261103.496500.578
20.04611.01270.06591.01510.18046.4307-0.17710.00360.04260.3752-0.2295-0.03830.3058-0.28580.28480.78580.2263-0.0770.4698-0.05860.530292.517110.782508.08
32.0335-5.2436.15727.466-4.06493.7848-1.5461-2.81310.95113.97161.67361.09790.1619-0.90670.20071.81160.17960.15550.97190.00161.225782.961127.997538.873
43.6559-2.4238-3.13153.9612-1.1747.32590.33090.7097-0.8570.0458-0.03890.67280.7798-1.799-0.42021.98610.4375-0.1197-1.01270.1270.575587.329114.48525.026
56.98561.7894-0.23312.39281.43733.9217-0.0972-0.1510.98110.2076-0.08980.4127-0.2473-0.51910.32031.23860.259-0.02040.52530.00090.546986.706119.221529.196
64.5237-2.4505-0.81941.40520.86412.7959-0.3361-0.496-0.8701-0.29620.53780.75621.0739-0.28940.18621.7108-0.0020.04060.5207-0.04130.851184.603110.853533.231
71.32310.1186-2.00185.41622.11687.2394-0.09680.14550.2922-0.39690.16410.0872-0.28040.1156-0.05910.91720.1618-0.16630.4971-0.00350.46994.644126.154494.454
81.49461.1846-1.46911.71311.01995.07410.2229-0.16660.06330.46390.04410.3465-0.6224-0.7132-0.05490.8367-0.0321-0.1830.459-0.05610.618393.799126.679529.917
92.7370.3823-0.24339.02261.4625.97220.96420.13160.784-0.3628-0.7808-0.4709-0.2010.6381-0.17590.7150.00960.10660.473-0.03540.585999.547132.873530.189
102.0058-1.67540.52815.6893-0.07886.54470.1712-0.36020.0789-0.13740.1265-0.47080.17650.1637-0.1870.7789-0.0269-0.01530.3887-0.03350.647498.153128.714533.646
110.9723-1.6793-0.84352.79482.31915.3306-0.1250.1267-0.0668-0.09580.0437-0.0709-0.44720.11040.08930.5515-0.1543-0.00180.6378-0.03140.570887.776114.265453.507
123.3806-3.01261.35914.0053-3.54984.4518-0.0884-0.65190.632-0.50360.5744-1.4208-0.67830.8616-0.16220.619-0.16660.13691.0556-0.25440.6756100.017114.488455.365
132.0847-0.31511.71093.32420.44914.469-0.1237-0.00690.3023-0.06350.3143-0.1072-0.794-0.0675-0.20630.6194-0.1558-0.02680.6492-0.05480.551389.252116.221461.835
144.67090.8061.45455.91191.73445.98-0.4594-0.3245-0.54231.05460.49860.52430.7699-0.57790.00431.04210.02860.13790.79660.03330.540187.58891.704476.411
154.09972.0573-0.75944.81130.45881.2508-0.38180.0777-0.35660.95860.2891-0.10460.75840.0769-0.06590.88730.00570.05590.6761-0.08330.490988.61994.426472.292
16-0.0716-0.37731.36593.64053.07935.8411-0.08830.103-0.0601-0.59060.13790.0871-0.1261-0.2423-0.06110.6951-0.15750.0610.84460.01380.504186.052100.607430.149
17-0.37010.38770.41733.08621.29894.4356-0.16320.0384-0.1280.05510.24870.06050.53730.2308-0.15020.28030.01140.04920.8419-0.04760.739584.41861.771415.616
183.7424-0.5670.97722.5539-0.48085.45070.165-0.3421-0.3653-0.0704-0.0721-0.35910.86080.677-0.23180.41770.12590.1220.7572-0.04470.681293.18560.828410.865
190.04320.18580.3550.1740.19958.3155-0.07410.1074-0.2027-0.03550.13420.04110.6757-0.125-0.16960.38260.02740.03780.7927-0.12170.74784.50761.188405.773
204.4678-2.61470.59334.9350.88533.2967-0.2254-0.01820.32-0.57070.21730.3751-0.7222-0.2065-0.01340.5725-0.0635-0.01550.6953-0.01890.521583.97286.953395.761
211.65031.2925-1.2763.0181-0.84364.8112-0.06390.15980.0433-0.5080.8411-0.458-0.78421.1124-0.58330.3607-0.18110.16310.7278-0.14940.601990.38379.268400.052
220.43531.1446-1.04084.86940.86375.3382-0.03820.0941-0.02150.31560.2266-0.0544-0.13920.1069-0.11360.3190.10410.02540.64960.01580.489484.11474.653441.785
23-0.0161-0.0577-1.5412-0.0130.94367.27080.2142-0.29730.09120.0881-0.26670.2316-0.3549-0.39750.09730.4031-0.1320.01090.7938-0.0260.703486.60871.071366.435
247.01816.3008-5.60276.4187-6.27516.3653-1.79942.8731-0.8013-4.21870.4419-0.47541.2572-0.02920.8391.1218-0.03480.16021.1352-0.15781.010676.50451.138329.492
259.04651.82110.65258.7071.45187.63050.00720.02890.16970.1155-0.21890.76390.1379-0.10160.22210.32780.01430.020.34390.08410.527678.64262.548339.434
266.02970.10932.19549.46731.49867.74450.49590.1012-0.4805-0.69390.1296-0.37551.51970.1129-0.26741.1454-0.0141-0.00720.68840.11260.712392.07243.574370.898
273.2959-1.4441.60381.8274-1.01558.92860.0618-0.2240.47450.0785-0.22240.02610.68680.18840.17040.5216-0.18620.04370.6511-0.05840.540687.70854.559375.906
280.5609-1.59710.02633.90670.4983.82930.1733-0.2055-0.16340.1717-0.15810.21631.1547-0.7774-0.02040.8229-0.43130.04890.8278-0.05120.673986.77250.384374.771
292.3450.6421-0.04431.48422.27683.95270.2626-0.1945-0.08470.4817-0.23560.24940.6496-0.33280.10740.4455-0.01560.0790.3451-0.09730.535184.87949.021340.993
303.6817-3.18042.27876.09260.6613.57010.29240.0068-0.07450.7225-0.327-0.12110.40780.24-0.060.393-0.0728-0.05870.419-0.09220.576587.79250.9338.784
312.44611.588-3.5186.982-3.71472.0078-0.79590.2194-0.1247-0.3116-0.7466-3.20540.8262.63221.06220.60810.19550.02460.6295-0.01130.835196.81446.881331.093
326.1922-0.603-6.48488.8451.88336.82910.545-0.75671.37820.87560.6327-1.9281-0.26321.3796-1.19940.5043-0.0873-0.04780.69020.01321.022695.01353.02341.434
333.3051-0.1401-1.50478.8766-1.70414.73620.05240.07260.4983-0.4353-0.322-0.66330.56030.60330.10640.4567-0.0185-0.06550.4007-0.04070.62390.06649.136335.283
345.2953.2415-2.62546.1938-4.00342.6869-0.23321.0141-0.4385-1.65850.7507-1.27661.0056-2.0998-0.50560.7030.06060.00421.0091-0.03980.7886.13348.225324.121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:83 )A1 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 84:126 )A84 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 127:141 )A127 - 141
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 142:161 )A142 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 162:200 )A162 - 200
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 201:215 )A201 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 1:102 )B1 - 102
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 103:134 )B103 - 134
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 135:155 )B135 - 155
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 156:210 )B156 - 210
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN E AND RESID 6:68 )E6 - 68
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN E AND RESID 69:88 )E69 - 88
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN E AND RESID 89:162 )E89 - 162
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN E AND RESID 163:223 )E163 - 223
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN E AND RESID 224:305 )E224 - 305
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND RESID 306:429 )E306 - 429
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN G AND RESID 7:64 )G7 - 64
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN G AND RESID 65:117 )G65 - 117
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN G AND RESID 118:166 )G118 - 166
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN G AND RESID 167:267 )G167 - 267
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN G AND RESID 268:317 )G268 - 317
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN G AND RESID 318:428 )G318 - 428
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN H AND RESID 1:126 )H1 - 126
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN H AND RESID 127:141 )H127 - 141
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN H AND RESID 142:214 )H142 - 214
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN L AND RESID 1:23 )L1 - 23
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN L AND RESID 24:50 )L24 - 50
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN L AND RESID 51:102 )L51 - 102
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN L AND RESID 103:126 )L103 - 126
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN L AND RESID 127:144 )L127 - 144
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN L AND RESID 145:155 )L145 - 155
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN L AND RESID 156:165 )L156 - 165
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN L AND RESID 166:202 )L166 - 202
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN L AND RESID 203:210 )L203 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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