PDB-8rzi: ZgGH129 from Zobellia galactanivorans soaked with 1,2-diF-ADG (3,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rzi

タイトル

ZgGH129 from Zobellia galactanivorans soaked with 1,2-diF-ADG (3,6-Anhydro-2-deoxy-2-fluoro-a-D-galactopyranosyl fluoride) resulting in a trapped glycosyl-enzyme intermediate.

要素

Conserved hypothetical periplasmic protein

キーワード

HYDROLASE / 3 / 6-anhydro-D-galactosidase Zobellia galactanivorans carrageenan oligosaccharide 3 / 6-anhydro-D-galactose

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5696 / Family of unknown function (DUF5696) / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L(+)-TARTARIC ACID / Conserved hypothetical periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Zobellia galactanivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Roret, T. / Czjzek, M. / Ficko-Blean, E.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Constrained Catalytic Itinerary of a Retaining 3,6-Anhydro-D-Galactosidase, a Key Enzyme in Red Algal Cell Wall Degradation.
著者: Wallace, M.D. / Cuxart, I. / Roret, T. / Guee, L. / Debowski, A.W. / Czjzek, M. / Rovira, C. / Stubbs, K.A. / Ficko-Blean, E.

履歴

登録	2024年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rzi.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rzi.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rzi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rzi_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rzi_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8rzi_validation.xml.gz	113.5 KB	表示
CIF形式データ	8rzi_validation.cif.gz	169.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rzgC 8rzhC 8rzjC 8rzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conserved hypothetical periplasmic protein

B: Conserved hypothetical periplasmic protein

C: Conserved hypothetical periplasmic protein

D: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

308 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conserved hypothetical periplasmic protein

B: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
154 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Conserved hypothetical periplasmic protein

D: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	219.695, 106.554, 164.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.012, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Conserved hypothetical periplasmic protein 分子量: 76228.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (バクテリア) 遺伝子: zobellia_3152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0L004

-
非ポリマー , 7種, 2294分子

#2: 化合物	ChemComp-A1H37 / (1~{R},4~{S},5~{S},8~{S})-4-fluoranyl-2,6-dioxabicyclo[3.2.1]octan-8-ol / 1,2-diF-ADG / 3,6-Anhydro-2-deoxy-2-fluoro-a-D-galactopyranosyl fluoride 分子量: 148.132 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₉FO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.63 mg/ml 2:1 ratio 0.14M Na/K-tartrate, 14% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→48.18 Å / Num. obs: 245610 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.49 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 35024 / CC_1/2: 0.468 / R_rim(I) all: 1.214 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→34.97 Å / SU ML: 0.2246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7794
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1835	12163	4.95 %
R_work	0.1544	233389	-
obs	0.1558	245552	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→34.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20806	0	198	2249	23253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0093	21593
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1644	29208
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0677	3082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3806
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.161	12779

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-1.98	0.3446	337	0.3148	6897	X-RAY DIFFRACTION	89.02
1.98-2.01	0.3169	417	0.2969	7798	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.01-2.03	0.2919	418	0.2846	7797	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.03-2.06	0.2973	393	0.2663	7796	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.06-2.08	0.2799	456	0.2624	7736	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.08-2.11	0.2983	431	0.2479	7732	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.11-2.14	0.2603	396	0.2344	7832	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.14-2.18	0.2453	387	0.2271	7832	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.18-2.21	0.2544	386	0.219	7743	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.21-2.25	0.2463	411	0.2108	7735	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.25-2.28	0.2382	402	0.2008	7832	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.28-2.33	0.2174	411	0.1933	7761	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.33-2.37	0.2119	450	0.1792	7740	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.37-2.42	0.2104	385	0.1725	7857	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.42-2.47	0.2065	387	0.1657	7784	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.47-2.53	0.182	388	0.1652	7799	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.53-2.59	0.2031	389	0.1659	7831	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.59-2.66	0.1969	401	0.1674	7857	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.66-2.74	0.213	414	0.1683	7746	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.74-2.83	0.2026	393	0.1663	7848	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.83-2.93	0.1958	420	0.1604	7765	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.93-3.05	0.1925	425	0.1572	7828	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.05-3.19	0.1922	404	0.1554	7787	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.19-3.35	0.1839	393	0.1497	7855	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.35-3.56	0.1704	394	0.1375	7865	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.56-3.84	0.1477	465	0.1239	7766	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.84-4.22	0.1373	387	0.1129	7853	X-RAY DIFFRACTION	99.66
4.22-4.83	0.1286	392	0.1041	7860	X-RAY DIFFRACTION	99.6
4.83-6.09	0.149	398	0.1241	7903	X-RAY DIFFRACTION	99.64
6.09-34.97	0.1622	433	0.1416	7954	X-RAY DIFFRACTION	99.16

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.807391595197	0.0368039661169	-0.0695995068994	0.527891731226	-0.0700464557387	0.490535712127	-0.0332902444243	0.169162297668	-0.0266270539643	-0.082291305865	0.000236338186647	-0.0593331052707	0.0437212856601	0.00472459856113	-4.30029743848E-6	0.28491401516	-0.012520152662	0.0339483645164	0.284353790794	-0.00162699633803	0.269662763231	70.7089437623	-55.7248228636	-32.4301664822
2	0.743622737054	0.0197416748128	-0.026470031548	0.528685945464	0.0792509320474	0.450880317481	-0.0345489498638	-0.0194663422419	0.00690846970647	0.0162709955323	0.0247621616446	0.108774110665	-0.019679844237	-0.113539314985	-1.54915343571E-5	0.267845361235	-0.00483827765771	0.0181648624845	0.302732237811	0.00605358883874	0.264432858818	41.7398489399	-51.8402368001	-14.4849254541
3	0.760558394198	0.0565749019431	0.0884210985501	0.631231845024	0.0733299230736	0.633697172161	0.0322739240814	0.246642376714	-0.0424884121197	-0.104258044466	0.0778132653834	0.0361136917249	0.0580321145187	-0.0208897341498	-5.58709913323E-6	0.339330996542	-0.0297247240276	-0.0514944403959	0.38113800272	0.0413301173123	0.274772576368	-19.426625807	-64.5063377002	-58.3597939632
4	0.821807814185	0.0472947990754	-0.0326580053387	0.494179074729	0.061586502657	0.7428133768	0.00895578171856	0.0342343444503	0.187390161125	0.0351978464644	0.0556088373415	-0.0470745591016	-0.135996237663	0.0974479834608	-1.59922742306E-5	0.339800815736	-0.0144792562008	-0.00319154232962	0.269956981678	0.0244439100856	0.399876804343	-3.90645420832	-40.7091300499	-38.9853523204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 35 through 693)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 35 through 693)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 35 through 693)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 35 through 693)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 7種, 2294分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 7種, 2294分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 7種, 2294分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)