PDB-8rzh: ZgGH129 from Zobellia galactanivorans in complex with the inhibit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rzh

タイトル

ZgGH129 from Zobellia galactanivorans in complex with the inhibitor AD-DGJ (3,6-anhydro-D-1-deoxygalactonojirimycin).

要素

Conserved hypothetical periplasmic protein

キーワード

HYDROLASE / 3 / 6-anhydro-D-galactosidase Zobellia galactanivorans carrageenan oligosaccharide 3 / 6-anhydro-D-galactose

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5696 / Family of unknown function (DUF5696) / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE / : / L(+)-TARTARIC ACID / Conserved hypothetical periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Zobellia galactanivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Roret, T. / Czjzek, M. / Ficko-Blean, E.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Constrained Catalytic Itinerary of a Retaining 3,6-Anhydro-D-Galactosidase, a Key Enzyme in Red Algal Cell Wall Degradation.
著者: Wallace, M.D. / Cuxart, I. / Roret, T. / Guee, L. / Debowski, A.W. / Czjzek, M. / Rovira, C. / Stubbs, K.A. / Ficko-Blean, E.

履歴

登録	2024年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rzh.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rzh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rzh_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rzh_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	8rzh_validation.xml.gz	120.2 KB	表示
CIF形式データ	8rzh_validation.cif.gz	184.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rzgC 8rziC 8rzjC 8rzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conserved hypothetical periplasmic protein

B: Conserved hypothetical periplasmic protein

C: Conserved hypothetical periplasmic protein

D: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

309 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conserved hypothetical periplasmic protein

B: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
154 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Conserved hypothetical periplasmic protein

D: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	219.204, 106.492, 165.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.797, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Conserved hypothetical periplasmic protein 分子量: 76228.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (バクテリア) 遺伝子: zobellia_3152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0L004

-
非ポリマー , 7種, 2962分子

#2: 化合物	ChemComp-A1H38 / (1~{R},4~{S},5~{R},8~{S})-6-oxa-2-azabicyclo[3.2.1]octane-4,8-diol / AD-DGJ / 3,6-anhydro-D-1-deoxygalactonojirimycin 分子量: 145.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-16P / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE 分子量: 294.384 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₆
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2:1 ratio 0.14M Na/K-tartrate, 14% PEG 3350 1.63 mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→48.42 Å / Num. obs: 303236 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.34 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.83→1.93 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 44194 / CC_1/2: 0.848 / R_rim(I) all: 0.433 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.16	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.83→41.32 Å / SU ML: 0.1648 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.4806
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1624	15098	4.98 %
R_work	0.1361	287956	-
obs	0.1374	303054	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→41.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20922	0	201	2921	24044

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0134	21780
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1696	29441
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0787	3092
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	3828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.097	12947

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.85	0.2328	531	0.1991	9448	X-RAY DIFFRACTION	98.41
1.85-1.87	0.2375	498	0.1898	9577	X-RAY DIFFRACTION	99
1.87-1.9	0.239	494	0.187	9554	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.9-1.92	0.2257	530	0.2009	9574	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.92-1.94	0.2132	509	0.1867	9590	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.94-1.97	0.2179	490	0.171	9660	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.97-2	0.1962	491	0.1604	9665	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2-2.03	0.207	500	0.1503	9623	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.03-2.06	0.1854	504	0.1459	9552	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.06-2.09	0.1723	496	0.1498	9643	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.09-2.13	0.1684	463	0.1371	9640	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.13-2.17	0.1822	489	0.1396	9588	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.17-2.21	0.1631	500	0.1354	9503	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.21-2.26	0.1721	479	0.1395	9583	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.26-2.31	0.1944	480	0.1403	9672	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.31-2.36	0.1853	527	0.1384	9590	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.36-2.42	0.1603	503	0.1341	9623	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.42-2.48	0.1672	533	0.1345	9638	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.48-2.56	0.1625	529	0.1353	9543	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.56-2.64	0.1617	505	0.1303	9620	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.64-2.73	0.1701	516	0.1374	9576	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.73-2.84	0.1752	465	0.1419	9551	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.84-2.97	0.1761	510	0.1429	9688	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.97-3.13	0.1628	520	0.1432	9647	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3.13-3.32	0.1642	497	0.1373	9608	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.32-3.58	0.1568	496	0.1297	9621	X-RAY DIFFRACTION	98.85
3.58-3.94	0.1415	525	0.1176	9557	X-RAY DIFFRACTION	98.51
3.94-4.51	0.1147	490	0.1038	9610	X-RAY DIFFRACTION	98.59
4.51-5.68	0.1281	543	0.1114	9589	X-RAY DIFFRACTION	98.48
5.68-41.32	0.1475	485	0.1464	9623	X-RAY DIFFRACTION	96.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.570922103793	-0.0301702094008	0.0794590735293	0.553001187853	0.0711086642593	0.429295364016	-0.0167072450048	-0.0669922265319	0.0164843523635	0.0023879841694	-0.00497298703371	0.101953274107	-0.040976027839	-0.116600595086	-2.51523836814E-5	0.145092418561	0.00549092241883	0.0232195496068	0.19829792165	-0.00604427728086	0.14418958816	8.35070503983	-0.0585208976569	61.0403464063
2	0.733682174468	0.0480742517685	-0.00693492735965	0.554499819376	-0.0474084257243	0.459599523888	0.00096582797347	0.142464887308	0.0505590221472	-0.0765843218967	-0.0185748150628	-0.0416398497725	0.00137604358014	0.0151044245129	0.000788216675361	0.151344934605	0.0136914249651	0.0353796090292	0.157607906785	0.0262620978433	0.148873837674	37.2212798799	-3.79951332637	42.7690442355
3	0.73111870952	-0.00864526271311	0.00926931719884	0.483968515408	0.0116849645582	0.611434257304	-0.00455831325566	-0.00994482136302	0.039605423305	0.0468002392136	0.0428654536095	-0.0808217301094	-0.05006889228	0.0644020068153	-1.44544074254E-5	0.171904231606	0.00407121682443	-0.00960801090323	0.130148927457	-0.00665827727956	0.194032584041	-37.1953421902	10.9206511478	36.8312842905
4	0.559681720865	0.0459251254533	0.0661890768343	0.596908899489	0.102630771328	0.527621583025	0.0374667471216	0.113369239056	-0.108377846005	-0.055019432856	0.0612520682467	0.00253465278109	0.0840875075402	0.00470896408495	0.000706250172907	0.196544957902	-0.00802844538982	-0.0390037215695	0.182578304977	-0.00577455730775	0.168810925238	-52.4933117855	-12.8077118918	16.9020839366

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 35 through 693)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 35 through 693)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 35 through 693)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 35 through 693)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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