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- PDB-8rzj: ZgGH129 from Zobellia galactanivorans in complex with the inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rzj
タイトルZgGH129 from Zobellia galactanivorans in complex with the inhibitor ADG-IF (3,6-anhydro-D-galacto-isofagomine).
要素Conserved hypothetical periplasmic protein
キーワードHYDROLASE / 3 / 6-anhydro-D-galactosidase Zobellia galactanivorans carrageenan oligosaccharide 3 / 6-anhydro-D-galactose
機能・相同性Protein of unknown function DUF5696 / Family of unknown function (DUF5696) / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / L(+)-TARTARIC ACID / Conserved hypothetical periplasmic protein
機能・相同性情報
生物種Zobellia galactanivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Roret, T. / Czjzek, M. / Ficko-Blean, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR Mirror Mirror (ANR-22-CE11-0025-01) フランス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Constrained Catalytic Itinerary of a Retaining 3,6-Anhydro-D-Galactosidase, a Key Enzyme in Red Algal Cell Wall Degradation.
著者: Wallace, M.D. / Cuxart, I. / Roret, T. / Guee, L. / Debowski, A.W. / Czjzek, M. / Rovira, C. / Stubbs, K.A. / Ficko-Blean, E.
履歴
登録2024年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved hypothetical periplasmic protein
B: Conserved hypothetical periplasmic protein
C: Conserved hypothetical periplasmic protein
D: Conserved hypothetical periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,35456
ポリマ－304,9124
非ポリマー4,44252
水40,8222266
1
A: Conserved hypothetical periplasmic protein
B: Conserved hypothetical periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,77930
ポリマ－152,4562
非ポリマー2,32328
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13260 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area42170 Å2
手法PISA
2
C: Conserved hypothetical periplasmic protein
D: Conserved hypothetical periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,57526
ポリマ－152,4562
非ポリマー2,11924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11920 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area42200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.781, 106.120, 164.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.924, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Conserved hypothetical periplasmic protein


分子量: 76228.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (バクテリア)
遺伝子: zobellia_3152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0L004

-
非ポリマー , 8種, 2318分子

#2: 化合物
ChemComp-A1H36 / (1~{R},5~{R},8~{S})-6-oxa-3-azabicyclo[3.2.1]octan-8-ol / ADG-IF (3,6-anhydro-D-galacto-isofagomine)


分子量: 129.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.63 mg/ml 2:1 ratio 0.14M Na/K-tartrate, 14% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→48.22 Å / Num. obs: 232909 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 33.35 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.09 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 32888 / CC1/2: 0.689 / Rrim(I) all: 1.168 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
PHENIX1.16-3549精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→47.38 Å / SU ML: 0.2283 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8249
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1851 11665 5.01 %
Rwork0.1539 221121 -
obs0.1555 232786 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→47.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20787 0 285 2266 23338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011221656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.183529268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08813085
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00513806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.430712802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.010.30573740.29366438X-RAY DIFFRACTION86.17
2.01-2.030.28643820.2497313X-RAY DIFFRACTION97.66
2.03-2.060.27713540.23747318X-RAY DIFFRACTION97.71
2.06-2.080.26024010.22447323X-RAY DIFFRACTION97.65
2.08-2.110.253560.22217297X-RAY DIFFRACTION97.76
2.11-2.140.28163900.22287290X-RAY DIFFRACTION97.97
2.14-2.170.23843860.21437397X-RAY DIFFRACTION97.87
2.17-2.20.24923760.21417318X-RAY DIFFRACTION97.84
2.2-2.240.26874010.21617250X-RAY DIFFRACTION97.98
2.24-2.270.23653840.20277370X-RAY DIFFRACTION98.19
2.27-2.310.23943910.20437332X-RAY DIFFRACTION98.21
2.31-2.350.23043910.20187425X-RAY DIFFRACTION98.29
2.35-2.40.22894050.19227272X-RAY DIFFRACTION98.3
2.4-2.450.22643860.19097390X-RAY DIFFRACTION98.43
2.45-2.50.23243620.1847404X-RAY DIFFRACTION98.49
2.5-2.560.21114290.17327301X-RAY DIFFRACTION98.53
2.56-2.620.20444080.1567410X-RAY DIFFRACTION98.65
2.62-2.690.1793520.15037437X-RAY DIFFRACTION98.72
2.69-2.770.19824200.15337374X-RAY DIFFRACTION98.85
2.77-2.860.19713730.1547450X-RAY DIFFRACTION98.9
2.86-2.970.18153920.15357456X-RAY DIFFRACTION98.99
2.97-3.080.1984090.15567380X-RAY DIFFRACTION99.06
3.08-3.220.17953760.15117501X-RAY DIFFRACTION99.14
3.22-3.390.18483690.14417490X-RAY DIFFRACTION99.36
3.39-3.610.15633960.13317437X-RAY DIFFRACTION99.2
3.61-3.890.1573740.12787484X-RAY DIFFRACTION99.34
3.89-4.280.13524320.11327492X-RAY DIFFRACTION99.42
4.28-4.890.13654060.10487520X-RAY DIFFRACTION99.5
4.89-6.170.14794040.12827543X-RAY DIFFRACTION99.54
6.17-47.380.16753860.15217709X-RAY DIFFRACTION99.37
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69824114526-0.0257594199819-0.003713959517090.526999395910.03680848566090.525721206832-0.000139388039827-0.1291267178910.02937082879850.0792561323986-0.02191715398660.05348724489450.0338624169659-0.01108120580146.83984210997E-60.225480996733-0.01066499660980.03691816536570.219665813616-0.02043209050180.232700717384-70.464980158250.565479851232.5977724142
20.6184608786750.009623343425270.005269572335370.549974203183-0.07780070446880.409172250724-0.01975421381710.05358568062710.01283812564050.001296394143450.00940686990063-0.0956409958675-0.04055770403350.127149321766-3.96794076518E-60.22120650263-0.007986834208020.01664391875190.2724425887960.003797140607040.21565104072-41.535708049154.385267249614.5787072736
30.660898991702-0.03785682458480.1302834992620.594212931493-0.08259225477030.6170969163990.0402537547255-0.190692854307-0.0959112219190.08692211639620.0713071070812-0.01592631156090.102413096268-0.0131963276255-3.28721078175E-60.2841628812020.0126176059482-0.04376177803380.2964321295440.002446924624080.24290321738919.185601391341.809463612258.485759926
40.788530358957-0.0123720652316-0.01660040930790.4524883232530.01965231123660.7325123311330.00713784860936-0.0138225465650.0735800949126-0.0394805131750.0398999214330.0694143932184-0.11222205305-0.0948450500771-6.32242470432E-60.261653890350.00372688747466-0.008232759668090.2121324090860.0001192537710380.2912244918953.7988874653865.473740182938.8327888313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 35 through 693)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 35 through 693)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 35 through 693)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 35 through 693)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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