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万見
- PDB-8rtt: Structure of the formin Cdc12 bound to the barbed end of phalloid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rtt
タイトルStructure of the formin Cdc12 bound to the barbed end of phalloidin-stabilized F-actin.
要素
  • Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
  • Cell division control protein 12
  • Phalloidin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / actin / formin / Cdc12 / actin assembly.
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to mitotic actomyosin contractile ring / F-bar domain binding / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring, proximal layer / mitotic actomyosin contractile ring / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / positive regulation of norepinephrine uptake / cellular response to cytochalasin B / regulation of transepithelial transport ...protein localization to mitotic actomyosin contractile ring / F-bar domain binding / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring, proximal layer / mitotic actomyosin contractile ring / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / positive regulation of norepinephrine uptake / cellular response to cytochalasin B / regulation of transepithelial transport / morphogenesis of a polarized epithelium / bBAF complex / postsynaptic actin cytoskeleton organization / npBAF complex / protein localization to adherens junction / nBAF complex / brahma complex / Tat protein binding / postsynaptic actin cytoskeleton / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / GBAF complex / Formation of annular gap junctions / dense body / regulation of G0 to G1 transition / Gap junction degradation / Cell-extracellular matrix interactions / Folding of actin by CCT/TriC / apical protein localization / regulation of double-strand break repair / mating projection tip / adherens junction assembly / regulation of nucleotide-excision repair / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / RSC-type complex / barbed-end actin filament capping / RHOF GTPase cycle / Adherens junctions interactions / tight junction / Interaction between L1 and Ankyrins / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / SWI/SNF complex / regulation of norepinephrine uptake / regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of double-strand break repair / apical junction complex / positive regulation of T cell differentiation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / establishment or maintenance of cell polarity / maintenance of blood-brain barrier / cell division site / cortical cytoskeleton / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of stem cell population maintenance / nitric-oxide synthase binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Recycling pathway of L1 / brush border / kinesin binding / actin filament bundle assembly / negative regulation of cell differentiation / calyx of Held / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / regulation of protein localization to plasma membrane / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of myoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / actin filament polymerization / axonogenesis / negative regulation of protein binding / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / cell motility / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / actin filament / RHO GTPases Activate Formins / positive regulation of cell differentiation / FCGR3A-mediated phagocytosis / adherens junction / regulation of transmembrane transporter activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / DNA Damage Recognition in GG-NER / MAP2K and MAPK activation / tau protein binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Schaffer collateral - CA1 synapse / structural constituent of cytoskeleton / platelet aggregation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / kinetochore / VEGFA-VEGFR2 Pathway / small GTPase binding / nuclear matrix / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Signaling by RAF1 mutants
類似検索 - 分子機能
: / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain ...: / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Actin, cytoplasmic 1 / Cell division control protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
Amanita phalloides (タマゴテングタケ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Oosterheert, W. / Boiero Sanders, M. / Funk, J. / Prumbaum, D. / Raunser, S. / Bieling, P.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
German Research Foundation (DFG)BI 1998/2-1 ドイツ
European Research Council (ERC)856118European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of actin filament elongation by formins.
著者: Wout Oosterheert / Micaela Boiero Sanders / Johanna Funk / Daniel Prumbaum / Stefan Raunser / Peter Bieling /
要旨: Formins control the assembly of actin filaments (F-actin) that drive cell morphogenesis and motility in eukaryotes. However, their molecular interaction with F-actin and their mechanism of action ...Formins control the assembly of actin filaments (F-actin) that drive cell morphogenesis and motility in eukaryotes. However, their molecular interaction with F-actin and their mechanism of action remain unclear. In this work, we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of F-actin barbed ends bound by three distinct formins, revealing a common asymmetric formin conformation imposed by the filament. Formation of new intersubunit contacts during actin polymerization sterically displaces formin and triggers its translocation. This "undock-and-lock" mechanism explains how actin-filament growth is coordinated with formin movement. Filament elongation speeds are controlled by the positioning and stability of actin-formin interfaces, which distinguish fast and slow formins. Furthermore, we provide a structure of the actin-formin-profilin ring complex, which resolves how profilin is rapidly released from the barbed end during filament elongation.
履歴
登録2024年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
B: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
C: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
D: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
E: Cell division control protein 12
H: Phalloidin
I: Phalloidin
J: Phalloidin
F: Cell division control protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,56320
ポリマ－266,4729
非ポリマー2,09111
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed


分子量: 41763.617 Da / 分子数: 4 / 変異: C272A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Recombinant beta-actin purified from BTI-Tnao38 cells.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTB / プラスミド: p2336 pFL_ACTB_C272A / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tnao38 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60709
#2: タンパク質 Cell division control protein 12


分子量: 48495.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FH2 domain of S. pombe Cdc12, purified from E. coli cells.
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: cdc12, SPAC1F5.04c / プラスミド: pETM11-SUMO3 / 詳細 (発現宿主): Contains N-terminal His10-Sumo tag. / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star pRARE / 参照: UniProt: Q10059

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タンパク質・ペプチド , 1種, 3分子 HIJ

#3: タンパク質・ペプチド Phalloidin


タイプ: Peptide-like / クラス: 毒素 / 分子量: 808.899 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: phalloidin, purified from Amanita phalloides.
由来: (天然) Amanita phalloides (タマゴテングタケ)
Plasmid details: Bought from sigma. / 参照: BIRD: PRD_002366

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非ポリマー , 3種, 11分子

#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of the dimeric FH2 domain of S. Pombe Cdc12 bound to the barbed end of phalloidin stabilized F-actin.COMPLEXHuman beta-actin and S. Pombe Cdc12 were purified separately, phalloidin (from Amanita phalloides) was bought from sigma. All components were mixed to assemble the complex prior to cryo-EM grid preparation.#1-#30MULTIPLE SOURCES
2Actin filamentCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Dimeric FH2 domain of S. Pombe Cdc12COMPLEX#21RECOMBINANT
4Phalloidin.COMPLEXStabilizes the actin filament.#31NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)4896
44Amanita phalloides (タマゴテングタケ)67723
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞プラスミド
22Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111BTI-Tnao38
33Escherichia coli (大腸菌)562BL21 Star pRAREpETM11-SUMO3
緩衝液pH: 7.1
詳細: 1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPES1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
32 mMmagnesium chlorideMgCl21
41 mMEGTA1
50.5 mMTCEP1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K / 詳細: 3 seconds, force 0.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: 300 kV Titan Krios G2 microscope (Thermo Fisher Scientific) with an in-column Cs-corrector.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 64.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20393
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / 詳細: Gatan energy filter. / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV
球面収差補正装置: Titan Krios G2 microscope (Thermo Fisher Scientific) with an in-column Cs-corrector.

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.5.8粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.13CTF補正
7UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
8Coot0.9.8.1モデルフィッティング
10cryoSPARCv3.3.2初期オイラー角割当
11RELION3.1.0最終オイラー角割当
12RELION3.1.0分類
13RELION3.1.0３次元再構成
14Coot0.9.8.1モデル精密化
15PHENIX1.21rc1_5015モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5200600 / 詳細: Particles picked using SPHIRE-crYOLO.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 154570 / 詳細: Refinement performed in RELION. / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-ID詳細Initial refinement model-IDSource nameタイプ
18A2S

8a2s

C8A2SCactin model1PDBexperimental model
2Cdc12 modelAlphaFoldin silico model
36T1Y

6t1y

6T1Yphalloidin model3PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 63.41 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002118539
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.471425110
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392774
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00293208
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.73422519

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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