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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rg0 | |||||||||
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タイトル | Structure of human eIF3 core from closed 48S translation initiation complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / TRANSLATION / initiation / 48S / eIF / human / eukaryotic / factor / codon / scanning / open / reading | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex ...positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / cytoplasmic translational initiation / mRNA cap binding / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of RNA splicing / metal-dependent deubiquitinase activity / regulation of translational initiation / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translation regulator activity / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cytosolic ribosome / Mitotic Prometaphase / laminin binding / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / negative regulation of translational initiation / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation initiation factor binding / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / translation initiation factor activity / 90S preribosome / erythrocyte differentiation / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of translation / translational initiation / RHO GTPases Activate Formins / PML body / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / fibrillar center / mRNA 5'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / rRNA processing / Separation of Sister Chromatids / metallopeptidase activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / virus receptor activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / cytosolic small ribosomal subunit / ubiquitinyl hydrolase 1 / microtubule / cysteine-type deubiquitinase activity / cytoplasmic translation / postsynaptic density / cell differentiation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / cadherin binding / translation / focal adhesion / mRNA binding / synapse / chromatin / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Petrychenko, V. / Yi, S.-H. / Liedtke, D. / Peng, B.Z. / Rodnina, M.V. / Fischer, N. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: Structural basis for translational control by the human 48S initiation complex from codon scanning toward subunit joining 著者: Petrychenko, V. / Yi, S.-H. / Liedtke, D. / Peng, B.Z. / Rodnina, M.V. / Fischer, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rg0.cif.gz | 831.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rg0.ent.gz | 593.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rg0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/8rg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/8rg0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 19128 17696 17697 17698 17699 17700 17701 8pj1C 8pj2C 8pj3C 8pj4C 8pj5C 8pj6C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ... , 9種, 9分子 34568uvxy
#1: タンパク質 | 分子量: 25083.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBQ5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37593.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00303, ubiquitinyl hydrolase 1 |
#3: タンパク質 | 分子量: 66803.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y262 |
#4: タンパク質 | 分子量: 42555.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L2H7 |
#6: タンパク質 | 分子量: 39979.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15372 |
#16: タンパク質 | 分子量: 166903.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14152 |
#17: タンパク質 | 分子量: 52281.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60228 |
#18: タンパク質 | 分子量: 64060.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15371 |
#19: タンパク質 | 分子量: 105503.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99613 |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 7A
#5: RNA鎖 | 分子量: 82412.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#7: RNA鎖 | 分子量: 603245.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Only small part of the 18S rRNA is provided with sequence truncated to visualized only parts. 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
-40S ribosomal protein ... , 8種, 8分子 HIMNOPQn
#8: タンパク質 | 分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277 |
#10: タンパク質 | 分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708 |
#11: タンパク質 | 分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865 |
#12: タンパク質 | 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247 |
#13: タンパク質 | 分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263 |
#14: タンパク質 | 分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854 |
#15: タンパク質 | 分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857 |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#20: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#21: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Manual blotting & plunge-freezing |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 200 nm / Cs: 0.01 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: Electron-optical aberrations were corrected using a CETCOR Cs-corrector (CEOS, Heidelberg) aligned with the CETCORPLUS 4.6.9 software package (CEOS, Heidelberg). |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 356632 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |