PDB-8r4q: Salt inducible kinase 3 in complex with inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r4q

タイトル

Salt inducible kinase 3 in complex with inhibitor

要素

Serine/threonine-protein kinase SIK3
scFvH1

キーワード

LIGASE / Kinase Inhibitor complex AMPK-like salt-induced kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of TORC2 signaling / tau-protein kinase activity / positive regulation of TORC1 signaling / microtubule cytoskeleton organization / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.838 Å

データ登録者

Kack, H. / Oster, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: The structures of salt-inducible kinase 3 in complex with inhibitors reveal determinants for binding and selectivity.
著者: Oster, L. / Castaldo, M. / de Vries, E. / Edfeldt, F. / Pemberton, N. / Gordon, E. / Cederblad, L. / Kack, H.

履歴

登録	2023年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r4q.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r4q.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r4q_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r4q_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8r4q_validation.xml.gz	116.6 KB	表示
CIF形式データ	8r4q_validation.cif.gz	154.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r4oC 8r4uC 8r4vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase SIK3

B: scFvH1

C: Serine/threonine-protein kinase SIK3

D: scFvH1

E: Serine/threonine-protein kinase SIK3

F: scFvH1

G: Serine/threonine-protein kinase SIK3

H: scFvH1

I: Serine/threonine-protein kinase SIK3

J: scFvH1

K: Serine/threonine-protein kinase SIK3

L: scFvH1

ヘテロ分子

396 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase SIK3

B: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
65.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Serine/threonine-protein kinase SIK3

D: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Serine/threonine-protein kinase SIK3

F: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Serine/threonine-protein kinase SIK3

H: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.9 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Serine/threonine-protein kinase SIK3

J: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.9 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Serine/threonine-protein kinase SIK3

L: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.116, 213.702, 223.656
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase SIK3 分子量: 37888.852 Da / 分子数: 6 / 変異: C121S, C181S, C333S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIK3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y2K2
#2: タンパク質	scFvH1 分子量: 27411.029 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-DB8 / 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile / Bosutinib / ボスチニブ分子量: 530.446 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₉Cl₂N₅O₃ / コメント: 阻害剤, 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG 8000, 20% 1,5-Pentanediol, 0.03 M Lithium sulfate, 0.03 M Sodium sulfate, 0.03 M Potassium sulfate and 0.1 M Buffer system 4 pH 6.5 (Mopso, Bis-Tris)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.838→111.8 Å / Num. obs: 79167 / % possible obs: 80.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.84→3.06 Å / 冗長度: 7 % / Num. unique obs: 3959 / CC_1/2: 0.615 / % possible all: 20.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.8 (8-JUN-2022)	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.838→41.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R_free Blow DPI: 0.414

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2437	4205	-	RANDOM
R_work	0.2123	-	-	-
obs	0.214	79135	81.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7542 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.1843 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4301 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.838→41.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26031	0	261	70	26362

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	26877	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.9	36440	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		9069	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		4556	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		26877	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3447	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		19466	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.46
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.12

LS精密化シェル

解像度: 2.84→2.99 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3855	92	-
R_work	0.3252	-	-
obs	0.3287	1583	11.65 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8164	0.0077	0.7556	3.5657	0.7893	2.9966	0.1164	-0.5202	-0.1125	-0.5202	0.1322	-0.2587	-0.1125	-0.2587	-0.2486	0.3373	-0.1602	-0.1338	0.2217	0.1214	-0.0326	-16.4158	12.5391	-100.909
2	2.4076	-0.6833	-1.8733	1.9924	0.9663	6.5544	-0.0501	-0.0386	-0.2667	-0.0386	0.0822	-0.1427	-0.2667	-0.1427	-0.0321	0.2186	-0.0642	-0	-0.1184	0.1215	0.0012	-20.6178	28.4135	-64.7826
3	2.0787	-0.3046	0.5559	1.8312	-0.6737	2.034	0.0349	0.2884	0.7576	0.2884	-0.0826	-0.3885	0.7576	-0.3885	0.0476	0.5784	-0.3984	0.213	0.109	-0.1012	0.3991	8.6922	59.7876	-72.7581
4	3.1201	-1.7456	0.3612	4.3698	-0.0538	2.2343	-0.0485	0.076	0.1521	0.076	-0.0283	-0.5472	0.1521	-0.5472	0.0768	0.0144	-0.1994	0.1167	0.2303	-0.1365	0.0393	-3.0041	94.4435	-85.7366
5	2.6714	0.5936	-0.4499	3.8288	-0.7812	2.8195	0.1596	0.3549	-1.0881	0.3549	-0.019	0.027	-1.0881	0.027	-0.1406	0.6415	-0.0272	0.227	-0.0573	-0.0649	0.1977	-19.1709	45.2657	-23.2118
6	3.3778	0.7232	0.5433	4.8485	0.9151	2.6913	-0.1499	-0.0444	-0.2336	-0.0444	0.1905	-0.0795	-0.2336	-0.0795	-0.0406	-0.055	0.1087	0.2368	-0.0417	0.1084	0.1969	-31.8308	9.3927	-29.3918
7	2.383	-0.4137	-0.2532	2.4739	1.447	4.4026	0.0815	-0.6504	0.0806	-0.6504	0.1447	0.5043	0.0806	0.5043	-0.2262	0.2402	-0.0505	0.2706	0.0223	-0.0792	0.3565	-43.2863	72.097	-76.3767
8	2.0147	-1.0678	-0.7008	6.5417	4.2303	5.1682	-0.0375	-0.2391	-0.4774	-0.2391	0.2406	0.24	-0.4774	0.24	-0.2031	-0.0926	0.011	0.0298	0.1205	-0.0748	0.1763	-52.2468	95.8397	-45.3261
9	2.2366	0.606	-0.541	2.265	-0.8787	3.8298	-0.005	0.4814	-0.8324	0.4814	0.0773	0.9157	-0.8324	0.9157	-0.0723	0.2152	-0.3971	0.0556	0.4753	-0.1287	-0.0576	10.7818	29.7898	-11.6922
10	2.9035	-1.5479	-2.0528	3.766	3.593	6.8515	-0.0252	-0.225	-0.4921	-0.225	0.1581	1.3737	-0.4921	1.3737	-0.1329	-0.0382	-0.4073	0.0493	0.4626	0.0314	-0.1522	17.0722	19.3968	-49.4595
11	1.9731	-0.5272	-0.3695	3.7103	-0.1516	2.3762	-0.0377	-0.0213	-0.8147	-0.0213	0.0047	0.6593	-0.8147	0.6593	0.033	0.2377	-0.3033	0.0661	0.5896	0.0074	0.0166	18.6689	10.0018	-93.1575
12	1.1812	-0.4813	-0.2223	2.6951	-2.4854	6.103	-0.1125	0.1119	0.0358	0.1119	0.0365	0.8517	0.0358	0.8517	0.076	-0.1765	0.1352	0.1576	0.563	0.1334	0.0141	8.2687	-17.6103	-67.0548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	62 - 384
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	459
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	1 - 264
4	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	62 - 384
5	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	459
6	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	1 - 263
7	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	62 - 384
8	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	459
9	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	1 - 262
10	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	62 - 384
11	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	459
12	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }	H	1 - 264
13	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }	I	62 - 384
14	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }	I	459
15	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }	J	1 - 264
16	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }	K	62 - 384
17	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }	K	459
18	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|* }	L	1 - 264

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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