PDB-8r4v: Structure of Salt-inducible kinase 3 in complex with inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r4v

タイトル

Structure of Salt-inducible kinase 3 in complex with inhibitor

要素

Serine/threonine-protein kinase SIK3

キーワード

LIGASE / kinase / ampk-like / UBA / inhibitor complex / drug design

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of TORC2 signaling / tau-protein kinase activity / positive regulation of TORC1 signaling / microtubule cytoskeleton organization / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kack, H. / Oster, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: The structures of salt-inducible kinase 3 in complex with inhibitors reveal determinants for binding and selectivity.
著者: Oster, L. / Castaldo, M. / de Vries, E. / Edfeldt, F. / Pemberton, N. / Gordon, E. / Cederblad, L. / Kack, H.

履歴

登録	2023年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r4v.cif.gz	488.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r4v.ent.gz	302.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r4oC 8r4qC 8r4uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase SIK3

B: Serine/threonine-protein kinase SIK3

C: Serine/threonine-protein kinase SIK3

ヘテロ分子

115 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase SIK3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase SIK3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Serine/threonine-protein kinase SIK3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.251, 104.251, 95.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 62 - 384 / Label seq-ID: 5 - 327

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase SIK3 分子量: 37888.852 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIK3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y2K2
#2: 化合物	ChemComp-XWA / 1-(2,4-dimethoxyphenyl)-3-(2,6-dimethylphenyl)-1-[6-[[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]urea 分子量: 567.681 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₇N₇O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 37.5% Precipitant mix 4 (12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350), 0.12 M Monosaccharides mix (0.02 M D-Glucose, 0.02 M D-Mannose, 0.02 M D-Galactose, 0.02 M L-Fucose, 0.02 M D-Xylose, 0.02 ...詳細: 37.5% Precipitant mix 4 (12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350), 0.12 M Monosaccharides mix (0.02 M D-Glucose, 0.02 M D-Mannose, 0.02 M D-Galactose, 0.02 M L-Fucose, 0.02 M D-Xylose, 0.02 M N-Acetyl-D-Glucosamine) and 0.1 M Buffer system 3, pH 8.5 (Tris (Base), Bicine)

結晶

マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 37.5% Precipitant mix 4 (12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350), 0.12 M Monosaccharides mix (0.02 M D-Glucose, 0.02 M D-Mannose, 0.02 M D-Galactose, 0.02 M L-Fucose, 0.02 M D-Xylose, 0.02 ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5089
pseudo-merohedral	2	2	-h,-k,l	2	0.4911

反射

解像度: 1.9→65.645 Å / Num. obs: 55296 / % possible obs: 60.4 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

解像度: 1.9→2.13 Å / Num. unique obs: 2764 / CC_1/2: 0.491

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→65.645 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 4.782 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2398	2794	5.053 %
R_work	0.2042	52501	-
all	0.206	-	-
obs	-	55295	60.376 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.303 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.514 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.514 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→65.645 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7431	0	126	115	7672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	7718
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6969
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.171	1.659	10457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.402	1.554	16135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.817	5	947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.663	10	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.78	10	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.51	10	330
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.023	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8887
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	6780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	3804
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	4324
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.303	3.663	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.302	3.663	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.671	5.492	4747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.671	5.492	4748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.131	3.717	3912
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.12	3.758	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.333	5.526	5710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.323	5.582	5519
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.73	44.837	8712
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.74	45.296	8468
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.132	0.05	9269
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.114	0.05	9610
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.125	0.05	9490

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13183	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13183	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1144	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1144	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12509	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12509	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.996	8	0.398	115	X-RAY DIFFRACTION	1.8078
1.95-2.003	0.466	27	0.521	322	X-RAY DIFFRACTION	5.2831
2.003-2.061	0.328	38	0.422	625	X-RAY DIFFRACTION	10.3545
2.061-2.125	0.432	61	0.446	1274	X-RAY DIFFRACTION	21.3191
2.125-2.194	0.432	86	0.405	1755	X-RAY DIFFRACTION	30.5459
2.194-2.271	0.382	107	0.393	2105	X-RAY DIFFRACTION	37.741
2.271-2.357	0.405	155	0.326	2605	X-RAY DIFFRACTION	49.0405
2.357-2.453	0.459	178	0.355	3608	X-RAY DIFFRACTION	70.0333
2.453-2.562	0.378	266	0.354	4669	X-RAY DIFFRACTION	94.7581
2.562-2.687	0.347	261	0.307	4725	X-RAY DIFFRACTION	99.8398
2.687-2.832	0.27	228	0.254	4515	X-RAY DIFFRACTION	99.8737
2.832-3.004	0.244	224	0.216	4240	X-RAY DIFFRACTION	99.9776
3.004-3.211	0.267	176	0.196	4002	X-RAY DIFFRACTION	99.7612
3.211-3.468	0.223	162	0.182	3762	X-RAY DIFFRACTION	99.8219
3.468-3.798	0.231	199	0.162	3343	X-RAY DIFFRACTION	99.5503
3.798-4.246	0.166	181	0.144	3095	X-RAY DIFFRACTION	99.8781
4.246-4.901	0.161	163	0.132	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.8258
4.901-5.998	0.204	131	0.166	2289	X-RAY DIFFRACTION	99.5066
5.998-8.463	0.214	92	0.177	1776	X-RAY DIFFRACTION	99.6267

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.137	-0.1908	-0.1083	0.3131	0.055	0.6079	-0.0424	0.0067	0.0122	0.0306	-0.0091	0.0034	0.0235	-0.0324	0.0515	0.0398	-0.0132	-0.0238	0.0318	-0.0239	0.0557	-10.0097	-51.1798	-3.6214
2	0.1067	0.0531	-0.0797	0.0288	-0.0638	0.409	-0	0.0109	0.0007	0.0022	0.0101	-0.0016	-0.0226	-0.0413	-0.01	0.0032	0.0056	0.0034	0.0112	0.0069	0.0635	-13.6517	0.8303	-2.667
3	0.1246	0.1028	0.0769	0.0886	0.0969	0.4551	-0.0159	-0.0055	0.0145	-0.0145	-0.0104	0.0087	-0.0365	-0.0264	0.0263	0.0076	0.008	-0.0146	0.019	-0.0067	0.0624	-49.4445	-17.2148	-19.7843

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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