PDB-8r4o: Salt inducible kinase 3 in complex with inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r4o

タイトル

Salt inducible kinase 3 in complex with inhibitor

要素

Serine/threonine-protein kinase SIK3
scFvH1

キーワード

LIGASE / Kinase Inhibitor complex AMPK-like salt-induced kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of TORC2 signaling / tau-protein kinase activity / positive regulation of TORC1 signaling / microtubule cytoskeleton organization / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.725 Å

データ登録者

Kack, H. / Oster, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: The structures of salt-inducible kinase 3 in complex with inhibitors reveal determinants for binding and selectivity.
著者: Oster, L. / Castaldo, M. / de Vries, E. / Edfeldt, F. / Pemberton, N. / Gordon, E. / Cederblad, L. / Kack, H.

履歴

登録	2023年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r4o.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r4o.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8r4o_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r4o_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8r4o_validation.xml.gz	113.5 KB	表示
CIF形式データ	8r4o_validation.cif.gz	152.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r4qC 8r4uC 8r4vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase SIK3

B: scFvH1

C: Serine/threonine-protein kinase SIK3

D: scFvH1

E: Serine/threonine-protein kinase SIK3

F: scFvH1

G: Serine/threonine-protein kinase SIK3

H: scFvH1

I: Serine/threonine-protein kinase SIK3

J: scFvH1

K: Serine/threonine-protein kinase SIK3

L: scFvH1

ヘテロ分子

401 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase SIK3

B: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
66.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Serine/threonine-protein kinase SIK3

D: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Serine/threonine-protein kinase SIK3

F: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Serine/threonine-protein kinase SIK3

H: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.8 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Serine/threonine-protein kinase SIK3

J: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.8 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Serine/threonine-protein kinase SIK3

L: scFvH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.777, 217.658, 223.116
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase SIK3 分子量: 37888.852 Da / 分子数: 6 / 変異: C121S, C181S, C333S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIK3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y2K2
#2: タンパク質	scFvH1 分子量: 28384.033 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-XVI / 2-[bis(fluoranyl)methoxy]-4-[6-(2-cyanopropan-2-yl)pyrazolo[1,5-a]pyridin-3-yl]-~{N}-[(1~{R},2~{S})-2-fluoranylcyclopropyl]-6-methoxy-benzamide 分子量: 458.433 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₁F₃N₄O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG 8000, 20% 1,5-Pentanediol, 0.03 M Lithium sulfate, 0.03 M Sodium sulfate, 0.03 M Potassium sulfate and 0.1 M Buffer system 4 pH 6.5 (Mopso, Bis-Tris)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→155.8 Å / Num. obs: 80912 / % possible obs: 73.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.72→2.97 Å / Num. unique obs: 4047 / CC_1/2: 0.531

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.8	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.725→155.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R_free Blow DPI: 0.407

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2442	4057	-	RANDOM
R_work	0.2142	-	-	-
obs	0.2156	80912	73.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3731 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.0109 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3622 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.725→155.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25904	0	228	120	26252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	26716	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.9	36266	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		8960	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		4527	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		26716	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3460	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		19032	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.48
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.17

LS精密化シェル

解像度: 2.73→2.89 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4311	88	-
R_work	0.3413	-	-
obs	0.3459	1619	9.46 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7223	-0.408	0.2286	3.1813	0.8427	3.305	0.0747	-0.3414	-0.2034	-0.3414	0.0071	-0.2066	-0.2034	-0.2066	-0.0818	-0.0128	0.1166	-0.1044	0.0996	0.0339	-0.2353	-15.647	12.3404	-100.775
2	2.8658	-1.128	-1.5018	1.9604	0.8603	6.5588	0.0134	-0.0171	-0.1982	-0.0171	0.056	-0.2969	-0.1982	-0.2969	-0.0693	0.0811	0.1653	-0.0105	-0.1218	0.0371	-0.1228	-20.7873	28.1364	-64.7261
3	2.4013	-1.1072	0.2271	2.7286	-0.9548	2.9266	0.053	-0.135	0.7901	-0.135	-0.0186	-0.2229	0.7901	-0.2229	-0.0345	0.0004	-0.3719	-0.128	-0.283	0.0993	0.1715	6.5244	61.76	-72.5082
4	3.3205	-2.3215	0.4614	5.0418	-0.2232	1.6988	0.0337	-0.2537	0.0455	-0.2537	0.0514	-0.2801	0.0455	-0.2801	-0.085	-0.0371	-0.2778	-0.0642	-0.0296	0.0517	-0.1485	-4.1793	97.4415	-86.1022
5	2.6387	-0.0954	0.0477	3.025	-1.0999	2.3069	-0.024	0.358	-0.9774	0.358	0.0559	-0.1253	-0.9774	-0.1253	-0.0319	0.3546	0.1618	0.177	-0.3154	-0.0055	-0.0093	-20.1276	45.2925	-23.3899
6	2.0428	1.5813	0.2457	3.7867	1.2934	1.2663	-0.0841	-0.0725	-0.1696	-0.0725	0.2276	-0.1404	-0.1696	-0.1404	-0.1435	-0.0996	0.209	0.1504	-0.0593	0.1159	0.0299	-32.2676	8.0481	-30.0677
7	1.9997	-0.0771	0.1036	1.8289	0.531	3.7285	0.1005	-0.313	0.21	-0.313	0.057	0.2654	0.21	0.2654	-0.1575	-0.1344	-0.1066	-0.0094	-0.1692	-0.0189	0.0949	-43.5063	73.1829	-76.3031
8	2.5941	0.2742	0.316	3.9696	2.0828	3.1395	0.1532	-0.0315	-0.2292	-0.0315	-0.0618	0.1482	-0.2292	0.1482	-0.0914	-0.1607	-0.1423	-0.1243	0.1922	0.0498	-0.1336	-52.4672	96.7324	-45.0424
9	2.3388	-0.0731	-0.3055	2.0064	-0.419	4.928	0.061	0.3876	-0.5115	0.3876	0.082	0.6578	-0.5115	0.6578	-0.1431	0.1518	-0.0699	-0.0352	-0.0848	-0.1283	-0.2187	9.9923	29.9636	-10.9543
10	3.1463	-0.9724	-0.8678	2.3649	1.8746	4.7088	0.0613	-0.0971	-0.374	-0.0971	0.0264	0.7802	-0.374	0.7802	-0.0878	-0.1102	-0.0335	0.02	0.1826	-0.0338	-0.1399	16.9658	20.52	-48.9965
11	2.549	-0.636	-0.1236	3.6699	-0.9653	3.4778	0.157	-0.273	-0.5783	-0.273	0.0357	1.4468	-0.5783	1.4468	-0.1927	-0.3269	-0.0274	0.1173	0.6395	-0.1832	-0.4128	19.2108	12.0705	-92.7485
12	1.6561	-0.1946	-0.3116	2.8934	-2.9323	6.204	0.3224	-0.1564	0.3389	-0.1564	-0.2094	1.0254	0.3389	1.0254	-0.1131	-0.2769	0.2681	-0.0695	0.3625	-0.1928	-0.1249	9.9125	-16.3584	-66.3898

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	62 - 384
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	459
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	1 - 264
4	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	62 - 384
5	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	459
6	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	1 - 264
7	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	62 - 384
8	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	459
9	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	1 - 265
10	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	62 - 384
11	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	459
12	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }	H	1 - 264
13	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }	I	62 - 384
14	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }	I	459
15	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }	J	1 - 264
16	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }	K	62 - 384
17	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }	K	459
18	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|* }	L	1 - 264

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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