PDB-8qsi: Portal protein of empty Haloferax tailed virus 1.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qsi

タイトル

Portal protein of empty Haloferax tailed virus 1.

要素

HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
Portal protein

キーワード

VIRUS / Archaeal virus / portal / portal capsid interface / Mg ions

機能・相同性

Portal protein / HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

機能・相同性情報

生物種

Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Zhang, D. / Daum, B. / Isupov, M.N. / McLaren, M.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM resolves the structure of the archaeal dsDNA virus HFTV1 from head to tail.
著者: Daniel X Zhang / Michail N Isupov / Rebecca M Davies / Sabine Schwarzer / Mathew McLaren / William S Stuart / Vicki A M Gold / Hanna M Oksanen / Tessa E F Quax / Bertram Daum /

要旨: While archaeal viruses show a stunning diversity of morphologies, many bear a notable resemblance to tailed bacterial phages. This raises fundamental questions: Do all tailed viruses share a common ...

履歴

登録	2023年10月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qsi.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qsi.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qsi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qsi_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qsi_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8qsi_validation.xml.gz	155.7 KB	表示
CIF形式データ	8qsi_validation.cif.gz	247.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/8qsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/8qsi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	18633MC 18550C 18559C 18599C 18642C 50521C 51530C 51866C 51883C 51915C 8qpgC 8qpqC 8qqnC 8qsyC 9fkbC 9gs0C 9h4pC 9h5bC 9h7vC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

PM: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PN: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PO: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PP: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PQ: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PR: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PS: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PT: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PU: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PV: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PW: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PX: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

PA: Portal protein

PB: Portal protein

PC: Portal protein

PD: Portal protein

PE: Portal protein

PF: Portal protein

PG: Portal protein

PH: Portal protein

PI: Portal protein

PJ: Portal protein

PK: Portal protein

PL: Portal protein

ヘテロ分子

1.1 MDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector 分子量: 15585.868 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6S3
#2: タンパク質	Portal protein 分子量: 75680.906 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6Q2
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Haloferax tailed virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #2, #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主	生物種: Haloferax gibbonsii
緩衝液	pH: 7
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器

モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

顕微鏡

モデル: TFS KRIOS

電子銃

電子線源:

FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM

電子レンズ

モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm

撮影

ID	Imaging-ID	電子線照射量 (e/Å²)	フィルム・検出器のモデル
1	1	50	TFS FALCON 4i (4k x 4k)
2	1	54.6	GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU	5	画像取得
4	RELION	4.0-beta	CTF補正
7	Coot		モデルフィッティング
8	UCSF ChimeraX		モデルフィッティング
9	ISOLDE		モデルフィッティング
11	REFMAC		モデル精密化

画像処理

詳細: Dataset produced as a combination of both FALCON 4i and K3 collections

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁₂ (12回回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7163 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL

原子モデル構築

タイプ: in silico model

精密化

解像度: 2.75→2.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.753 / WR_factor R_work: 0.448 / SU B: 10.117 / SU ML: 0.175 / Average fsc overall: 0.4393 / Average fsc work: 0.4393 / ESU R: 0.096 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.4484	7971714	-
all	0.448	-	-
R_free	-	-	0 %
obs	-	-	100 %

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.425 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.254 Å²	-0.008 Å²	0.006 Å²
2-	-	-0.251 Å²	0.005 Å²
3-	-	-	0.504 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.006	0.012	51648
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	1.644	1.642	70092
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	7.526	5	6456
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg	32.013	23.74	3048
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg	12.793	15	8556
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_4_deg	19.963	15	324
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.112	0.2	6624
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	40224
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_refined	0.198	0.2	41784
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_refined	0.29	0.2	71554
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_refined	0.07	0.2	2496
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_refined	0.042	0.2	48
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_it	3.81	7.231	25932
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_it	6.941	10.824	32352
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_it	5.095	7.669	25716
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_it	9.05	11.229	37740
ELECTRON MICROSCOPY	r_lrange_it	17.342	130.567	200244

LS精密化シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection R_free: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	WR_factor R_work
2.64-2.709	0.588	589374	0.588	589374	0.112	0.588
2.709-2.783	0.587	575558	0.587	575558	0.145	0.587
2.783-2.864	0.551	559949	0.551	559949	0.156	0.551
2.864-2.952	0.54	542166	0.54	542166	0.194	0.54
2.952-3.048	0.546	525770	0.546	525770	0.206	0.546
3.048-3.155	0.536	509769	0.536	509769	0.284	0.536
3.155-3.275	0.528	491649	0.528	491649	0.335	0.528
3.275-3.408	0.513	471579	0.513	471579	0.413	0.513
3.408-3.56	0.492	453627	0.492	453627	0.497	0.492
3.56-3.733	0.472	433425	0.472	433425	0.572	0.472
3.733-3.935	0.438	411486	0.438	411486	0.662	0.438
3.935-4.174	0.414	389472	0.414	389472	0.727	0.414
4.174-4.462	0.391	366106	0.391	366106	0.766	0.391
4.462-4.82	0.374	341215	0.374	341215	0.8	0.374
4.82-5.28	0.371	313135	0.371	313135	0.795	0.371
5.28-5.903	0.396	283751	0.396	283751	0.749	0.396
5.903-6.816	0.433	249489	0.433	249489	0.695	0.433
6.816-8.347	0.404	211269	0.404	211269	0.737	0.404
8.347-11.802	0.379	163049	0.379	163049	0.785	0.379
11.802-412.192	0.521	89174	0.521	89174	0.519	0.521

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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