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万見
- EMDB-18633: Portal protein of empty Haloferax tailed virus 1. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18633
タイトルPortal protein of empty Haloferax tailed virus 1.
マップデータ
試料
  • ウイルス: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードArchaeal virus / portal / portal capsid interface / Mg ions / VIRUS
機能・相同性Portal protein / HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
機能・相同性情報
生物種Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zhang D / Daum B / Isupov MN / McLaren M
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of Haloferax tailed virus 1
著者: Zhang D / Daum B / Isupov MN / McLaren M / Oksanen H / Quax TEF / Schwarzer S / Gold VAM / Antson A
履歴
登録2023年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18633.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18633.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 352 pix.
= 412.192 Å		1.17 Å/pix.
x 352 pix.
= 412.192 Å		1.17 Å/pix.
x 352 pix.
= 412.192 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.171 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.026231863 - 0.056478165
平均 (標準偏差)0.00019295467 (±0.002511901)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 412.19202 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: EMReady map

ファイルemd_18633_additional_1.map
注釈EMReady map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18633_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18633_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Haloferax tailed virus 1

全体名称: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Haloferax tailed virus 1

超分子名称: Haloferax tailed virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1 / NCBI-ID: 2507575 / 生物種: Haloferax tailed virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Haloferax gibbonsii (古細菌)

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分子 #1: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

分子名称: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 15.585868 KDa
配列文字列:
MPDPSIDEVS KSDWDALTTQ EQDDIISQVE NLSSTGWVNT SRERKAEAIR SAIAERDTLY SGNMSRLPTL DGDAEYFTLY LSAHKIQLF EGGEAQSESG EGGSVSYSTG GGGEKDLQKT RYGRMALEYV WEDNSIAALR TY

UniProtKB: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector

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分子 #2: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 75.680906 KDa
配列文字列: MPKYNLRIGN RRVPIASTDT PLSEAIGKRL ASSTPQTNVD SMGGGHSYQF NGQDLTFEDL RDIKDVRDSG GQVAQLMDYK ALLNFGEGC EIHVEGDDET KQLVDGEPMT LSEWLEDAFP HLDLLVLDLG GDALWYPYAV GEIQETITGE FKEALPAEPW T LMPESDAQ ...文字列:
MPKYNLRIGN RRVPIASTDT PLSEAIGKRL ASSTPQTNVD SMGGGHSYQF NGQDLTFEDL RDIKDVRDSG GQVAQLMDYK ALLNFGEGC EIHVEGDDET KQLVDGEPMT LSEWLEDAFP HLDLLVLDLG GDALWYPYAV GEIQETITGE FKEALPAEPW T LMPESDAQ GKVQAWHQRT KTHGGYQTQT LPADDLW(HIP)IV INKASARDEV GISEVLRNKD EIQAFKQNEA AINQAIEL H GFPQR(HIP)VKVG KEDGAPVRDN DLRRVRTIFD PRTTDANTAY FTGQDVDVET LEA(HIP)NFDYSA IHEMDMRNLT T ALGLPLEA GNVGADGLGS GKPAELRFAL LKLAIKANQR SFSVQFVERV MRPVVRDYSP FDHEADIRLE INDPLEDIGE VA DLIQQVG DYMTNEQVAE KLDLPAPEDD EVADSYRSPA DMEKDEAGVQ DEPFGGMFAG RDMGNRCLGE GITDDELQHA PEW DRPLLE MYQGVTNPES DTSRTLVSFS SSGTPEFVLE RIRESIMDGA LFSEFDNIPS SRLMELRQTF ADELGTDNFT LDSI TDALM DFEADLTRDA AERIARTESS AVLNHAREIS YEERGEGNEL FYWTGADLGD SRQTEACAWL IRQTNPFSGG TPVPM NELR DMVDEAPSHD DSMDNNLARP DSWVVHPNER SSFVKAPPNW EQL

UniProtKB: Portal protein

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 54.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
詳細Dataset produced as a combination of both FALCON 4i and K3 collections
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 7163
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Initial model type: in silico model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8qsi:
Portal protein of empty Haloferax tailed virus 1.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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