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万見
- PDB-8qsy: Portal capsid interface of full Haloferax tailed virus 1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qsy
タイトルPortal capsid interface of full Haloferax tailed virus 1.
要素
  • Capsid stabilization protein
  • HK97 gp5-like major capsid protein
  • HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
  • Hypothetical protein gp21
  • Portal protein
キーワードVIRUS / Archaeal virus / portal / portal capsid interface / Mg ions
機能・相同性: / Portal protein / Capsid stabilization protein / HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector / HK97 gp5-like major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Zhang, D. / Daum, B. / Isupov, M.N. / McLaren, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of Haloferax tailed virus 1
著者: Zhang, D. / Daum, B. / Isupov, M.N. / McLaren, M. / Oksanen, H. / Quax, T.E.F. / Schwarzer, S. / Gold, V.A.M. / Antson, A.
履歴
登録2023年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
JA: HK97 gp5-like major capsid protein
JB: HK97 gp5-like major capsid protein
JC: HK97 gp5-like major capsid protein
JD: HK97 gp5-like major capsid protein
JE: HK97 gp5-like major capsid protein
JF: HK97 gp5-like major capsid protein
JI: Capsid stabilization protein
JJ: Capsid stabilization protein
JK: Capsid stabilization protein
KA: HK97 gp5-like major capsid protein
KB: HK97 gp5-like major capsid protein
KC: HK97 gp5-like major capsid protein
KD: HK97 gp5-like major capsid protein
KE: HK97 gp5-like major capsid protein
KF: HK97 gp5-like major capsid protein
KI: Capsid stabilization protein
KJ: Capsid stabilization protein
KK: Capsid stabilization protein
LA: HK97 gp5-like major capsid protein
LB: HK97 gp5-like major capsid protein
LC: HK97 gp5-like major capsid protein
LD: HK97 gp5-like major capsid protein
LE: HK97 gp5-like major capsid protein
LF: HK97 gp5-like major capsid protein
LI: Capsid stabilization protein
LJ: Capsid stabilization protein
LK: Capsid stabilization protein
MA: HK97 gp5-like major capsid protein
MB: HK97 gp5-like major capsid protein
MC: HK97 gp5-like major capsid protein
MD: HK97 gp5-like major capsid protein
ME: HK97 gp5-like major capsid protein
MF: HK97 gp5-like major capsid protein
MI: Capsid stabilization protein
MJ: Capsid stabilization protein
MK: Capsid stabilization protein
NA: HK97 gp5-like major capsid protein
NB: HK97 gp5-like major capsid protein
NC: HK97 gp5-like major capsid protein
ND: HK97 gp5-like major capsid protein
NE: HK97 gp5-like major capsid protein
NF: HK97 gp5-like major capsid protein
NI: Capsid stabilization protein
NJ: Capsid stabilization protein
NK: Capsid stabilization protein
P5: Hypothetical protein gp21
P6: Hypothetical protein gp21
P7: Hypothetical protein gp21
P8: Hypothetical protein gp21
P9: Hypothetical protein gp21
PA: Portal protein
PB: Portal protein
PC: Portal protein
PD: Portal protein
PE: Portal protein
PF: Portal protein
PG: Portal protein
PH: Portal protein
PI: Portal protein
PJ: Portal protein
PK: Portal protein
PL: Portal protein
PM: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PN: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PO: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PP: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PQ: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PR: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PS: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PT: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PU: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PV: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PW: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
PX: HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,664,283274
ポリマ－2,659,17174
非ポリマー5,112200
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 5種, 74分子 JAJBJCJDJEJFKAKBKCKDKEKFLALBLCLDLELFMAMBMCMDMEMFNANBNCNDNENF...

#1: タンパク質 ...
HK97 gp5-like major capsid protein


分子量: 43544.406 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6T9
#2: タンパク質
Capsid stabilization protein


分子量: 13888.911 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6Q7
#3: タンパク質
Hypothetical protein gp21


分子量: 9860.767 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
#4: タンパク質
Portal protein


分子量: 75680.906 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6Q2
#5: タンパク質
HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector


分子量: 15585.868 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6S3

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非ポリマー , 2種, 200分子

#6: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Haloferax tailed virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Haloferax gibbonsii
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1150TFS FALCON 4i (4k x 4k)
2154.6GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU5画像取得
4RELION4.0-betaCTF補正
7Cootモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9ISOLDEモデルフィッティング
11REFMACモデル精密化
画像処理詳細: Dataset produced as a combination of both FALCON 4i and K3 collections
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157388 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築タイプ: in silico model
精密化解像度: 2.68→412.192 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.821 / WRfactor Rwork: 0.468 / SU B: 10.767 / SU ML: 0.217 / Average fsc overall: 0.5347 / Average fsc work: 0.5347 / ESU R: 0.175 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rwork0.4682 7619444 -
all0.468 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.653 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.213 Å20.026 Å2-0.045 Å2
2---0.18 Å2-0.012 Å2
3---0.393 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0050.012139338
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.5811.641189393
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.611517653
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg32.35823.238587
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.9891522077
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg18.984151041
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1040.218170
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.02110024
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1980.2111044
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.2890.2191830
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.0770.29432
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined0.0590.2156
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it1.9946.35870852
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it3.4969.53688425
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it2.7546.67468486
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it4.6819.871100968
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it9.291118.996549912
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
2.68-2.750.6115647460.6115647460.2610.611
2.75-2.8250.5755497520.5755497520.3060.575
2.825-2.9070.5495334180.5495334180.3540.549
2.907-2.9960.5265192060.5265192060.4130.526
2.996-3.0950.5135035500.5135035500.450.513
3.095-3.2030.4944863350.4944863350.5030.494
3.203-3.3240.4754695930.4754695930.5560.475
3.324-3.460.4594516980.4594516980.6080.459
3.46-3.6140.4464329150.4464329150.6450.446
3.614-3.790.4364139940.4364139940.6740.436
3.79-3.9950.433943470.433943470.6930.43
3.995-4.2370.4343717180.4343717180.6970.434
4.237-4.530.4353505570.4353505570.6990.435
4.53-4.8930.4363255640.4363255640.6950.436
4.893-5.360.4372993380.4372993380.6710.437
5.36-5.9920.4452707880.4452707880.6450.445
5.992-6.9190.4622392070.4622392070.6160.462
6.919-8.4740.4552015130.4552015130.6230.455
8.474-11.9810.4571558860.4571558860.6220.457
11.981-412.1920.577852940.577852940.4740.577

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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