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- PDB-8qpq: C1 turret to capsid interface of full Haloferax tailed virus 1 ad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qpq
タイトルC1 turret to capsid interface of full Haloferax tailed virus 1 adjacent to the portal-capsid interface.
要素
  • HK97 gp5-like major capsid protein
  • Prokaryotic polysaccharide deacetylase
  • gp30
キーワードVIRUS / Archaeal virus / turret / turret capsid interface / Mg ions
機能・相同性NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / carbohydrate metabolic process / HK97 gp5-like major capsid protein / Prokaryotic polysaccharide deacetylase
機能・相同性情報
生物種Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhang, D. / Daum, B. / Isupov, M.N. / McLaren, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of Haloferax tailed virus 1
著者: Zhang, D. / Daum, B. / Isupov, M.N. / McLaren, M. / Oksanen, H. / Quax, T.E.F. / Schwarzer, S. / Gold, V.A.M. / Antson, A.
履歴
登録2023年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
TC: Prokaryotic polysaccharide deacetylase
TD: gp30
TE: gp30
TF: gp30
TG: gp30
TH: gp30
TI: gp30
TA: Prokaryotic polysaccharide deacetylase
TB: Prokaryotic polysaccharide deacetylase
LA: HK97 gp5-like major capsid protein
LB: HK97 gp5-like major capsid protein
LF: HK97 gp5-like major capsid protein
LE: HK97 gp5-like major capsid protein
LD: HK97 gp5-like major capsid protein
LC: HK97 gp5-like major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,43968
ポリマ－469,02715
非ポリマー1,41153
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11TC
21TC
32TC
42TC
53TC
63TC
74TC
84TC
95TC
105TC
116TC
126TC
137TC
147TC
158TC
168TC
179TC
189TC
1910TC
2010TC
2111TC
2211TC
2312TC
2412TC
2513TC
2613TC
2714TC
2814TC
2915TC
3015TC
3116TC
3216TC
3317TC
3417TC
3518TC
3618TC
3719TC
3819TC
3920TC
4020TC
4121TC
4221TC
4322TC
4422TC
4523TC
4623TC
4724TC
4824TC
4925TC
5025TC
5126TC
5226TC
5327TC
5427TC
5528TC
5628TC
5729TC
5829TC
5930TC
6030TC
6131TC
6231TC
6332TC
6432TC
6533TC
6633TC

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12
7Local NCS retraints between domains: 13 14
8Local NCS retraints between domains: 15 16
9Local NCS retraints between domains: 17 18
10Local NCS retraints between domains: 19 20
11Local NCS retraints between domains: 21 22
12Local NCS retraints between domains: 23 24
13Local NCS retraints between domains: 25 26
14Local NCS retraints between domains: 27 28
15Local NCS retraints between domains: 29 30
16Local NCS retraints between domains: 31 32
17Local NCS retraints between domains: 33 34
18Local NCS retraints between domains: 35 36
19Local NCS retraints between domains: 37 38
20Local NCS retraints between domains: 39 40
21Local NCS retraints between domains: 41 42
22Local NCS retraints between domains: 43 44
23Local NCS retraints between domains: 45 46
24Local NCS retraints between domains: 47 48
25Local NCS retraints between domains: 49 50
26Local NCS retraints between domains: 51 52
27Local NCS retraints between domains: 53 54
28Local NCS retraints between domains: 55 56
29Local NCS retraints between domains: 57 58
30Local NCS retraints between domains: 59 60
31Local NCS retraints between domains: 61 62
32Local NCS retraints between domains: 63 64
33Local NCS retraints between domains: 65 66

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要素

#1: タンパク質 Prokaryotic polysaccharide deacetylase


分子量: 45242.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6W3
#2: タンパク質
gp30


分子量: 12005.731 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
#3: タンパク質
HK97 gp5-like major capsid protein


分子量: 43544.406 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6T9
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Haloferax tailed virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Haloferax gibbonsii
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 54.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU5画像取得
4RELION4.0-betaCTF補正
7Cootモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9ISOLDEモデルフィッティング
11REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102012 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築タイプ: in silico model
精密化解像度: 2.7→299.776 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.709 / WRfactor Rwork: 0.512 / SU B: 12.597 / SU ML: 0.255 / Average fsc overall: 0.4088 / Average fsc work: 0.4088 / ESU R: 0.14 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rwork0.512 2865333 -
all0.512 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.602 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.162 Å20.239 Å2-0.079 Å2
2---0.199 Å2-0.021 Å2
3---0.361 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.01228656
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.6191.63738989
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.26453668
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg34.43723.3271713
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.785154452
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg20.45615201
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1130.23910
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0110.0222542
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1970.224282
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.290.239140
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.0860.22262
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined0.1190.266
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.7398.99414717
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it4.54513.50618370
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it3.9729.40313939
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it6.43513.93620619
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it11.367176.002119341
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_10.0930.0526690
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_20.0930.0526770
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_30.0680.056696
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_40.0390.056752
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_50.070.056672
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_60.0390.056752
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_70.0860.056582
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_80.0610.056704
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_90.0430.056752
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_100.0630.056718
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_110.0680.056680
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_120.0650.056656
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_130.0440.056742
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_140.0830.056588
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_150.0660.056672
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_160.0680.056642
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_170.0870.056566
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_180.0870.0526890
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_190.1410.0517382
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_200.1440.0516432
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_210.1390.0517330
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_220.1330.0517500
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_230.1370.0517448
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_240.140.0516722
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_250.1160.0517808
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_260.1240.0517638
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_270.1230.0517720
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_280.1380.0516584
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_290.1360.0516672
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_300.1450.0516660
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_310.1140.0517676
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_320.1140.0517830
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_330.1180.0517884
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
2.7-2.770.6052118370.6052118370.20.605
2.77-2.8460.582064170.582064170.2410.58
2.846-2.9290.5552010490.5552010490.2930.555
2.929-3.0190.5421950170.5421950170.3250.542
3.019-3.1180.5321899470.5321899470.3570.532
3.118-3.2270.5171825160.5171825160.3970.517
3.227-3.3490.511763690.511763690.4310.51
3.349-3.4860.5021703520.5021703520.4690.502
3.486-3.6410.4961627380.4961627380.4940.496
3.641-3.8180.4951558460.4951558460.5010.495
3.818-4.0250.4941478420.4941478420.5140.494
4.025-4.2690.4991406700.4991406700.5160.499
4.269-4.5640.4961314460.4961314460.5330.496
4.564-4.9290.4961227650.4961227650.5250.496
4.929-5.40.4951122510.4951122510.5010.495
5.4-6.0370.4981022740.4981022740.4740.498
6.037-6.970.505898360.505898360.460.505
6.97-8.5350.505757000.505757000.4610.505
8.535-12.0660.511585750.511585750.4510.511
12.066-299.7760.615321140.615321140.3710.615

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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