PDB-8q5v: MgADP-bound Fe protein of the molybdenum nitrogenase from Methano...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q5v

タイトル

MgADP-bound Fe protein of the molybdenum nitrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

要素

Nitrogenase iron protein 1

キーワード

ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) /

nitrogenase (ニトロゲナーゼ) /

electron donor /

ATPase (ATPアーゼ) / [4Fe-4S]-cluster /

electron transfer (電子移動反応) / conformational changes /

methanogenic archaea (メタン菌) /

thermophile (好熱菌) /

oxidoreductase (酸化還元酵素) / O2-sensitivity /

ADP (アデノシン二リン酸) / N2-fixation

機能・相同性

機能・相同性情報

ニトロゲナーゼ / carbonyl sulfide nitrogenase activity /

nitrogenase activity /

窒素固定 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding /

ATP binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Maslac, N. / Wagner, T.

資金援助

ドイツ,

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural comparison of (hyper-)thermophilic nitrogenase reductases from three marine Methanococcales.
著者: Maslac, N. / Cadoux, C. / Bolte, P. / Murken, F. / Gu, W. / Milton, R.D. / Wagner, T.

履歴

登録	2023年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q5v.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q5v.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8q50C 8q5tC 8q5wC 8q5xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Nitrogenase iron protein 1

B: Nitrogenase iron protein 1

C: Nitrogenase iron protein 1

D: Nitrogenase iron protein 1

E: Nitrogenase iron protein 1

F: Nitrogenase iron protein 1

G: Nitrogenase iron protein 1

H: Nitrogenase iron protein 1

J: Nitrogenase iron protein 1

K: Nitrogenase iron protein 1

L: Nitrogenase iron protein 1

M: Nitrogenase iron protein 1

ヘテロ分子

384 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Nitrogenase iron protein 1

B: Nitrogenase iron protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
63.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Nitrogenase iron protein 1

D: Nitrogenase iron protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Nitrogenase iron protein 1

F: Nitrogenase iron protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Nitrogenase iron protein 1

H: Nitrogenase iron protein 1

ヘテロ分子

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63.8 kDa, 2 ポリマー
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5

J: Nitrogenase iron protein 1

K: Nitrogenase iron protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 2 ポリマー
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6

L: Nitrogenase iron protein 1

M: Nitrogenase iron protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.478, 87.594, 182.048
Angle α, β, γ (deg.)	93.98, 98.58, 109.65
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHJKLM

#1: タンパク質	Nitrogenase iron protein 1 分子量: 31271.863 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: SN-1 / 組織: / / 参照: UniProt: P25767

-
非ポリマー , 7種, 76分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 % / 解説: Large brown plate
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: The purified protein was crystallised at a final concentration of 32.7 mg/ml with 10 mM ATP and 10 mM MgCl2 by spotting 0.5 ul of crystallisation solution with 0.5 ul of protein sample. ...詳細: The purified protein was crystallised at a final concentration of 32.7 mg/ml with 10 mM ATP and 10 mM MgCl2 by spotting 0.5 ul of crystallisation solution with 0.5 ul of protein sample. Crystallisation was done anaerobically in a Coy tent containing N2/H2 (97:3%) atmosphere. The screening was done at 20 degrees Celsius on 96-Well MRC 2-drop polystyrene (SWISSCI) plates containing 90 ul of crystallisation solution. The crystallisation solution in which crystals were obtained contained 20 % w/v polyethylene glycol 8000, 100 mM Tris pH 8.5 and 200 mM magnesium chloride. The crystals were soaked in the crystallisation solution supplemented with 30% glycerol prior freezing in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 % / 解説: Large brown plate

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: The purified protein was crystallised at a final concentration of 32.7 mg/ml with 10 mM ATP and 10 mM MgCl2 by spotting 0.5 ul of crystallisation solution with 0.5 ul of protein sample. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→71 Å / Num. obs: 66142 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.284 / R_pim(I) all: 0.117 / R_rim(I) all: 0.307 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 2.74→2.9 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.224 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3154 / CC_1/2: 0.526 / R_pim(I) all: 0.509 / R_rim(I) all: 1.358 / % possible all: 63.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.74→39.93 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Translation-libration screw was used during refinement.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2543	3242	4.9 %
R_work	0.2172	-	-
obs	0.219	66105	72.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→39.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25495	0	462	23	25980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	26347
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.239	35587
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.84	10039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	3975
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4606

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.74-2.79	0.3973	14	0.3328	351	X-RAY DIFFRACTION	9
2.79-2.83	0.346	35	0.2876	756	X-RAY DIFFRACTION	20
2.83-2.88	0.3704	56	0.2885	1199	X-RAY DIFFRACTION	32
2.88-2.92	0.3674	97	0.2872	1609	X-RAY DIFFRACTION	42
2.92-2.98	0.3601	109	0.2825	1763	X-RAY DIFFRACTION	48
2.98-3.04	0.3238	121	0.2768	2127	X-RAY DIFFRACTION	56
3.04-3.1	0.2821	117	0.2644	2291	X-RAY DIFFRACTION	61
3.1-3.16	0.3058	133	0.2754	2385	X-RAY DIFFRACTION	63
3.16-3.24	0.3275	131	0.2675	2710	X-RAY DIFFRACTION	70
3.24-3.32	0.2861	119	0.2655	2693	X-RAY DIFFRACTION	72
3.32-3.41	0.2531	145	0.2518	3064	X-RAY DIFFRACTION	79
3.41-3.51	0.3248	117	0.2581	2554	X-RAY DIFFRACTION	67
3.51-3.62	0.303	167	0.2396	3385	X-RAY DIFFRACTION	89
3.62-3.75	0.2624	131	0.2544	2643	X-RAY DIFFRACTION	71
3.75-3.9	0.2746	148	0.237	3276	X-RAY DIFFRACTION	86
3.9-4.08	0.2836	189	0.2195	3613	X-RAY DIFFRACTION	95
4.08-4.29	0.258	190	0.2046	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-4.56	0.2203	229	0.1853	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-4.91	0.2213	183	0.1733	3810	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.41	0.2275	221	0.1837	3744	X-RAY DIFFRACTION	100
5.41-6.19	0.2148	189	0.2056	3815	X-RAY DIFFRACTION	100
6.19-7.79	0.2135	197	0.2042	3759	X-RAY DIFFRACTION	100
7.79-39.93	0.2034	204	0.1733	3776	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.234	-3.58	-3.5652	3.9899	1.9839	4.0981	-0.2145	-0.6535	0.4598	0.7058	0.1704	-0.1692	-0.6341	-0.5034	0.0724	0.582	0.1162	-0.0541	0.6857	-0.128	0.1838	19.3759	-0.635	-69.8694
2	2.5106	-1.8874	0.344	2.9547	0.0036	0.8933	-0.2072	-0.5349	-0.1014	0.5256	0.4527	0.3154	-0.2217	-0.6746	-0.1581	0.3356	0.1629	0.0815	0.5773	0.0468	0.2503	14.2826	-9.5853	-77.3975
3	1.2859	0.5362	-0.8504	1.4375	-0.6009	1.3782	-0.0158	-0.1773	-0.3168	0.2613	0.0653	0.0392	0.2565	-0.2126	0.0928	0.0002	-0.1274	0.0576	0.4747	0.1979	0.4074	15.5615	-18.8604	-89.0681
4	1.3657	0.5564	-1.0222	1.2018	-0.4973	4.1661	-0.0891	-0.4051	-0.5702	0.2251	0.1801	0.4604	0.8469	-0.3211	-0.0134	0.4551	-0.1411	0.0165	0.5442	0.2284	0.5761	12.0778	-30.1847	-80.3721
5	1.9461	-0.8406	0.741	2.6496	0.0356	2.1188	-0.1502	-0.6023	-0.5593	0.4943	-0.1639	-0.2945	1.1029	0.2194	0.1857	0.7156	0.0766	0.0791	0.4765	0.2393	0.5803	35.7707	-34.5271	-64.8801
6	3.2227	-1.1369	1.9096	4.3004	-1.6314	5.2294	-0.4038	-0.9295	0.027	0.7655	-0.0318	-0.6987	0.3508	0.3794	0.3906	0.4856	0.1014	-0.0396	0.5935	0.1555	0.4651	36.4898	-23.8362	-63.6142
7	2.741	0.1275	-0.2735	3.6118	-0.9907	3.5195	-0.0359	-0.0618	-0.1937	-0.1248	-0.3199	-0.9113	0.6318	0.6066	0.3112	0.3383	0.0822	0.0855	0.4449	0.1967	0.5262	42.4366	-22.4179	-81.0286
8	0.1426	-0.1892	0.4248	1.267	-0.3979	1.3044	-0.2559	-0.0122	-0.4525	0.2757	-0.2228	-0.4251	0.6077	0.5952	0.3863	0.5336	0.1992	0.2203	0.5492	0.2889	0.9016	44.7963	-27.6836	-81.1559
9	2.8256	0.9167	-1.1012	4.7087	-0.8107	4.8909	-0.1023	0.3405	0.3029	-0.3578	-0.1419	-0.9326	-0.8418	0.6244	0.2321	0.4271	-0.0923	-0.0405	0.6865	0.2763	0.6493	48.591	27.2143	-57.4442
10	3.1137	2.5627	-0.2299	2.4548	0.4514	1.3989	-0.0538	0.7162	1.0403	-0.2202	-0.0507	0.7453	-1.2106	-0.9375	0.0854	0.6864	0.2516	-0.0362	0.7616	0.1329	0.5937	35.5731	32.448	-57.5248
11	1.0205	0.3626	-0.0012	3.6393	-0.4503	1.6185	-0.2551	0.8971	0.2367	-0.9428	-0.0277	0.0374	-0.3923	-0.3627	0.2646	0.5743	-0.0211	-0.1045	1.0183	0.2137	0.4762	37.8839	24.7752	-66.1758
12	5.1791	0.1822	-0.344	2.4606	-0.5082	1.6906	-0.1363	0.1882	-0.1026	-0.1438	-0.352	-0.516	-0.0035	0.1504	0.3779	0.1891	0.0048	0.0094	0.5929	0.2287	0.5671	47.586	13.4541	-48.4805
13	1.3744	-0.7797	-1.1616	2.3797	-0.5387	3.1582	0.2611	-0.0275	0.2514	0.3117	-0.2918	-0.3919	-1.2013	0.2064	-0.0126	0.8106	-0.2705	-0.2135	0.5969	0.3284	0.7147	49.0258	33.0681	-45.5828
14	1.5373	-0.4074	-0.4755	1.6283	-0.2218	2.933	-0.2483	0.2786	-0.1803	-0.1688	-0.1711	-0.4962	0.0444	0.34	0.3887	0.2595	0.0778	0.1094	0.7646	0.245	0.6528	49.9115	8.5718	-42.4136
15	3.6404	0.2736	-0.4176	1.3385	-0.2542	2.3657	-0.0922	0.7323	-0.3903	-0.2556	-0.1396	0.1061	0.3578	-0.0273	0.1386	0.1605	-0.019	-0.0403	0.6796	0.002	0.381	23.5513	-0.3455	-42.2346
16	2.9574	0.7252	-0.6905	2.4318	-1.2763	0.8825	-0.1616	0.9845	-0.3315	-0.5198	0.198	-0.1802	0.35	-0.2407	-0.0207	0.3273	-0.2033	-0.0445	0.8868	0.043	0.4135	22.7477	-2.0224	-48.4338
17	3.2363	-1.1087	-0.3079	3.9868	-1.7033	0.9352	-0.1257	0.8642	0.1888	-0.5931	0.1952	0.2715	-0.1989	-0.2731	0.0118	0.3922	0.0504	-0.0615	0.9538	0.2075	0.3746	19.3088	16.3719	-47.2816
18	1.6793	-0.6821	1.0004	1.1104	0.0524	0.8609	-0.0399	0.3056	0.6166	-0.246	-0.1558	0.1779	-0.2945	-0.0715	0.1501	0.1473	0.0832	-0.0272	0.7573	0.3317	0.6706	19.614	16.9819	-34.3766
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62	3.3988	-1.9893	-1.2299	7.2804	1.2826	0.5176	-0.0929	-0.1038	0.3566	0.1097	-0.0838	-1.1575	-0.7531	0.9134	0.1356	0.9009	-0.3936	-0.2122	0.67	0.0791	0.8674	91.1461	41.9022	-106.6986
63	0.9334	-1.2558	-0.278	1.799	0.7277	1.6628	-0.028	-0.5093	0.5952	0.4726	0.0827	-0.4474	-0.9241	0.582	-0.0333	1.0612	-0.1924	-0.1376	0.5206	-0.1054	0.4779	79.13	41.7856	-97.8204
64	2.8662	1.6768	-1.315	4.7294	0.8234	1.2792	-0.0229	0.1208	0.6087	0.0135	0.2354	0.5164	-0.9602	-0.5655	-0.1925	0.6641	0.149	-0.0698	0.4703	-0.0316	0.4456	58.9575	42.7132	-108.8451
65	4.3647	0.9208	3.1945	5.1131	1.6837	2.5438	-0.0503	0.4487	-0.4837	-0.8453	0.2723	0.5118	1.2254	-0.4951	-0.2563	1.0985	-0.2684	-0.0423	0.5827	0.2527	0.6353	65.6906	31.1243	-141.4654
66	0.4983	-0.1962	0.1036	1.4781	-1.1127	1.6668	-0.1585	0.2928	0.2073	-0.5889	0.3798	0.5516	-0.0634	-0.3614	-0.2607	0.9952	-0.3074	-0.2663	0.3597	0.4061	0.7049	56.2482	34.5219	-135.4996
67	0.8443	-0.2901	0.2107	1.6214	-1.2297	1.6109	-0.2903	0.4576	0.3268	-0.4266	0.0691	-0.2572	-0.0273	0.4877	0.295	1.1149	-0.2897	0.1109	0.4986	0.1535	0.511	75.7999	39.955	-135.7908
68	4.2496	-0.7228	0.7989	2.7003	-1.1786	1.3055	-0.1136	-0.5622	-0.0176	0.2496	0.0208	0.3531	0.0229	-0.2235	-0.1154	-0.0057	-0.0051	0.0561	0.4326	0.0668	0.3213	13.3937	-8.4928	-84.6308
69	2.7321	-0.8683	1.5426	2.4193	-1.0601	2.6151	-0.0752	-0.3968	0.2541	0.4478	0.1851	-0.5805	-0.5802	-0.0406	-0.0312	0.2043	0.0378	-0.0168	0.4719	-0.0274	0.3308	22.7751	0.9205	-81.4993

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'J' and (resid 106 through 119 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'J' and (resid 120 through 162 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'J' and (resid 163 through 256 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'J' and (resid 257 through 279 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'K' and (resid 7 through 95 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'K' and (resid 96 through 162 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'K' and (resid 163 through 230 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'K' and (resid 231 through 281 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 5 through 47 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 48 through 65 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 66 through 144 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 145 through 211 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 212 through 256 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 257 through 280 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'M' and (resid 6 through 79 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'M' and (resid 80 through 140 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'M' and (resid 141 through 199 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'M' and (resid 200 through 280 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 3 through 22 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 23 through 47 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 48 through 65 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and (resid 66 through 119 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resid 120 through 183 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'A' and (resid 184 through 211 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'A' and (resid 212 through 278 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 2 through 65 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 66 through 162 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and (resid 163 through 280 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 2 through 22 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 23 through 119 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'C' and (resid 120 through 199 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'C' and (resid 200 through 230 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'C' and (resid 231 through 256 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'C' and (resid 257 through 280 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 2 through 22 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 23 through 57 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 58 through 119 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 120 through 162 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'D' and (resid 163 through 183 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 184 through 211 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'D' and (resid 212 through 230 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'D' and (resid 231 through 256 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'D' and (resid 257 through 280 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 2 through 22 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 23 through 162 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'E' and (resid 163 through 279 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 4 through 22 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 23 through 57 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 58 through 86 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 87 through 162 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 163 through 178 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 179 through 199 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'F' and (resid 200 through 242 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'F' and (resid 243 through 256 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'F' and (resid 257 through 280 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'G' and (resid 2 through 22 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'G' and (resid 23 through 65 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'G' and (resid 66 through 119 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'G' and (resid 120 through 178 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'G' and (resid 179 through 199 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'G' and (resid 200 through 222 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'G' and (resid 223 through 242 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'G' and (resid 243 through 256 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'G' and (resid 257 through 280 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'H' and (resid 2 through 22 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'H' and (resid 23 through 140 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'H' and (resid 141 through 280 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'J' and (resid 4 through 36 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'J' and (resid 37 through 105 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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