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- PDB-8q5w: MgADP-bound Fe protein of the molybdenum nitrogenase from Methano... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8q5w | |||||||||
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Title | MgADP-bound Fe protein of the molybdenum nitrogenase from Methanocaldococcus infernus | |||||||||
![]() | Nitrogenase iron protein | |||||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / nitrogenase / electron donor / ATPase / [4Fe-4S]-cluster / electron transfer / conformational changes / methanogenic archaea / hyperthermophile / oxidoreductase / O2-sensitivity / N2-fixation | |||||||||
Function / homology | ![]() nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Maslac, N. / Wagner, T. | |||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural comparison of (hyper-)thermophilic nitrogenase reductases from three marine Methanococcales. Authors: Maslac, N. / Cadoux, C. / Bolte, P. / Murken, F. / Gu, W. / Milton, R.D. / Wagner, T. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 13.8 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 13.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 110 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 145.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8q50C ![]() 8q5tC ![]() 8q5vC ![]() 8q5xC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 31148.984 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() |
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-Non-polymers , 8 types, 93 molecules ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
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![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-NO3 / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-SF4 / #7: Chemical | ChemComp-CL / #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.4 % / Description: Brown pyramid |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: The purified protein was crystallised at a final concentration of 18.3 mg/ml with 2 mM ADP and 2 mM MgCl2 by spotting 0.7 ul of crystallisation solution with 0.7 ul of protein sample. ...Details: The purified protein was crystallised at a final concentration of 18.3 mg/ml with 2 mM ADP and 2 mM MgCl2 by spotting 0.7 ul of crystallisation solution with 0.7 ul of protein sample. Crystallisation was done anaerobically in a Coy tent containing N2/H2 (97:3%) atmosphere. The screening was done at 20 degrees Celsius on 96-Well MRC 2-drop polystyrene (SWISSCI) plates containing 90 ul of crystallisation solution. The crystallisation solution in which crystals were obtained contained 20 % w/v polyethylene glycol 3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5 and 200 mM sodium nitrate. Sealed plates were stored inside the same anaerobic chamber where the crystallisation was performed. The crystals in complex with MgADP were soaked in the crystallisation solution supplemented with 20% ethylene glycol prior to freezing in liquid nitrogen. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 3, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.49→120.26 Å / Num. obs: 91224 / % possible obs: 91.2 % / Redundancy: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 79.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.49→2.83 Å / Redundancy: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 2.314 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4487 / CC1/2: 0.68 / Rpim(I) all: 0.529 / Rrim(I) all: 2.375 / % possible all: 77.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Translation-libration screw was used during refinement. The model was refined with riding hydrogens that were omitted in the final deposited model.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 79.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.49→49.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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