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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q5x | |||||||||
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タイトル | MgADP-bound Fe protein of the molybdenum nitrogenase from Methanococcus maripaludis | |||||||||
要素 | Nitrogenase iron protein | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / nitrogenase (ニトロゲナーゼ) / electron donor / ATPase (ATPアーゼ) / [4Fe-4S]-cluster / electron transfer (電子移動反応) / conformational changes / methanogenic archaea (メタン菌) / oxidoreductase (酸化還元酵素) / O2-sensitivity / N2-fixation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ニトロゲナーゼ / carbonyl sulfide nitrogenase activity / nitrogenase activity / 窒素固定 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methanococcus maripaludis S2 (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Maslac, N. / Wagner, T. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2024 タイトル: Structural comparison of (hyper-)thermophilic nitrogenase reductases from three marine Methanococcales. 著者: Maslac, N. / Cadoux, C. / Bolte, P. / Murken, F. / Gu, W. / Milton, R.D. / Wagner, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q5x.cif.gz | 465.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q5x.ent.gz | 381.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q5x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 31751.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: / 由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis S2 (古細菌) 株: S2 / 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: nifH / 器官: / / Variant: / / プラスミド: WG35 詳細 (発現宿主): pET21a vector carrying the nifH gene from M.?maripaludis with a C terminal 6 x HIS tag (cloned from M.?maripaludis Strain S2 derivative MM901) behind a T7 promoter Cell (発現宿主): / / 細胞株 (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 組織 (発現宿主): / / Variant (発現宿主): delta iscR / 参照: UniProt: P0CW57 |
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-非ポリマー , 9種, 1366分子
#2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | ChemComp-CA / #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-PEG / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 % / 解説: Fragment from a thick brown plate |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: The purified protein was crystallised at a final concentration of 13 mg/ml with 2 mM ATP and 2 mM MgCl2 by spotting 0.7 ul of crystallisation solution with 0.7 ul of protein sample. ...詳細: The purified protein was crystallised at a final concentration of 13 mg/ml with 2 mM ATP and 2 mM MgCl2 by spotting 0.7 ul of crystallisation solution with 0.7 ul of protein sample. Crystallisation was done anaerobically in a Coy tent containing N2/H2 (97:3%) atmosphere. The screening was done at 20 degrees Celsius on 96-Well MRC 2-drop polystyrene (SWISSCI) plates containing 90 ul of crystallisation solution. The crystallisation solution in which crystals were obtained contained 20 % w/v polyethylene glycol 3000, 100 mM Tris pH 7.0 and 200 mM calcium acetate. The crystal was soaked in the crystallisation solution supplemented with 20% glycerol prior to freezing in liquid nitrogen. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→78.82 Å / Num. obs: 94344 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 20.79 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.237 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.86 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.232 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4718 / CC1/2: 0.468 / Rpim(I) all: 0.511 / Rrim(I) all: 1.336 / % possible all: 57.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→46.89 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 36.09 / 位相誤差: 21.09 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F 詳細: Translation-libration screw was used during refinement. The model was refined with riding hydrogens that were omitted in the final deposited model.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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