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- PDB-8pz4: Structure of alginate transporter, AlgE, solved at wavelength 2.755 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pz4
タイトルStructure of alginate transporter, AlgE, solved at wavelength 2.755 A
要素Alginate production protein AlgE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter
機能・相同性Alginate export domain / Alginate export / alginic acid biosynthetic process / cell outer membrane / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / CITRATE ANION / Alginate production protein AlgE
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Duman, R. / El Omari, K. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Wagner, A. / Vogeley, L. / Brown, D.G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Diamond Light Source 英国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths.
著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / Owen, C.D. / Wittmann, S. / Renner, M. / Senda, M. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Bowden, T.A. / Moraes, I. / Grimes, J.M. / Mancini, E.J. / Walsh, M.A. / Guzzo, C.R. / Owens, R.J. / Jones, E.Y. / Brown, D.G. / Stuart, D.I. / Beis, K. / Wagner, A.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate production protein AlgE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,70122
ポリマ－53,5021
非ポリマー5,19921
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.350, 74.690, 115.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alginate production protein AlgE


分子量: 53502.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: algE, alg76, PA3544 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18895

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非ポリマー , 8種, 210分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-78M / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL


分子量: 314.460 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-78N / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL (2R)


分子量: 314.460 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.1 M SODIUM CITRATE, 18 %(W/V) PEG 400. PROTEIN WAS MIXED WITH 7.8 MAG AT RATIO 1:1 (W:W) TO FORM CUBIC PHASE.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.755 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→56.58 Å / Num. obs: 88023 / % possible obs: 96.76 % / 冗長度: 26.7 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 27.32
反射 シェル解像度: 1.77→1.833 Å / Num. unique obs: 4019 / CC1/2: 0.903

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→56.58 Å / SU ML: 0.2107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.6529
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 3998 4.54 %
Rwork0.1877 84025 -
obs0.1897 88023 96.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→56.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3683 0 286 189 4158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00684063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97385429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0602529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.866684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.790.38421150.33442133X-RAY DIFFRACTION71.3
1.79-1.810.33071590.33312802X-RAY DIFFRACTION91.62
1.81-1.840.39511150.31882741X-RAY DIFFRACTION92.76
1.84-1.860.31361470.26612780X-RAY DIFFRACTION93.37
1.86-1.890.29011420.27582906X-RAY DIFFRACTION93.78
1.89-1.910.26281490.24912778X-RAY DIFFRACTION93.54
1.91-1.940.26181510.22372736X-RAY DIFFRACTION94.25
1.94-1.970.25641290.22282919X-RAY DIFFRACTION94.37
1.97-20.2211300.19522807X-RAY DIFFRACTION94.04
2-2.040.25581380.19982911X-RAY DIFFRACTION95.13
2.04-2.080.22071230.19712840X-RAY DIFFRACTION95.37
2.08-2.110.25311540.1972895X-RAY DIFFRACTION95.79
2.11-2.160.21891170.18812876X-RAY DIFFRACTION96.49
2.16-2.210.21741560.19462921X-RAY DIFFRACTION96.61
2.21-2.260.29311130.18452978X-RAY DIFFRACTION97.14
2.26-2.310.25081290.17842930X-RAY DIFFRACTION98.11
2.31-2.380.18451210.17693007X-RAY DIFFRACTION98.12
2.38-2.450.23161350.18922973X-RAY DIFFRACTION98.79
2.45-2.520.25091540.18962951X-RAY DIFFRACTION98.95
2.52-2.610.22031470.19663077X-RAY DIFFRACTION99.6
2.61-2.720.22881470.19892930X-RAY DIFFRACTION99.81
2.72-2.840.25281270.19923057X-RAY DIFFRACTION99.81
2.84-2.990.23781470.192989X-RAY DIFFRACTION99.94
2.99-3.180.27841770.1852978X-RAY DIFFRACTION99.97
3.18-3.430.22171520.16692992X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.770.21541460.15292998X-RAY DIFFRACTION99.87
3.77-4.320.19791280.15963069X-RAY DIFFRACTION99.94
4.32-5.440.1951060.16373024X-RAY DIFFRACTION99.97
5.44-56.580.22051440.20153027X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.8123825024 Å / Origin y: 10.0349664802 Å / Origin z: 30.5498486659 Å
111213212223313233
T0.180435383703 Å2-0.0193587390854 Å2-0.00164243330631 Å2-0.119820321083 Å2-0.0010031151353 Å2--0.106273920855 Å2
L0.585339122572 °20.117243228696 °2-0.0674421736223 °2-0.526186293204 °20.082018897314 °2--0.298652146918 °2
S0.0184698428554 Å °0.05504407922 Å °0.035385189188 Å °-0.0380895020223 Å °-0.0164093135845 Å °0.0299748680798 Å °-0.0251597196481 Å °-0.0195134852187 Å °-0.00935522569152 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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