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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pxk | ||||||
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タイトル | Structure of NADH-DEPENDENT FERREDOXIN REDUCTASE, BPHA4, solved at wavelength 5.76 A | ||||||
![]() | Ferredoxin reductase | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Senda, M. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Wagner, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths. 著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / Owen, C.D. / Wittmann, S. / Renner, M. / Senda, M. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Bowden, T.A. / Moraes, I. / Grimes, J.M. / Mancini, E.J. / Walsh, M.A. / Guzzo, C.R. / Owens, R.J. / Jones, E.Y. / Brown, D.G. / Stuart, D.I. / Beis, K. / Wagner, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pwnC ![]() 8px0C ![]() 8px1C ![]() 8px4C ![]() 8px5C ![]() 8px7C ![]() 8px9C ![]() 8pxcC ![]() 8pxgC ![]() 8pxhC ![]() 8pxjC ![]() 8pxlC ![]() 8pyvC ![]() 8pyzC ![]() 8pz4C ![]() 8pz5C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43221.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: bphA4 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium formate Acetate buffer, pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.77→85.03 Å / Num. obs: 4614 / % possible obs: 86.62 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1448 / Rpim(I) all: 0.04015 / Rrim(I) all: 0.1507 / Net I/σ(I): 21.38 |
反射 シェル | 解像度: 3.77→3.905 Å / Num. unique obs: 373 / CC1/2: 0.987 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.146 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.77→85.03 Å
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拘束条件 |
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