PDB-8oxv: Transglutaminase 3 zymogen in complex with DH patient-derived Fab...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oxv

タイトル

Transglutaminase 3 zymogen in complex with DH patient-derived Fab DH63-B02

要素

(Antibody Fab fragment ...) x 2
Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Transglutaminase (タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ) / TGM3 / TG3 /

Transglutaminase 3 (タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ) /

enzyme (酵素) /

zymogen (酵素前駆体) /

antibody (抗体) / dermatitis herpetiformis

機能・相同性

機能・相同性情報

タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ /

protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / hair follicle morphogenesis /

acyltransferase activity /

ケラチン /

catalytic activity / keratinocyte differentiation /

extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Heggelund, J.E. / Sollid, L.M.

資金援助

ノルウェー, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Autoantibody binding and unique enzyme-substrate intermediate conformation of human transglutaminase 3.
著者: Heggelund, J.E. / Das, S. / Stamnaes, J. / Iversen, R. / Sollid, L.M.

履歴

登録	2023年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oxv.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oxv.ent.gz	712.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oxwC 8oxxC 8oxyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-ES-649173307 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (13) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain

B: Antibody Fab fragment Heavy chain

C: Antibody Fab fragment light chain

ヘテロ分子

124 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.659, 94.040, 91.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.463, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain 分子量: 76706.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGM3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q08188

-
抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体	Antibody Fab fragment Heavy chain 分子量: 24112.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IGHV3-9 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Antibody Fab fragment light chain 分子量: 23149.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IGLV6-57 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 1353分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.1M HEPES-MOPS pH7.1, 15% ethylene glycol, 7.5% PEG8000, 6 mM CaCl2, 6 mM MgCl2. 20% Ethylene glycol in the cryo solution.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→41.806 Å / Num. obs: 127215 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.074 / R_rim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 1.167 / Num. unique obs: 6308 / CC_1/2: 0.457 / R_pim(I) all: 0.952 / R_rim(I) all: 1.513

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Aimless	0.7.9	データスケーリング
DIALS	2.2.10	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.8.7	モデル構築
BUCCANEER		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→41.806 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 7.567 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.121
詳細: TLS. Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	6326	4.975 %
R_work	0.1854	120828	-
all	0.188	-	-
obs	-	127154	99.91 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.842 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.155 Å²	-0 Å²	-0.527 Å²
2-	-	0.379 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.159 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.806 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8632	0	16	1346	9994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	8983
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.712	1.64	12205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.578	1.566	19203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.774	5	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.942	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.769	10	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.098	10	386
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	7792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	4309
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	4796
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	992
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.181	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.135	2.399	4552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.135	2.399	4552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.645	4.285	5698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.645	4.288	5699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.64	2.648	4431
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.64	2.649	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.48	4.701	6503
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.479	4.701	6504
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.829	26.971	10294
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.725	25.066	9874

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.346	501	0.327	8891	0.328	9402	0.914	0.917	99.8936	0.332
1.847-1.897	0.338	502	0.311	8627	0.312	9134	0.919	0.929	99.9453	0.314
1.897-1.952	0.316	426	0.281	8432	0.282	8864	0.93	0.945	99.9323	0.282
1.952-2.012	0.284	429	0.253	8184	0.255	8616	0.946	0.956	99.9652	0.251
2.012-2.078	0.251	427	0.235	7927	0.236	8356	0.959	0.962	99.9761	0.228
2.078-2.151	0.271	439	0.221	7649	0.223	8092	0.949	0.968	99.9506	0.211
2.151-2.232	0.235	344	0.194	7415	0.196	7770	0.965	0.976	99.8584	0.183
2.232-2.322	0.251	331	0.195	7185	0.198	7523	0.96	0.975	99.907	0.183
2.322-2.425	0.24	305	0.176	6927	0.179	7236	0.966	0.98	99.9447	0.164
2.425-2.543	0.237	342	0.177	6555	0.18	6901	0.965	0.98	99.942	0.166
2.543-2.68	0.219	383	0.167	6181	0.17	6569	0.97	0.983	99.9239	0.156
2.68-2.842	0.217	272	0.165	5936	0.168	6212	0.97	0.983	99.9356	0.157
2.842-3.037	0.225	310	0.17	5567	0.173	5878	0.968	0.984	99.983	0.165
3.037-3.279	0.217	272	0.177	5166	0.179	5443	0.973	0.983	99.9081	0.174
3.279-3.59	0.219	229	0.184	4772	0.186	5006	0.974	0.984	99.9001	0.184
3.59-4.01	0.211	223	0.164	4339	0.167	4568	0.974	0.985	99.8687	0.166
4.01-4.623	0.162	176	0.129	3837	0.131	4019	0.984	0.989	99.8507	0.136
4.623-5.645	0.2	190	0.154	3237	0.156	3428	0.977	0.989	99.9708	0.166
5.645-7.912	0.249	128	0.178	2556	0.182	2684	0.968	0.987	100	0.188
7.912-41.806	0.206	97	0.198	1445	0.199	1557	0.977	0.96	99.0366	0.447

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4645	-0.1421	0.0705	0.1192	-0.1718	0.3109	0.0728	0.0536	-0.0622	-0.012	-0.0531	0.0227	-0.0196	0.0732	-0.0198	0.0994	0.0405	-0.0682	0.1063	0.0021	0.1519	26.9798	-0.2072	27.6119
2	0.9179	-0.1448	-0.633	0.0405	-0.0085	1.3756	0.0335	-0.1719	0.019	-0.0281	0.036	0.0123	-0.1129	0.075	-0.0695	0.2381	-0.0273	-0.093	0.0479	-0.0143	0.0986	-1.4176	3.041	74.691
3	0.5333	-0.1003	-0.1505	0.0489	0.1201	0.3272	-0.0469	0.02	0.1017	0.0098	-0.0005	0.0038	0.0415	0.0029	0.0475	0.1854	-0.003	-0.018	0.0036	0.0266	0.2032	-11.4928	1.4539	61.4262

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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