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- PDB-8oxx: Transglutaminase 3 in complex with inhibitor Z-don and DH patient... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oxx | ||||||||||||
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Title | Transglutaminase 3 in complex with inhibitor Z-don and DH patient-derived Fab DH63-B02 | ||||||||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / Transglutaminase / TGM3 / TG3 / Transglutaminase 3 / enzyme / antibody / dermatitis herpetiformis / inhibitor / Z-don / IGHV3-9 / IGLV6-57 | ||||||||||||
Function / homology | ![]() protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / hair follicle morphogenesis / acyltransferase activity / keratinization / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / catalytic activity / keratinocyte differentiation / protein modification process ...protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / hair follicle morphogenesis / acyltransferase activity / keratinization / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / catalytic activity / keratinocyte differentiation / protein modification process / calcium ion binding / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Heggelund, J.E. / Sollid, L.M. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Autoantibody binding and unique enzyme-substrate intermediate conformation of human transglutaminase 3. Authors: Heggelund, J.E. / Das, S. / Stamnaes, J. / Iversen, R. / Sollid, L.M. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 877.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 555.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8oxvC ![]() 8oxwC ![]() 8oxyC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 50925.703 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules BC
#2: Antibody | Mass: 23922.729 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: IGHV3-9 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#3: Antibody | Mass: 23149.400 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: IGLV6-57 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 9 types, 468 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/P6S.gif)
![](data/chem/img/ONL.gif)
![](data/chem/img/DVA.gif)
![](data/chem/img/DPR.gif)
![](data/chem/img/MLL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/P6S.gif)
![](data/chem/img/ONL.gif)
![](data/chem/img/DVA.gif)
![](data/chem/img/DPR.gif)
![](data/chem/img/MLL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||||||||||||||
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#5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-P6S / | #8: Chemical | ChemComp-ONL / | #9: Chemical | ChemComp-DVA / | #10: Chemical | ChemComp-DPR / | #11: Chemical | ChemComp-MLL / | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.1 Details: 0.1M Hepes-mops pH 7.1, 22% ethylene glycol, 11% PEG8000, 8 mM CaCl2, 8 mM MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 5, 2022 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→52.804 Å / Num. obs: 30234 / % possible obs: 94.6 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 8.9 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.41 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→52.804 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |