PDB-8oxw: Transglutaminase 3 in complex with DH patient-derived Fab DH63-B02

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oxw

タイトル

Transglutaminase 3 in complex with DH patient-derived Fab DH63-B02

要素

(Antibody fab fragment ...) x 2
Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Transglutaminase (タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ) / TGM3 / TG3 /

Transglutaminase 3 (タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ) /

enzyme (酵素) /

antibody (抗体) / dermatitis herpetiformis

機能・相同性

機能・相同性情報

タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ /

protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / hair follicle morphogenesis /

acyltransferase activity /

ケラチン /

catalytic activity / keratinocyte differentiation /

extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Heggelund, J.E. / Sollid, L.M.

資金援助

ノルウェー, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Autoantibody binding and unique enzyme-substrate intermediate conformation of human transglutaminase 3.
著者: Heggelund, J.E. / Das, S. / Stamnaes, J. / Iversen, R. / Sollid, L.M.

履歴

登録	2023年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oxw.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oxw.ent.gz	701.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oxw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oxvC 8oxxC 8oxyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-ES-771249081 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (13) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain

B: Antibody fab fragment heavy chain

C: Antibody fab fragment light chain

ヘテロ分子

125 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.505, 93.488, 90.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.632, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain 分子量: 76706.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGM3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q08188

-
抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体	Antibody fab fragment heavy chain 分子量: 24112.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IGHV3-9 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Antibody fab fragment light chain 分子量: 23149.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IGLV6-57 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 1166分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.1M HEPES-MOPS pH 7.1, 22% ethylene glycol, 11% PEG8000, 10 mM CaCl2, 10 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50.02 Å / Num. obs: 146920 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 1.024 / Num. unique obs: 7313 / CC_1/2: 0.359 / R_pim(I) all: 1.005 / R_rim(I) all: 1.436

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Aimless	0.7.9	データスケーリング
Coot	0.9.8.7	モデル構築
PHASER	2.8.3	位相決定
DIALS	2.2.10	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→45.315 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 6.5 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.098
詳細: TLS. Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2101	7468	5.092 %
R_work	0.1724	139188	-
all	0.174	-	-
obs	-	146656	98.422 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.026 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	0 Å²	-0.277 Å²
2-	-	1.752 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.291 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.315 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8615	0	48	1151	9814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	8991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8347
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.733	1.642	12199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.594	1.566	19270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.61	5	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.264	5	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.285	10	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.52	10	383
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	7621
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	4780
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	863
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.105	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.274	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.255	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.382	2.729	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.381	2.729	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.786	4.875	5693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.786	4.879	5694
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.267	3.073	4444
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.266	3.074	4445
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.192	5.437	6503
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.191	5.437	6504
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.73	29.768	10083
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.647	28.262	9769

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.35	543	0.344	10364	0.344	10949	0.894	0.895	99.6164	0.346
1.744-1.792	0.325	541	0.315	10049	0.315	10643	0.912	0.913	99.502	0.316
1.792-1.844	0.29	537	0.3	9825	0.3	10413	0.928	0.923	99.5102	0.3
1.844-1.9	0.295	464	0.27	9593	0.271	10108	0.934	0.939	99.4954	0.266
1.9-1.963	0.267	445	0.236	9301	0.237	9792	0.949	0.957	99.5302	0.227
1.963-2.031	0.244	416	0.23	9011	0.231	9484	0.949	0.962	99.399	0.219
2.031-2.108	0.25	441	0.201	8661	0.203	9168	0.955	0.971	99.2801	0.187
2.108-2.194	0.224	446	0.182	8262	0.184	8795	0.966	0.978	99.0108	0.168
2.194-2.291	0.216	433	0.167	7971	0.169	8501	0.969	0.982	98.859	0.154
2.291-2.402	0.206	431	0.159	7497	0.161	8071	0.973	0.984	98.2282	0.147
2.402-2.532	0.223	413	0.147	7073	0.151	7683	0.97	0.986	97.4359	0.136
2.532-2.685	0.202	380	0.143	6573	0.146	7264	0.974	0.987	95.7186	0.135
2.685-2.87	0.191	339	0.15	6112	0.152	6838	0.976	0.986	94.3404	0.145
2.87-3.099	0.191	347	0.148	5588	0.151	6420	0.978	0.987	92.4455	0.144
3.099-3.393	0.207	274	0.16	5556	0.162	5873	0.973	0.986	99.2678	0.16
3.393-3.791	0.192	313	0.162	4992	0.164	5341	0.98	0.987	99.326	0.164
3.791-4.372	0.169	233	0.133	4434	0.135	4708	0.983	0.99	99.1291	0.139
4.372-5.342	0.173	240	0.131	3729	0.134	4010	0.987	0.992	98.9776	0.138
5.342-7.503	0.193	160	0.171	2924	0.172	3136	0.982	0.987	98.3418	0.177
7.503-45.315	0.231	72	0.169	1673	0.172	1803	0.971	0.98	96.7831	0.203

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3924	-0.061	0.0364	0.021	-0.0567	0.2742	0.0273	0.0627	-0.0431	0.007	-0.0211	-0.0014	-0.014	0.0617	-0.0062	0.047	0.0255	-0.0394	0.0972	-0.0076	0.0414	27.5065	-0.153	27.3011
2	0.5642	-0.0603	-0.6332	0.0324	0.0041	0.9234	0.0486	-0.1411	0.0358	-0.0403	0.0278	0.0157	-0.0083	0.0836	-0.0764	0.0779	0.0021	-0.0323	0.1289	-0.0104	0.0202	-0.5247	3.3609	74.1785
3	0.4394	-0.0783	-0.163	0.0186	0.0516	0.2362	-0.0043	-0.002	0.0445	-0.01	0.002	-0.0026	0.0217	0.0022	0.0024	0.1062	0.0019	-0.0146	0.0377	0.0168	0.0486	-10.7875	1.6117	61.1377

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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