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- PDB-8oxy: Transglutaminase 3 without calcium in complex with DH patient-der... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oxy | ||||||||||||
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Title | Transglutaminase 3 without calcium in complex with DH patient-derived Fab DH63-B02 | ||||||||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / Transglutaminase / TGM3 / TG3 / Transglutaminase 3 / enzyme / antibody / dermatitis herpetiformis / IGHV3-9 / IGLV6-57 | ||||||||||||
Function / homology | ![]() protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / hair follicle morphogenesis / acyltransferase activity / keratinization / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / catalytic activity / keratinocyte differentiation / protein modification process ...protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / hair follicle morphogenesis / acyltransferase activity / keratinization / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / catalytic activity / keratinocyte differentiation / protein modification process / calcium ion binding / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Heggelund, J.E. / Sollid, L.M. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Autoantibody binding and unique enzyme-substrate intermediate conformation of human transglutaminase 3. Authors: Heggelund, J.E. / Das, S. / Stamnaes, J. / Iversen, R. / Sollid, L.M. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 691.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8oxvC ![]() 8oxwC ![]() 8oxxC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 76706.570 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules BC
#2: Antibody | Mass: 24112.951 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: IGHV3-9 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#3: Antibody | Mass: 23149.400 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 841 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-PO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Bicine-Tris pH 8.5, 22% Ethylene glycol, 11% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 24, 2023 |
Radiation | Monochromator: si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→60.43 Å / Num. obs: 88598 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 5.5 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.04 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 4358 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.812 / Rrim(I) all: 1.231 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: TLS refinement. Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.537 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→58.765 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |