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- PDB-8owr: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8owr
タイトルCrystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with CTP and 2-(1-(3,4-dihydroxyphenyl)-5-(3-hydroxyphenyl)-1H-indol-3-yl)-2-oxoacetic acid
要素Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
キーワードLIGASE / CoaB / CoaBC / Fragment inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein, C-terminal / CoaB-like superfamily / DNA / pantothenate metabolism flavoprotein / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.439 Å
データ登録者Mendes, V. / Blundell, T.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1158806 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1024021 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of new inhibitors against M. tuberculosis CoaBC using a fragment based approach.
著者: Hess, J. / Mendes, V. / Evans, J.C. / Trapero, A. / Marchetti, C. / Blaszczyk, M. / Bryant, O. / Spry, C. / Coyne, A.G. / Boshoff, H.I.M. / Barry, C.E. / Mizrahi, V. / Blundell, T.L. / Abell, C.
履歴
登録2023年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
D: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,16417
ポリマ－99,0964
非ポリマー3,06813
水3,585199
1
A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1029
ポリマ－49,5482
非ポリマー1,5547
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
D: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0628
ポリマ－49,5482
非ポリマー1,5146
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.546, 77.172, 149.182
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein


分子量: 24773.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: coaBC, MSMEG_3054 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP)

-
非ポリマー , 5種, 212分子

#2: 化合物
ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-W5E / 2-[1-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]-5-(3-hydroxyphenyl)indol-3-yl]-2-oxidanylidene-ethanoic acid


分子量: 389.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% w/v PEG 8000 0.1M MES pH 6.0 0.2M calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.439→74.591 Å / Num. obs: 33723 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.244 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.253 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.44→2.57 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Num. measured all: 39803 / Num. unique obs: 4856 / CC1/2: 0.781 / Rpim(I) all: 0.316 / Rrim(I) all: 0.912 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2947: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.439→74.591 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2836 1763 5.24 %
Rwork0.2145 --
obs0.218 33654 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.439→74.591 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6107 0 193 199 6499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0978676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4853776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4394-2.50540.37941100.31322436X-RAY DIFFRACTION100
2.5054-2.57910.38351260.28342431X-RAY DIFFRACTION100
2.5791-2.66230.34521340.26322419X-RAY DIFFRACTION100
2.6623-2.75750.35911670.25982372X-RAY DIFFRACTION100
2.7575-2.86790.32441310.24272432X-RAY DIFFRACTION100
2.8679-2.99840.29851340.22832430X-RAY DIFFRACTION100
2.9984-3.15650.29251530.22412401X-RAY DIFFRACTION100
3.1565-3.35430.31141470.21512444X-RAY DIFFRACTION100
3.3543-3.61330.23461290.18872450X-RAY DIFFRACTION100
3.6133-3.97690.26371440.18342433X-RAY DIFFRACTION100
3.9769-4.55230.25461160.18242513X-RAY DIFFRACTION100
4.5523-5.73510.28311410.20472493X-RAY DIFFRACTION100
5.7351-74.5910.24241310.22132637X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2871.59590.32753.464-1.3891.65060.03570.05170.38120.25570.02560.0163-0.078-0.3376-0.12780.27810.0204-0.05320.4508-0.01290.30376.8689-18.4432-5.9571
22.1672-0.5549-0.58753.05390.76340.6571-0.07370.0059-0.108-0.1280.05780.2642-0.0064-0.13190.10270.2929-0.0179-0.04780.43230.02550.29924.7296-13.4315-8.1351
32.00341.4036-1.50622.1418-1.71231.5129-0.59970.2831-1.0607-1.31860.71860.08920.68090.21370.47930.7071-0.05930.09650.6766-0.08610.611518.8102-37.5011-12.3337
42.6997-2.6029-0.38833.6084-1.0781.7465-0.19930.17090.0654-0.56010.126-1.6121-0.13680.48540.15690.2801-0.0122-0.01980.45920.02440.455420.1168-12.0637-10.857
53.71160.17063.47672.1681-2.30158.06990.17580.40670.1577-0.5796-0.2819-0.52490.75020.08060.21410.28930.05010.06480.30160.02630.285719.394-6.84210.3018
68.90830.57022.26832.13391.97682.47630.2092-0.40980.09270.1251-0.10720.0064-0.4338-0.522-0.06660.34150.0790.02370.4512-0.02930.36319.8138-2.57475.2291
70.6155-0.07251.32742.1585-0.41432.0813-0.0877-0.0143-0.13140.08360.30090.305-0.0644-0.0818-0.16550.27450.0127-0.01790.32710.04360.32142.5968-39.28623.5196
84.2252.29671.04633.23550.80281.89730.318-0.4159-0.08880.2767-0.1424-0.19640.04670.0523-0.15210.2770.0515-0.01080.32940.06340.2899-1.9852-42.69347.4595
92.0520.79982.05921.55070.76082.4758-0.05610.2256-0.3846-0.5998-0.0547-0.48930.07520.34760.17180.32340.08120.08770.31020.00790.467913.5877-44.65053.6359
103.40780.4351-1.71440.48020.12869.2214-0.29790.79480.3111-0.51770.3772-0.8132-0.26260.53940.15550.46580.0103-0.03010.433-0.00940.39556.2097-53.8028-13.3637
110.1685-0.0924-0.01853.5308-3.4843.0341-0.23840.1042-0.34580.80370.71460.5109-0.291-0.2937-0.28730.47540.03530.05830.34870.05820.5861-4.5491-44.2321-10.1096
123.3969-1.5196-1.52473.2802-0.20886.17460.43920.0646-0.6935-0.3621-0.3947-0.20010.284-0.2002-0.09810.4658-0.0608-0.12730.35450.01050.4734-8.5939-52.1469-7.419
132.66691.4285-0.40121.1710.08953.43020.29840.74940.55-0.1027-0.08550.0552-0.0666-0.1265-0.16990.30590.01840.09460.27680.01070.3193-0.5225-21.623-31.9549
143.86121.0573-2.07510.4694-0.58332.1775-0.66020.08691.48430.47770.6197-0.0438-0.5873-0.0947-0.32350.5730.09040.04050.34450.06680.5029-10.7522-13.9599-33.7948
154.68381.0146-1.23693.6186-0.39374.80220.2204-0.3740.43780.144-0.1045-0.1884-0.97190.5479-0.08420.3964-0.0324-0.00210.2479-0.06080.3623-3.0039-18.9148-26.2051
166.11330.8191-1.08842.4749-1.08784.2562-0.02880.0832-0.6565-0.3612-0.0808-0.15690.48760.25440.12710.3460.01860.05950.1310.02450.2977-4.1849-28.3047-30.0334
179.2892-0.0826-3.1250.8122-0.43473.42-0.5557-0.8363-1.01850.08410.14530.12740.22560.21870.4460.3683-0.00580.04620.16210.01640.3963-4.9657-33.1497-24.8854
182.2283-0.93890.05115.40033.43172.7740.21490.1868-0.1596-0.382-0.0235-0.0744-0.43120.2597-0.07390.3394-0.08150.01330.44010.01340.332-11.8757-33.6019-42.4525
196.742.4614-0.78519.7134-1.69624.63430.3060.98110.242-1.2094-0.47770.82530.00830.9395-0.1910.4998-0.1315-0.05720.63420.07230.3146-17.6287-26.3797-46.4956
204.08212.8659-2.23253.1917-1.86428.0764-0.47751.6838-0.0872-0.8520.68680.40210.6723-1.0844-0.11240.39990.0048-0.00850.53030.17340.6052-19.3391-20.0162-39.5395
212.37862.6019-1.62411.0631-0.26923.24350.4142-0.39670.33680.1002-0.4020.1401-0.27060.0305-0.14310.34180.07430.09340.2699-0.00620.407319.4316-17.7066-41.9164
222.22480.3251-0.33232.50390.42942.42010.05890.16650.1549-0.178-0.0117-0.109-0.1469-0.056-0.05940.28150.02170.06670.2523-0.01670.335222.9673-12.5241-46.0042
232.7369-0.1749-0.10032.72840.36632.6851-0.62630.0886-1.4925-0.10340.2583-0.79730.5667-0.14140.26590.42830.07690.09170.42050.01810.566120.7555-33.0058-40.5088
246.7405-1.2338-1.13157.49991.09637.76510.43880.1305-0.0671-0.0112-0.2068-0.59070.09920.7174-0.25180.27070.05760.04150.32-0.01830.516436.1126-15.7646-42.2262
254.4569-0.1691-4.09560.9031.87387.1169-1.4281-1.49470.44830.035-0.3630.20190.13330.0967-1.23480.66690.9437-0.7861.5524-0.30570.355436.9969-20.2439-29.3866
260.5018-0.4167-1.74714.72031.5355.82410.17690.0636-0.33870.98290.24-0.28290.10410.3235-0.87780.38610.1155-0.09950.7659-0.01850.680934.2697-11.8138-31.0829
276.2027-1.20513.68753.25650.43762.60280.1221-2.95851.04190.21740.9924-0.6588-0.75840.6594-0.11020.4334-0.1207-0.05270.7822-0.24340.512633.7494-4.1016-34.5057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 184 through 215 )
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11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 355 through 371 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 372 through 412 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 184 through 215 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 216 through 236 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 237 through 269 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 270 through 284 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 285 through 327 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 328 through 381 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 382 through 393 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 394 through 412 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 185 through 215 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 216 through 281 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 282 through 319 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 320 through 342 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 343 through 354 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 355 through 381 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 382 through 412 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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