PDB-8owr: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8owr

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with CTP and 2-(1-(3,4-dihydroxyphenyl)-5-(3-hydroxyphenyl)-1H-indol-3-yl)-2-oxoacetic acid

要素

Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC

キーワード

LIGASE / CoaB / CoaBC / Fragment inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.439 Å

データ登録者

Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of new inhibitors against M. tuberculosis CoaBC using a fragment based approach.
著者: Hess, J. / Mendes, V. / Evans, J.C. / Trapero, A. / Marchetti, C. / Blaszczyk, M. / Bryant, O. / Spry, C. / Coyne, A.G. / Boshoff, H.I.M. / Barry, C.E. / Mizrahi, V. / Blundell, T.L. / Abell, C.

履歴

登録	2023年4月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8owr.cif.gz	332.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8owr.ent.gz	269.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8owr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8owr_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8owr_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8owr_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	8owr_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ow5C 8owbC 8owpC 8owqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC

B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC

C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC

D: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC

B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
51.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC

D: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.546, 77.172, 149.182
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein 分子量: 24773.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: coaBC, MSMEG_3054 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP)

#1: タンパク質

Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein

分子量: 24773.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: coaBC, MSMEG_3054 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP)

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非ポリマー , 5種, 212分子

#2: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-W5E / 2-[1-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]-5-(3-hydroxyphenyl)indol-3-yl]-2-oxidanylidene-ethanoic acid 分子量: 389.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% w/v PEG 8000 0.1M MES pH 6.0 0.2M calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.439→74.591 Å / Num. obs: 33723 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.244 / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.253 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.44→2.57 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.855 / Num. measured all: 39803 / Num. unique obs: 4856 / CC_1/2: 0.781 / R_pim(I) all: 0.316 / R_rim(I) all: 0.912 / Χ²: 0.81 / Net I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2947: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.439→74.591 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2836	1763	5.24 %
R_work	0.2145	-	-
obs	0.218	33654	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.439→74.591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6107	0	193	199	6499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	8676
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.485	3776
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1023
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1134

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4394-2.5054	0.3794	110	0.3132	2436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5054-2.5791	0.3835	126	0.2834	2431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5791-2.6623	0.3452	134	0.2632	2419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6623-2.7575	0.3591	167	0.2598	2372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7575-2.8679	0.3244	131	0.2427	2432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8679-2.9984	0.2985	134	0.2283	2430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9984-3.1565	0.2925	153	0.2241	2401	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1565-3.3543	0.3114	147	0.2151	2444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3543-3.6133	0.2346	129	0.1887	2450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6133-3.9769	0.2637	144	0.1834	2433	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9769-4.5523	0.2546	116	0.1824	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5523-5.7351	0.2831	141	0.2047	2493	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7351-74.591	0.2424	131	0.2213	2637	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.287	1.5959	0.3275	3.464	-1.389	1.6506	0.0357	0.0517	0.3812	0.2557	0.0256	0.0163	-0.078	-0.3376	-0.1278	0.2781	0.0204	-0.0532	0.4508	-0.0129	0.3037	6.8689	-18.4432	-5.9571
2	2.1672	-0.5549	-0.5875	3.0539	0.7634	0.6571	-0.0737	0.0059	-0.108	-0.128	0.0578	0.2642	-0.0064	-0.1319	0.1027	0.2929	-0.0179	-0.0478	0.4323	0.0255	0.2992	4.7296	-13.4315	-8.1351
3	2.0034	1.4036	-1.5062	2.1418	-1.7123	1.5129	-0.5997	0.2831	-1.0607	-1.3186	0.7186	0.0892	0.6809	0.2137	0.4793	0.7071	-0.0593	0.0965	0.6766	-0.0861	0.6115	18.8102	-37.5011	-12.3337
4	2.6997	-2.6029	-0.3883	3.6084	-1.078	1.7465	-0.1993	0.1709	0.0654	-0.5601	0.126	-1.6121	-0.1368	0.4854	0.1569	0.2801	-0.0122	-0.0198	0.4592	0.0244	0.4554	20.1168	-12.0637	-10.857
5	3.7116	0.1706	3.4767	2.1681	-2.3015	8.0699	0.1758	0.4067	0.1577	-0.5796	-0.2819	-0.5249	0.7502	0.0806	0.2141	0.2893	0.0501	0.0648	0.3016	0.0263	0.2857	19.394	-6.8421	0.3018
6	8.9083	0.5702	2.2683	2.1339	1.9768	2.4763	0.2092	-0.4098	0.0927	0.1251	-0.1072	0.0064	-0.4338	-0.522	-0.0666	0.3415	0.079	0.0237	0.4512	-0.0293	0.3631	9.8138	-2.5747	5.2291
7	0.6155	-0.0725	1.3274	2.1585	-0.4143	2.0813	-0.0877	-0.0143	-0.1314	0.0836	0.3009	0.305	-0.0644	-0.0818	-0.1655	0.2745	0.0127	-0.0179	0.3271	0.0436	0.3214	2.5968	-39.2862	3.5196
8	4.225	2.2967	1.0463	3.2355	0.8028	1.8973	0.318	-0.4159	-0.0888	0.2767	-0.1424	-0.1964	0.0467	0.0523	-0.1521	0.277	0.0515	-0.0108	0.3294	0.0634	0.2899	-1.9852	-42.6934	7.4595
9	2.052	0.7998	2.0592	1.5507	0.7608	2.4758	-0.0561	0.2256	-0.3846	-0.5998	-0.0547	-0.4893	0.0752	0.3476	0.1718	0.3234	0.0812	0.0877	0.3102	0.0079	0.4679	13.5877	-44.6505	3.6359
10	3.4078	0.4351	-1.7144	0.4802	0.1286	9.2214	-0.2979	0.7948	0.3111	-0.5177	0.3772	-0.8132	-0.2626	0.5394	0.1555	0.4658	0.0103	-0.0301	0.433	-0.0094	0.3955	6.2097	-53.8028	-13.3637
11	0.1685	-0.0924	-0.0185	3.5308	-3.484	3.0341	-0.2384	0.1042	-0.3458	0.8037	0.7146	0.5109	-0.291	-0.2937	-0.2873	0.4754	0.0353	0.0583	0.3487	0.0582	0.5861	-4.5491	-44.2321	-10.1096
12	3.3969	-1.5196	-1.5247	3.2802	-0.2088	6.1746	0.4392	0.0646	-0.6935	-0.3621	-0.3947	-0.2001	0.284	-0.2002	-0.0981	0.4658	-0.0608	-0.1273	0.3545	0.0105	0.4734	-8.5939	-52.1469	-7.419
13	2.6669	1.4285	-0.4012	1.171	0.0895	3.4302	0.2984	0.7494	0.55	-0.1027	-0.0855	0.0552	-0.0666	-0.1265	-0.1699	0.3059	0.0184	0.0946	0.2768	0.0107	0.3193	-0.5225	-21.623	-31.9549
14	3.8612	1.0573	-2.0751	0.4694	-0.5833	2.1775	-0.6602	0.0869	1.4843	0.4777	0.6197	-0.0438	-0.5873	-0.0947	-0.3235	0.573	0.0904	0.0405	0.3445	0.0668	0.5029	-10.7522	-13.9599	-33.7948
15	4.6838	1.0146	-1.2369	3.6186	-0.3937	4.8022	0.2204	-0.374	0.4378	0.144	-0.1045	-0.1884	-0.9719	0.5479	-0.0842	0.3964	-0.0324	-0.0021	0.2479	-0.0608	0.3623	-3.0039	-18.9148	-26.2051
16	6.1133	0.8191	-1.0884	2.4749	-1.0878	4.2562	-0.0288	0.0832	-0.6565	-0.3612	-0.0808	-0.1569	0.4876	0.2544	0.1271	0.346	0.0186	0.0595	0.131	0.0245	0.2977	-4.1849	-28.3047	-30.0334
17	9.2892	-0.0826	-3.125	0.8122	-0.4347	3.42	-0.5557	-0.8363	-1.0185	0.0841	0.1453	0.1274	0.2256	0.2187	0.446	0.3683	-0.0058	0.0462	0.1621	0.0164	0.3963	-4.9657	-33.1497	-24.8854
18	2.2283	-0.9389	0.0511	5.4003	3.4317	2.774	0.2149	0.1868	-0.1596	-0.382	-0.0235	-0.0744	-0.4312	0.2597	-0.0739	0.3394	-0.0815	0.0133	0.4401	0.0134	0.332	-11.8757	-33.6019	-42.4525
19	6.74	2.4614	-0.7851	9.7134	-1.6962	4.6343	0.306	0.9811	0.242	-1.2094	-0.4777	0.8253	0.0083	0.9395	-0.191	0.4998	-0.1315	-0.0572	0.6342	0.0723	0.3146	-17.6287	-26.3797	-46.4956
20	4.0821	2.8659	-2.2325	3.1917	-1.8642	8.0764	-0.4775	1.6838	-0.0872	-0.852	0.6868	0.4021	0.6723	-1.0844	-0.1124	0.3999	0.0048	-0.0085	0.5303	0.1734	0.6052	-19.3391	-20.0162	-39.5395
21	2.3786	2.6019	-1.6241	1.0631	-0.2692	3.2435	0.4142	-0.3967	0.3368	0.1002	-0.402	0.1401	-0.2706	0.0305	-0.1431	0.3418	0.0743	0.0934	0.2699	-0.0062	0.4073	19.4316	-17.7066	-41.9164
22	2.2248	0.3251	-0.3323	2.5039	0.4294	2.4201	0.0589	0.1665	0.1549	-0.178	-0.0117	-0.109	-0.1469	-0.056	-0.0594	0.2815	0.0217	0.0667	0.2523	-0.0167	0.3352	22.9673	-12.5241	-46.0042
23	2.7369	-0.1749	-0.1003	2.7284	0.3663	2.6851	-0.6263	0.0886	-1.4925	-0.1034	0.2583	-0.7973	0.5667	-0.1414	0.2659	0.4283	0.0769	0.0917	0.4205	0.0181	0.5661	20.7555	-33.0058	-40.5088
24	6.7405	-1.2338	-1.1315	7.4999	1.0963	7.7651	0.4388	0.1305	-0.0671	-0.0112	-0.2068	-0.5907	0.0992	0.7174	-0.2518	0.2707	0.0576	0.0415	0.32	-0.0183	0.5164	36.1126	-15.7646	-42.2262
25	4.4569	-0.1691	-4.0956	0.903	1.8738	7.1169	-1.4281	-1.4947	0.4483	0.035	-0.363	0.2019	0.1333	0.0967	-1.2348	0.6669	0.9437	-0.786	1.5524	-0.3057	0.3554	36.9969	-20.2439	-29.3866
26	0.5018	-0.4167	-1.7471	4.7203	1.535	5.8241	0.1769	0.0636	-0.3387	0.9829	0.24	-0.2829	0.1041	0.3235	-0.8778	0.3861	0.1155	-0.0995	0.7659	-0.0185	0.6809	34.2697	-11.8138	-31.0829
27	6.2027	-1.2051	3.6875	3.2565	0.4376	2.6028	0.1221	-2.9585	1.0419	0.2174	0.9924	-0.6588	-0.7584	0.6594	-0.1102	0.4334	-0.1207	-0.0527	0.7822	-0.2434	0.5126	33.7494	-4.1016	-34.5057

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 184 through 215 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 216 through 284 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 285 through 303 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 304 through 319 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 320 through 354 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 355 through 412 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 184 through 215 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 216 through 281 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 282 through 333 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 334 through 354 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 355 through 371 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 372 through 412 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 184 through 215 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 216 through 236 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 237 through 269 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 270 through 284 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 285 through 327 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 328 through 381 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 382 through 393 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 394 through 412 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 185 through 215 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 216 through 281 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 282 through 319 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 320 through 342 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 343 through 354 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 355 through 381 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 382 through 412 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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