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- PDB-8owp: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8owp | |||||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with CTP and 2-(1-(4-hydroxyphenyl)-5-phenyl-1H-indol-3-yl)-2-oxoacetic acid | |||||||||
![]() | Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC | |||||||||
![]() | LIGASE / CoaB / CoaBC / Fragment inhibitor | |||||||||
Function / homology | ![]() pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mendes, V. / Blundell, T.L. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Development of new inhibitors against M. tuberculosis CoaBC using a fragment based approach. Authors: Hess, J. / Mendes, V. / Evans, J.C. / Trapero, A. / Marchetti, C. / Blaszczyk, M. / Bryant, O. / Spry, C. / Coyne, A.G. / Boshoff, H.I.M. / Barry, C.E. / Mizrahi, V. / Blundell, T.L. / Abell, C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 330.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 267.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 51.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ow5C ![]() 8owbC ![]() 8owqC ![]() 8owrC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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2 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 24773.990 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: coaBC, MSMEG_3054 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) |
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-Non-polymers , 5 types, 352 molecules ![](data/chem/img/CTP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CTP / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | Mass: 357.359 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Formula: C22H15NO4 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Chemical | ChemComp-ACT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 20% w/v PEG 8000 0.1M MES pH 6.0 0.2M calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 19, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.99→76.41 Å / Num. obs: 54112 / % possible obs: 93.9 % / Redundancy: 7.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 387121 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.1 Å / % possible obs: 80.6 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Num. measured all: 46982 / Num. unique obs: 6677 / CC1/2: 0.724 / Rpim(I) all: 0.334 / Rrim(I) all: 0.906 / Net I/σ(I) obs: 2.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.993→53.818 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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