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Yorodumi- PDB-8owq: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8owq | |||||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with CTP and 2-(1-(3,4-dihydroxyphenyl)-5-phenyl-1H-indol-3-yl)-2-oxoacetic acid | |||||||||
Components | Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC | |||||||||
Keywords | LIGASE / CoaB / CoaBC / Fragment inhibitor | |||||||||
Function / homology | Function and homology information pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.106 Å | |||||||||
Authors | Mendes, V. / Blundell, T.L. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Development of new inhibitors against M. tuberculosis CoaBC using a fragment based approach. Authors: Hess, J. / Mendes, V. / Evans, J.C. / Trapero, A. / Marchetti, C. / Blaszczyk, M. / Bryant, O. / Spry, C. / Coyne, A.G. / Boshoff, H.I.M. / Barry, C.E. / Mizrahi, V. / Blundell, T.L. / Abell, C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8owq.cif.gz | 338 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8owq.ent.gz | 273.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8owq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8owq_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8owq_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | |
Data in XML | 8owq_validation.xml.gz | 38 KB | Display | |
Data in CIF | 8owq_validation.cif.gz | 53.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ow5C 8owbC 8owpC 8owrC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24773.990 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (bacteria) Gene: coaBC, MSMEG_3054 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) #2: Chemical | ChemComp-CTP / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-W4X / Mass: 373.358 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: obtained synthetically / Formula: C22H15NO5 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 20% w/v PEG 8000 0.1M MES pH 6.0 0.2M calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.106→150.06 Å / Num. obs: 54197 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.11→2.22 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Num. measured all: 58720 / Num. unique obs: 7832 / CC1/2: 0.765 / Rpim(I) all: 0.312 / Rrim(I) all: 0.852 / Net I/σ(I) obs: 2.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.106→69.348 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 27.38 / Phase error: 28 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.106→69.348 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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