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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8owb | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with CTP and 2-(5-bromo-1-(4-hydroxyphenyl)-1H-indol-3-yl)-2-oxoacetic acid | |||||||||
![]() | Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC | |||||||||
![]() | LIGASE / CoaB / CoaBC / Fragment inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mendes, V. / Blundell, T.L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Development of new inhibitors against M. tuberculosis CoaBC using a fragment based approach. 著者: Hess, J. / Mendes, V. / Evans, J.C. / Trapero, A. / Marchetti, C. / Blaszczyk, M. / Bryant, O. / Spry, C. / Coyne, A.G. / Boshoff, H.I.M. / Barry, C.E. / Mizrahi, V. / Blundell, T.L. / Abell, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 339.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 276.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24773.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: coaBC, MSMEG_3054 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) #2: 化合物 | ChemComp-CTP / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | 分子量: 360.159 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H10BrNO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% w/v PEG 8000 0.1M MES pH 6.0 0.2M calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→144.33 Å / Num. obs: 39973 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 262162 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Num. measured all: 41095 / Num. unique obs: 6348 / CC1/2: 0.648 / Rpim(I) all: 0.338 / Rrim(I) all: 0.87 / Net I/σ(I) obs: 2.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→72.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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