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Yorodumi- PDB-8owb: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8owb | |||||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with CTP and 2-(5-bromo-1-(4-hydroxyphenyl)-1H-indol-3-yl)-2-oxoacetic acid | |||||||||
Components | Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC | |||||||||
Keywords | LIGASE / CoaB / CoaBC / Fragment inhibitor | |||||||||
Function / homology | Function and homology information pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | |||||||||
Authors | Mendes, V. / Blundell, T.L. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Development of new inhibitors against M. tuberculosis CoaBC using a fragment based approach. Authors: Hess, J. / Mendes, V. / Evans, J.C. / Trapero, A. / Marchetti, C. / Blaszczyk, M. / Bryant, O. / Spry, C. / Coyne, A.G. / Boshoff, H.I.M. / Barry, C.E. / Mizrahi, V. / Blundell, T.L. / Abell, C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8owb.cif.gz | 339.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8owb.ent.gz | 276.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8owb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8owb_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8owb_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | 8owb_validation.xml.gz | 36.4 KB | Display | |
Data in CIF | 8owb_validation.cif.gz | 50.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8owb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ow5C 8owpC 8owqC 8owrC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24773.990 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (bacteria) Gene: coaBC, MSMEG_3054 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) #2: Chemical | ChemComp-CTP / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | Mass: 360.159 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C16H10BrNO4 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 20% w/v PEG 8000 0.1M MES pH 6.0 0.2M calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 12, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→144.33 Å / Num. obs: 39973 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 262162 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.39 Å / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Num. measured all: 41095 / Num. unique obs: 6348 / CC1/2: 0.648 / Rpim(I) all: 0.338 / Rrim(I) all: 0.87 / Net I/σ(I) obs: 2.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25→72.16 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 26.88 / Phase error: 27.93 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→72.16 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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