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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ouw | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homodimeric DNSN-1 on fork DNA (Caenorhabditis elegans) | |||||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION / DNA Replication / DNA Replication Initiation / Replisome / DONSON | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MCM complex assembly / : / Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Activation of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / Orc1 removal from chromatin / : / regulation of sister chromatid cohesion / replication fork arrest ...MCM complex assembly / : / Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Activation of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / Orc1 removal from chromatin / : / regulation of sister chromatid cohesion / replication fork arrest / gonad development / cell cycle phase transition / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / mitotic DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / locomotion / pronucleus / replication fork protection complex / double-strand break repair via break-induced replication / cell cycle / mitotic DNA replication initiation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA duplex unwinding / mitotic sister chromatid cohesion / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / mitotic sister chromatid segregation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / condensed chromosome / DNA helicase activity / meiotic cell cycle / helicase activity / DNA-templated DNA replication / chromosome / nervous system development / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA replication / hydrolase activity / cell division / DNA repair / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Jenkyn-Bedford, M. / Yeeles, J.T.P. / Labib, K.P.M. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2023 タイトル: DNSN-1 recruits GINS for CMG helicase assembly during DNA replication initiation in . 著者: Yisui Xia / Remi Sonneville / Michael Jenkyn-Bedford / Liqin Ji / Constance Alabert / Ye Hong / Joseph T P Yeeles / Karim P M Labib / 要旨: Assembly of the CMG (CDC-45-MCM-2-7-GINS) helicase is the key regulated step during eukaryotic DNA replication initiation. Until now, it was unclear whether metazoa require additional factors that ...Assembly of the CMG (CDC-45-MCM-2-7-GINS) helicase is the key regulated step during eukaryotic DNA replication initiation. Until now, it was unclear whether metazoa require additional factors that are not present in yeast. In this work, we show that DNSN-1, the ortholog of human DONSON, functions during helicase assembly in a complex with MUS-101/TOPBP1. DNSN-1 is required to recruit the GINS complex to chromatin, and a cryo-electron microscopy structure indicates that DNSN-1 positions GINS on the MCM-2-7 helicase motor (comprising the six MCM-2 to MCM-7 proteins), by direct binding of DNSN-1 to GINS and MCM-3, using interfaces that we show are important for initiation and essential for viability. These findings identify DNSN-1 as a missing link in our understanding of DNA replication initiation, suggesting that initiation defects underlie the human disease syndrome that results from DONSON mutations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ouw.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ouw.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8ouw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ouw_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ouw_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ouw_validation.xml.gz | 155.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ouw_validation.cif.gz | 247.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ouw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ouw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17204MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA replication licensing factor ... , 6種, 6分子 234567
#1: タンパク質 | 分子量: 99448.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: mcm-2, CELE_Y17G7B.5, Y17G7B.5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9XXI9, DNA helicase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 90810.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: mcm-3, C25D7.6, CELE_C25D7.6 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9XVR7, DNA helicase |
#3: タンパク質 | 分子量: 91687.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: mcm-4, let-358, lin-6, Y39G10AR.14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q95XQ8, DNA helicase |
#4: タンパク質 | 分子量: 85057.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: mcm-5, R10E4.4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q21902, DNA helicase |
#5: タンパク質 | 分子量: 91248.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: mcm-6, ZK632.1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34647, DNA helicase |
#6: タンパク質 | 分子量: 81721.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: mcm-7, MCM7, CELE_F32D1.10, F32D1.10 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O16297, DNA helicase |
-Probable DNA replication complex GINS protein ... , 2種, 2分子 AB
#7: タンパク質 | 分子量: 23064.361 Da / 分子数: 1 Mutation: Protease-cleaved N-terminal expression tag (Gly-Pro-Gly-Ser) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: psf-1, R53.6 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q22019 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 20349.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: psf-2, F31C3.5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O62193 |
-DNA replication complex GINS protein ... , 2種, 2分子 CD
#9: タンパク質 | 分子量: 21717.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: psf-3, CELE_Y65B4BR.8, Y65B4BR.8 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9BL54 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 25705.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: sld-5, CELE_Y113G7B.24, Y113G7B.24 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9U2W9 |
-タンパク質 , 4種, 6分子 EFGHKL
#11: タンパク質 | 分子量: 66245.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: evl-18, CELE_F34D10.2, F34D10.2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q7JMR0 | ||||
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#12: タンパク質 | 分子量: 66079.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: dnsn-1, C24H12.5, CELE_C24H12.5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H1ZUV7 #14: タンパク質 | | 分子量: 157256.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: tim-1, csg-5, Y75B8A.22 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: G5EDN3 #15: タンパク質 | | 分子量: 27415.215 Da / 分子数: 1 Mutation: Protease-cleaved N-terminal expression tag (Gly-Pro-Gly-Ser) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: tipn-1, F23C8.9 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9TXI0 |
-DNA鎖 , 2種, 3分子 IJM
#13: DNA鎖 | 分子量: 26396.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) #16: DNA鎖 | | 分子量: 18524.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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-非ポリマー , 3種, 13分子
#17: 化合物 | ChemComp-ZN / #18: 化合物 | ChemComp-MG / #19: 化合物 | ChemComp-ANP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homodimeric DNSN-1 on fork DNA (Caenorhabditis elegans) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 平均露光時間: 1.7 sec. / 電子線照射量: 40.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33900 / 対称性のタイプ: POINT |