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- EMDB-17202: Cryo-EM density map of the C. elegans complex CMG helicase/TIM-1/... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17202
タイトルCryo-EM density map of the C. elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA (Multi-body Refinement MCM-2-7 NTDs)
マップデータCryo-EM density map of the C. elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA (Multi-body Refinement MCM-2-7 NTD)
試料
  • 複合体: In vitro reconstituted complex of Caenorhabditis elegans CMG helicase bound by TIM-1/TIPN-1 and a homodimer of DNSN-1, on a synthetic forked DNA substrate
キーワードReplisome / DONSON / DNA replication / Initiation / REPLICATION
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jenkyn-Bedford M / Yeeles JTP
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: DNSN-1 recruits GINS for CMG helicase assembly during DNA replication initiation in .
著者: Yisui Xia / Remi Sonneville / Michael Jenkyn-Bedford / Liqin Ji / Constance Alabert / Ye Hong / Joseph T P Yeeles / Karim P M Labib /
要旨: Assembly of the CMG (CDC-45-MCM-2-7-GINS) helicase is the key regulated step during eukaryotic DNA replication initiation. Until now, it was unclear whether metazoa require additional factors that ...Assembly of the CMG (CDC-45-MCM-2-7-GINS) helicase is the key regulated step during eukaryotic DNA replication initiation. Until now, it was unclear whether metazoa require additional factors that are not present in yeast. In this work, we show that DNSN-1, the ortholog of human DONSON, functions during helicase assembly in a complex with MUS-101/TOPBP1. DNSN-1 is required to recruit the GINS complex to chromatin, and a cryo-electron microscopy structure indicates that DNSN-1 positions GINS on the MCM-2-7 helicase motor (comprising the six MCM-2 to MCM-7 proteins), by direct binding of DNSN-1 to GINS and MCM-3, using interfaces that we show are important for initiation and essential for viability. These findings identify DNSN-1 as a missing link in our understanding of DNA replication initiation, suggesting that initiation defects underlie the human disease syndrome that results from DONSON mutations.
履歴
登録2023年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年10月4日-
現状2023年10月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17202.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17202.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 120.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM density map of the C. elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA (Multi-body Refinement MCM-2-7 NTD)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 316 pix.
= 409.22 Å		1.3 Å/pix.
x 316 pix.
= 409.22 Å		1.3 Å/pix.
x 316 pix.
= 409.22 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.295 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0369
最小 - 最大-0.07123338 - 0.16873227
平均 (標準偏差)-0.00021874518 (±0.002558977)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ316316316
Spacing316316316
セルA=B=C: 409.22 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map 1. Cryo-EM density map of the C....

ファイルemd_17202_half_map_1.map
注釈Half-map 1. Cryo-EM density map of the C. elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA (Multi-body Refinement MCM-2-7 NTD)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2. Cryo-EM density map of the C....

ファイルemd_17202_half_map_2.map
注釈Half-map 2. Cryo-EM density map of the C. elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA (Multi-body Refinement MCM-2-7 NTD)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : In vitro reconstituted complex of Caenorhabditis elegans CMG heli...

全体名称: In vitro reconstituted complex of Caenorhabditis elegans CMG helicase bound by TIM-1/TIPN-1 and a homodimer of DNSN-1, on a synthetic forked DNA substrate
要素
  • 複合体: In vitro reconstituted complex of Caenorhabditis elegans CMG helicase bound by TIM-1/TIPN-1 and a homodimer of DNSN-1, on a synthetic forked DNA substrate

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超分子 #1: In vitro reconstituted complex of Caenorhabditis elegans CMG heli...

超分子名称: In vitro reconstituted complex of Caenorhabditis elegans CMG helicase bound by TIM-1/TIPN-1 and a homodimer of DNSN-1, on a synthetic forked DNA substrate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
詳細: All Caenorhabditis elegans proteins recombinantly expressed in either Saccharomyces cerevisiae (CMG helicase, TIM-1/TIPN-1) or Escherichia coli Rosetta (DE3) Competent cells (DNSN-1)
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec. / 詳細: PELCO easiGlow. 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: Manual plunger.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 10825 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 40.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4540000
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10619

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 170000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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