PDB-8ot7: Crystal structure of an 8-repeat consensus TPR superhelix with Barium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ot7

タイトル

Crystal structure of an 8-repeat consensus TPR superhelix with Barium

要素

Consensus tetratricopeptide repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / CTPR / polymorphism / metal coordination.

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Liutkus, M. / Rojas, A.L. / Cortajarena, A.L.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Diverse crystalline protein scaffolds through metal-dependent polymorphism.
著者: Liutkus, M. / Sasselli, I.R. / Rojas, A.L. / Cortajarena, A.L.

履歴

登録	2023年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ot7.cif.gz	70.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ot7.ent.gz	51.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ot7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ot7_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ot7_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	8ot7_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	8ot7_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8ot7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8ot7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bu0C 8ch0C 8chyC 8cigC 8ckrC 8cmqC 8cp8C 8cqpC 8cqqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Consensus tetratricopeptide repeat protein

ヘテロ分子

35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.237, 70.237, 73.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Consensus tetratricopeptide repeat protein 分子量: 34186.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.86 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20mM BaCl2 100 mM NaOAc, pH 5.5 30% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 2.36296 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.36296 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→73.56 Å / Num. obs: 6121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.962 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 49097
反射シェル	解像度: 3.3→3.48 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.831 / Num. measured all: 6877 / Num. unique obs: 898 / CC_1/2: 0.567 / R_pim(I) all: 0.336 / R_rim(I) all: 0.946 / Net I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
SCALA		データスケーリング
MOSFLM		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→60.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 41.605 / SU ML: 0.608 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.636 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29877	350	5.7 %	RANDOM
R_work	0.18661	-	-	-
obs	0.19314	5754	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 141.167 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.3→60.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2296	0	8	0	2304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.516	1.654	3221
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.304	1.581	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.74	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.919	24.5	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.441	15	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.876	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	14.48	15.041	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	14.44	15.04	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	22.074	22.531	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	22.071	22.535	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.723	15.623	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.71	15.624	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	18.973	23.232	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	26.334		10181
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	26.335		10180
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	14	-
R_work	0.412	453	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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