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万見
- PDB-8ond: Structure of the C-terminal domains of the Bdellovibrio bacteriov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ond
タイトルStructure of the C-terminal domains of the Bdellovibrio bacteriovorus Bd2133 fibre
要素bd2133
キーワードCELL ADHESION / Fibre / adhesin
機能・相同性Cell wall surface anchor family protein
機能・相同性情報
生物種Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Caulton, S.G. / Lovering, A.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust209437/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Bdellovibrio bacteriovorus uses chimeric fibre proteins to recognize and invade a broad range of bacterial hosts.
著者: Caulton, S.G. / Lambert, C. / Tyson, J. / Radford, P. / Al-Bayati, A. / Greenwood, S. / Banks, E.J. / Clark, C. / Till, R. / Pires, E. / Sockett, R.E. / Lovering, A.L.
履歴
登録2023年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bd2133
B: bd2133
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5438
ポリマ－76,3562
非ポリマー1886
水1,67593
1
A: bd2133
ヘテロ分子

A: bd2133
ヘテロ分子

A: bd2133
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,81512
ポリマ－114,5333
非ポリマー2829
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area35210 Å2
ΔGint-238 kcal/mol
Surface area33420 Å2
手法PISA
2
B: bd2133
ヘテロ分子

B: bd2133
ヘテロ分子

B: bd2133
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,81512
ポリマ－114,5333
非ポリマー2829
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area35270 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area34210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.308, 65.308, 319.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1101-

CL

21A-1102-

CL

31A-1103-

NA

41B-1101-

CL

51B-1102-

CL

61B-1103-

NA

71A-1202-

HOH

81B-1204-

HOH

91B-1244-

HOH

101B-1249-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 bd2133


分子量: 38177.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
遺伝子: Bd2133 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ML84
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.03 M sodium fluoride, 0.03M sodium bromide, 0.03M sodium iodide, 0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 20 % v/v glycerol, 10 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→55.69 Å / Num. obs: 26645 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 42.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 2990 / CC1/2: 0.896

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.14 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 1332 5.02 %
Rwork0.2003 --
obs0.2017 26556 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5061 0 6 93 5160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9767093
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7491770
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061827
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006930
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.590.35591230.27922522X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.690.33721410.26052514X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.810.29471430.26722505X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.960.30091180.23722548X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.150.29431130.24322541X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.390.21111310.22582507X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.730.21461540.19492488X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.270.22911200.17712553X-RAY DIFFRACTION100
4.27-5.380.1821340.15932538X-RAY DIFFRACTION100
5.38-46.140.21191550.19722508X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.6237 Å / Origin y: 2.772 Å / Origin z: -1.1514 Å
111213212223313233
T0.401 Å2-0.0275 Å20.0172 Å2-0.4867 Å2-0.0103 Å2--0.5895 Å2
L-0.0539 °2-0.0221 °20.016 °2--0.0374 °20.0472 °2--0.6272 °2
S-0.0235 Å °0.0066 Å °0.0314 Å °0.011 Å °-0.0517 Å °0.0019 Å °0.0051 Å °-0.024 Å °0.0786 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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