PDB-8oml: Crystal structure of Bdellovibrio bacteriovorus Bd1334 C-terminal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oml

タイトル

Crystal structure of Bdellovibrio bacteriovorus Bd1334 C-terminal domains

要素

Cell wall surface anchor family protein

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) /

Fibre (繊維) / Adhesin

機能・相同性

リン酸塩 / Cell wall surface anchor family protein

機能・相同性情報

生物種

Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (ブデロビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Caulton, S.G. / Lovering, A.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Title to be confirmed
著者: Caulton, S.G. / Lovering, A.L.

履歴

登録	2023年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oml.cif.gz	358.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oml.ent.gz	290.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/8oml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/8oml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oksC 8okwC 8ol4C 8onbC 8oncC 8onfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell wall surface anchor family protein

B: Cell wall surface anchor family protein

C: Cell wall surface anchor family protein

ヘテロ分子

104 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.738, 81.863, 58.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.11, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cell wall surface anchor family protein 分子量: 34314.859 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (ブデロビブリオ) 遺伝子: Bd1334 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MNC5
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulphate, 0.1 M Imidazole/MES pH 6.5, 20 % v/v PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→97.39 Å / Num. obs: 14282 / % possible obs: 47.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.56→2.9 Å / Num. unique obs: 714 / CC_1/2: 0.587

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.56→47.39 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2567	728	5.1 %
R_work	0.2151	-	-
obs	0.2172	14264	47.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→47.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6998	0	30	73	7101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.187
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.791	2419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1102
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1293

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.56-2.75	0.6311	17	0.4289	248	X-RAY DIFFRACTION	4
2.75-3.03	0.5013	47	0.3448	968	X-RAY DIFFRACTION	17
3.03-3.47	0.3461	154	0.2587	2651	X-RAY DIFFRACTION	47
3.47-4.37	0.2447	220	0.2029	4110	X-RAY DIFFRACTION	72
4.37-47.39	0.2195	290	0.1992	5559	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 48.9737 Å / Origin y: 0.5623 Å / Origin z: 11.5533 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1701 Å²	-0.0243 Å²	-0.0274 Å²	-	0.1532 Å²	-0.0353 Å²	-	-	0.093 Å²
L	1.3971 °²	-0.2189 °²	-0.4087 °²	-	0.4753 °²	-0.0271 °²	-	-	0.3009 °²
S	-0.0096 Å °	0.0439 Å °	0.1114 Å °	-0.0816 Å °	-0.0143 Å °	-0.121 Å °	0.0056 Å °	0.0039 Å °	0.0234 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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