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- PDB-8ois: 28S human mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 and P-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ois
タイトル28S human mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
要素
  • (28S ribosomal protein ...) x 27
  • (39S ribosomal protein ...) x 2
  • 12S rRNA
  • Aurora kinase A-interacting protein
  • Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1
  • P-site Met-tRNA(Met)
  • Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
  • Peptide chain release factor 1, mitochondrial,mtRF1(AAQ)
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / human mitochondrial ribosome / release factor mtRF1 / non-canonical stop codon
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity / mitochondrial ribosome binding / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / translation release factor activity, codon specific / positive regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit ...translation release factor activity / mitochondrial ribosome binding / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / translation release factor activity, codon specific / positive regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / Mitochondrial protein degradation / apoptotic signaling pathway / fibrillar center / small ribosomal subunit rRNA binding / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / nuclear membrane / cell population proliferation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / synapse / nucleolus / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 ...: / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S11
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE-S-O HYBRID CLUSTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / METHIONINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE-S-O HYBRID CLUSTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / METHIONINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Peptide chain release factor 1, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL19m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS34 / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Large ribosomal subunit protein mL55 / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Saurer, M. / Leibundgut, M. / Scaiola, A. / Schoenhut, T. / Ban, N.
資金援助 スイス, European Union, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation182341 スイス
Swiss National Science Foundation179190 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)1074-2019European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of translation termination at noncanonical stop codons in human mitochondria.
著者: Martin Saurer / Marc Leibundgut / Hima Priyanka Nadimpalli / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Richard G Lee / Stefan J Siira / Oliver Rackham / René Dreos / Tea Lenarčič / Eva Kummer / ...著者: Martin Saurer / Marc Leibundgut / Hima Priyanka Nadimpalli / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Richard G Lee / Stefan J Siira / Oliver Rackham / René Dreos / Tea Lenarčič / Eva Kummer / David Gatfield / Aleksandra Filipovska / Nenad Ban /
要旨: The genetic code that specifies the identity of amino acids incorporated into proteins during protein synthesis is almost universally conserved. Mitochondrial genomes feature deviations from the ...The genetic code that specifies the identity of amino acids incorporated into proteins during protein synthesis is almost universally conserved. Mitochondrial genomes feature deviations from the standard genetic code, including the reassignment of two arginine codons to stop codons. The protein required for translation termination at these noncanonical stop codons to release the newly synthesized polypeptides is not currently known. In this study, we used gene editing and ribosomal profiling in combination with cryo-electron microscopy to establish that mitochondrial release factor 1 (mtRF1) detects noncanonical stop codons in human mitochondria by a previously unknown mechanism of codon recognition. We discovered that binding of mtRF1 to the decoding center of the ribosome stabilizes a highly unusual conformation in the messenger RNA in which the ribosomal RNA participates in specific recognition of the noncanonical stop codons.
履歴
登録2023年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年4月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BX: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
Bd: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial
AA: 12S rRNA
AB: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
AC: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
AD: Aurora kinase A-interacting protein
AE: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
AF: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
AG: P-site Met-tRNA(Met)
AH: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
AI: mRNA
AJ: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
AK: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
AL: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
AM: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
AN: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
AO: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
AP: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
AQ: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
AR: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
AS: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
AT: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
AU: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
AV: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
AW: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
AX: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial
AY: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
AZ: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
Aa: Peptide chain release factor 1, mitochondrial,mtRF1(AAQ)
Ab: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
Ac: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1
Ad: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
Ae: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
Ag: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
Ai: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
Aj: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,282,874185
ポリマ－1,277,31136
非ポリマー5,563149
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
39S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 BXBd

#1: タンパク質 39S ribosomal protein L19, mitochondrial / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL19m


分子量: 33584.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P49406
#2: タンパク質 39S ribosomal protein L55, mitochondrial / MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL55


分子量: 15160.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q7Z7F7

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AAAGAI

#3: RNA鎖 12S rRNA


分子量: 306547.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: NCBI Reference Sequence: NC_012920.1 + one C at 3'-end (encoded but not annotated as part of the sequence), a A103>G and A791>G as found in e.g. GenBank: OM714795.1
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: GenBank: OM714795.1
#9: RNA鎖 P-site Met-tRNA(Met)


分子量: 22692.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: NCBI Reference Sequence: NC_012920.1 + aminoacylated CCA-end
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: GenBank: NC_012920.1
#11: RNA鎖 mRNA


分子量: 7329.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence as observed in the cryo-EM density map. / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA

+
28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 ABACAEAFAHAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAbAdAgAiAj

#4: タンパク質 28S ribosomal protein S35, mitochondrial / MRP-S35 / S35mt / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / MRP-S28 / S28mt / Mitochondrial small ...MRP-S35 / S35mt / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / MRP-S28 / S28mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS35


分子量: 36898.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82673
#5: タンパク質 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / MRP-S24 / S24mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS3m / bMRP-47 / bMRP47


分子量: 19046.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q96EL2
#7: タンパク質 28S ribosomal protein S6, mitochondrial / MRP-S6 / S6mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS6m


分子量: 14250.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82932
#8: タンパク質 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / MRP-S7 / S7mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS7m / bMRP-27a / bMRP27a


分子量: 28186.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y2R9
#10: タンパク質 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / MRP-S10 / S10mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS10m


分子量: 23033.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82664
#12: タンパク質 28S ribosomal protein S12, mitochondrial / MRP-S12 / S12mt / MT-RPS12 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS12m


分子量: 15200.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: O15235
#13: タンパク質 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / MRP-S14 / S14mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS14m


分子量: 15168.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: O60783
#14: タンパク質 28S ribosomal protein S15, mitochondrial / MRP-S15 / S15mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS15m


分子量: 29903.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82914
#15: タンパク質 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / MRP-S16 / S16mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS16m


分子量: 15371.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y3D3
#16: タンパク質 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / MRP-S17 / S17mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS17m


分子量: 14526.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y2R5
#17: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / MRP-S18-b / Mrps18-b / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / ...MRP-S18-b / Mrps18-b / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18b / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS40


分子量: 29440.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y676
#18: タンパク質 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial / MRP-S18-c / Mrps18-c / S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / ...MRP-S18-c / Mrps18-c / S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18c / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18m


分子量: 15876.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y3D5
#19: タンパク質 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / MRP-S21 / S21mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS21m


分子量: 10806.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GenBank: AAH04566.2 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82921
#20: タンパク質 28S ribosomal protein S22, mitochondrial / MRP-S22 / S22mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS22


分子量: 41337.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82650
#21: タンパク質 28S ribosomal protein S23, mitochondrial / MRP-S23 / S23mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS23


分子量: 21805.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y3D9
#22: タンパク質 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / MRP-S25 / S25mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS25


分子量: 20146.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82663
#23: タンパク質 28S ribosomal protein S26, mitochondrial / MRP-S26 / S26mt / 28S ribosomal protein S13 / mitochondrial / MRP-S13 / S13mt / Mitochondrial small ...MRP-S26 / S26mt / 28S ribosomal protein S13 / mitochondrial / MRP-S13 / S13mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS26


分子量: 24259.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9BYN8
#24: タンパク質 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRP-S27 / S27mt / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS27


分子量: 47669.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q92552
#25: タンパク質 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / MRP-S28 / S28mt / 28S ribosomal protein S35 / mitochondrial / MRP-S35 / S35mt / Mitochondrial small ...MRP-S28 / S28mt / 28S ribosomal protein S35 / mitochondrial / MRP-S35 / S35mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS1m


分子量: 20878.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y2Q9
#26: タンパク質 28S ribosomal protein S29, mitochondrial / MRP-S29 / S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / Ionizing radiation resistance conferring ...MRP-S29 / S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / Ionizing radiation resistance conferring protein / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS29


分子量: 45634.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P51398
#27: タンパク質 28S ribosomal protein S31, mitochondrial / MRP-S31 / S31mt / Imogen 38 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS31


分子量: 45391.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q92665
#28: タンパク質 28S ribosomal protein S33, mitochondrial / MRP-S33 / S33mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS33


分子量: 12657.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y291
#30: タンパク質 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / MRP-S2 / S2mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS2m


分子量: 33298.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9Y399
#32: タンパク質 28S ribosomal protein S5, mitochondrial / MRP-S5 / S5mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS5m


分子量: 48094.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82675
#34: タンパク質 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / MRP-S9 / S9mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS9m


分子量: 45909.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82933
#35: タンパク質 28S ribosomal protein S11, mitochondrial / MRP-S11 / S11mt / Cervical cancer proto-oncogene 2 protein / HCC-2 / Mitochondrial small ribosomal ...MRP-S11 / S11mt / Cervical cancer proto-oncogene 2 protein / HCC-2 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS11m


分子量: 20663.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82912
#36: タンパク質 28S ribosomal protein S34, mitochondrial / S34mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS34


分子量: 25695.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: P82930

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ADAaAcAe

#6: タンパク質 Aurora kinase A-interacting protein / AURKA-interacting protein / 28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Mitochondrial ...AURKA-interacting protein / 28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS38


分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q9NWT8
#29: タンパク質 Peptide chain release factor 1, mitochondrial,mtRF1(AAQ) / MRF-1 / MtRF-1


分子量: 56258.391 Da / 分子数: 1 / Mutation: 311GGQ313 > AAQ / 由来タイプ: 天然
詳細: Human mitochondrial release factor 1 (mtRF1), containing a 311GGQ>AAQ mutation, a C-terminal linker (GGSGGSGGSGGSGGSGG) and a 3xFLAG-tag (DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK), expressed from a pcDNA3.1(+) ...詳細: Human mitochondrial release factor 1 (mtRF1), containing a 311GGQ>AAQ mutation, a C-terminal linker (GGSGGSGGSGGSGGSGG) and a 3xFLAG-tag (DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK), expressed from a pcDNA3.1(+) plasmid in HEK293 EBNA cells.,Human mitochondrial release factor 1 (mtRF1), containing a 311GGQ>AAQ mutation, a C-terminal linker (GGSGGSGGSGGSGGSGG) and a 3xFLAG-tag (DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK), expressed from a pcDNA3.1(+) plasmid in HEK293 EBNA cells.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: O75570
#31: タンパク質 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S37 / mitochondrial / MRP-S37 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein ...28S ribosomal protein S37 / mitochondrial / MRP-S37 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS37 / Nuclear protein C2360


分子量: 13540.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q96BP2
#33: タンパク質 Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial / 28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein ...28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS39 / Transformation-related gene 15 protein / TRG-15


分子量: 78648.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 EBNA / 参照: UniProt: Q96EY7

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非ポリマー , 8種, 152分子

#37: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#38: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#39: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#40: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#41: 化合物 ChemComp-FS2 / FE-S-O HYBRID CLUSTER


分子量: 335.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O3S2
#42: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#43: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#44: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 28S human mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1, mRNA, and P-site tRNA
タイプ: RIBOSOME
詳細: 28S human mitochondrial small ribosomal subunit in complex with mtRF1(AAQ)-3xFLAG, human methionine-tRNA(Met), and an mRNA containing a non-canonical stop codon, purified from HEK293 EBNA cells.
Entity ID: #1-#36 / 由来: NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
111.1 MDaNO
211.1 MDaNO
310.03 MDaNO
410.05 MDaYES
510.05 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞内の位置Organelle
21Homo sapiens (ヒト)9606Mitochondrial matrixMitochondrion
41Homo sapiens (ヒト)9606Mitochondrial matrixMitochondrion
51Homo sapiens (ヒト)9606Mitochondrial matrixMitochondria
61Homo sapiens (ヒト)9606Mitochondrial matrixMitochondrion
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞プラスミド
41Homo sapiens (ヒト)9606HEK293 EBNApcDNA3.1(+)
51Homo sapiens (ヒト)9606HEK293 EBNAHEK293 EBNApcDNA3.1(+)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMpotassium chlorideKCl1
320 mMmagnesium chlorideMgCl21
41 mMDTTHSCH2CH(OH)CH(OH)CH2SH1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Affinity-purified 55S mitoribosome. Refinement focused on 28S small subunit.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 43882
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4CTF補正
7Coot0.9.8.4モデルフィッティング
9cryoSPARC4初期オイラー角割当
10cryoSPARC4最終オイラー角割当
12cryoSPARC4３次元再構成
13PHENIX1.20.1モデル精密化
画像処理詳細: Micrographs were motion corrected and CTF parameters were estimated using Cryosparc.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5423665
詳細: Particles were picked with blob picker in Cryosparc.
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41288 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDAccession code詳細Initial refinement model-IDSource nameタイプ
17QI4

7qi4

7QI4High-res mammalian mitoribosome1PDBexperimental model
2UniProt AF-O75570-F1human mtRF1 model prediction2AlphaFoldin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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