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- PDB-8oip: 28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oip
タイトル28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
要素
  • (28S ribosomal protein ...) x 7
  • (Mitochondrial ribosomal protein ...) x 14
  • 12S rRNA
  • 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
  • Aurora kinase A interacting protein 1
  • Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
  • Death associated protein 3
  • Mitoribosomal protein ms28, mrps28
  • P-site Met-tRNA(fMet)
  • Peptide chain release factor 1, mitochondrial
  • bL31m
  • bS6m,Mitochondrial ribosomal protein S6
  • mRNA
  • mS23
  • mS39
  • uS17m
  • uS9m
キーワードRIBOSOME / mammalian mitochondrial ribosome / release factor mtRF1 / non-canonical stop codon
機能・相同性
機能・相同性情報


Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / : / translation release factor activity / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly ...Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / : / translation release factor activity / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon specific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / organelle membrane / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / apoptotic process / synapse / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Peptide chain release factor class I superfamily ...Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Peptide chain release factor class I superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / CHCH / CHCH domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE-S-O HYBRID CLUSTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / SPERMIDINE / SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE-S-O HYBRID CLUSTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / SPERMIDINE / SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein uS7m / Mitochondrial ribosomal protein S11 / 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Small ribosomal subunit protein uS15m / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S34 / Progonadoliberin / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein bS16m / Mitochondrial ribosomal protein S6 / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Mitochondrial ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Small ribosomal subunit protein uS10m / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS33 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Large ribosomal subunit protein bL19m / Small ribosomal subunit protein mS29 / 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS39 / Peptide chain release factor 1, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Saurer, M. / Leibundgut, M. / Scaiola, A. / Schoenhut, T. / Ban, N.
資金援助 スイス, European Union, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation179190 スイス
Swiss National Science Foundation182341 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)1074-2019European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of translation termination at noncanonical stop codons in human mitochondria.
著者: Martin Saurer / Marc Leibundgut / Hima Priyanka Nadimpalli / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Richard G Lee / Stefan J Siira / Oliver Rackham / René Dreos / Tea Lenarčič / Eva Kummer / ...著者: Martin Saurer / Marc Leibundgut / Hima Priyanka Nadimpalli / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Richard G Lee / Stefan J Siira / Oliver Rackham / René Dreos / Tea Lenarčič / Eva Kummer / David Gatfield / Aleksandra Filipovska / Nenad Ban /
要旨: The genetic code that specifies the identity of amino acids incorporated into proteins during protein synthesis is almost universally conserved. Mitochondrial genomes feature deviations from the ...The genetic code that specifies the identity of amino acids incorporated into proteins during protein synthesis is almost universally conserved. Mitochondrial genomes feature deviations from the standard genetic code, including the reassignment of two arginine codons to stop codons. The protein required for translation termination at these noncanonical stop codons to release the newly synthesized polypeptides is not currently known. In this study, we used gene editing and ribosomal profiling in combination with cryo-electron microscopy to establish that mitochondrial release factor 1 (mtRF1) detects noncanonical stop codons in human mitochondria by a previously unknown mechanism of codon recognition. We discovered that binding of mtRF1 to the decoding center of the ribosome stabilizes a highly unusual conformation in the messenger RNA in which the ribosomal RNA participates in specific recognition of the noncanonical stop codons.
履歴
登録2023年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年4月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BX: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
Bd: bL31m
AA: 12S rRNA
AB: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1
AC: Mitochondrial ribosomal protein S24
AD: Aurora kinase A interacting protein 1
AE: bS6m,Mitochondrial ribosomal protein S6
AF: Mitochondrial ribosomal protein S7
AG: P-site Met-tRNA(fMet)
AH: Mitochondrial ribosomal protein S10
AI: mRNA
AJ: Mitochondrial ribosomal protein S12
AK: Mitochondrial ribosomal protein S14
AL: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
AM: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
AN: uS17m
AO: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
AP: Mitochondrial ribosomal protein S18C
AQ: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
AR: Mitochondrial ribosomal protein S22
AS: mS23
AT: Mitochondrial ribosomal protein S25
AU: Mitochondrial ribosomal protein S26
AV: Mitochondrial ribosomal protein S27
AW: Mitoribosomal protein ms28, mrps28
AX: Death associated protein 3
AY: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
AZ: Mitochondrial ribosomal protein S33
Aa: Peptide chain release factor 1, mitochondrial
Ab: Mitochondrial ribosomal protein S2
Ac: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
Ad: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial isoform X2
Ae: mS39
Ag: uS9m
Ai: Mitochondrial ribosomal protein S11
Aj: Mitochondrial ribosomal protein S34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,343,831181
ポリマ－1,338,28036
非ポリマー5,551145
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 12種, 12分子 BXBdADAEANASAWAXAaAcAeAg

#1: タンパク質 39S ribosomal protein L19, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L19


分子量: 34528.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: I3LNJ0
#2: タンパク質 bL31m


分子量: 15156.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: I3L9J0
#6: タンパク質 Aurora kinase A interacting protein 1


分子量: 22843.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287B3R8
#7: タンパク質 bS6m,Mitochondrial ribosomal protein S6


分子量: 41085.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: NCBI Reference Sequence: XP_020925505.1,NCBI Reference Sequence: XP_020925505.1
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A4X1TSM9
#16: タンパク質 uS17m


分子量: 14452.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RIU0
#21: タンパク質 mS23


分子量: 21666.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBI Reference Sequence: XP_005669023.1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287AEW3
#25: タンパク質 Mitoribosomal protein ms28, mrps28


分子量: 21014.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A0M3KL56
#26: タンパク質 Death associated protein 3


分子量: 46966.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: I3LS10
#29: タンパク質 Peptide chain release factor 1, mitochondrial / MRF-1 / MtRF-1


分子量: 55569.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human mitochondrial release factor 1 (mtRF1), with a C-terminal linker (GGSGGSG) and a 3xFLAG-tag (DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK), expressed from a pcDNA3.1(+) plasmid in HEK293 EBNA cells.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTRF1 / プラスミド: pcDNA3.1(+) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 EBNA cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75570
#31: タンパク質 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1


分子量: 13603.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1SU49
#33: タンパク質 mS39


分子量: 78518.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBI Reference Sequence: XP_005662461.1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: K7GKS8
#34: タンパク質 uS9m


分子量: 45604.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: I3LU08

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AAAGAI

#3: RNA鎖 12S rRNA


分子量: 309087.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Corresponds to NCBI reference sequence NC_012095.1 (positions 70-1031)
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: GenBank: NC_012095.1
#9: RNA鎖 P-site Met-tRNA(fMet)


分子量: 22823.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Corresponds to GenBank sequence ID LC530718.1 (positions 1-71). In vitro transcribed human tRNA with formyl-methionine attached to the CCA-end of the tRNA.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#11: RNA鎖 mRNA


分子量: 2902.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic mRNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
28S ribosomal protein ... , 7種, 7分子 ABALAMAOAQAYAd

#4: タンパク質 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Mitochondrial ribosomal protein S35


分子量: 41357.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1SG95
#14: タンパク質 28S ribosomal protein S15, mitochondrial


分子量: 29596.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287AKS1
#15: タンパク質 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S16


分子量: 15182.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A480JTD7
#17: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2


分子量: 29220.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: Q767K8
#19: タンパク質 28S ribosomal protein S21, mitochondrial


分子量: 10724.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A286ZNB3
#27: タンパク質 28S ribosomal protein S31, mitochondrial


分子量: 43516.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RME2
#32: タンパク質 28S ribosomal protein S5, mitochondrial isoform X2 / Mitochondrial ribosomal protein S5


分子量: 48213.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1SU66

-
Mitochondrial ribosomal protein ... , 14種, 14分子 ACAFAHAJAKAPARATAUAVAZAbAiAj

#5: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S24


分子量: 18935.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287ANU4
#8: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S7


分子量: 28150.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A286ZJ25
#10: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S10


分子量: 23105.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RUU2
#12: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S12 / Mitoribosomal protein us12m / mrps12


分子量: 15257.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A0M3KL52
#13: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S14 / Mitoribosomal protein us14m / mrps14


分子量: 15120.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A0M3KL53
#18: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18C / Mitoribosomal protein bs18m / mrps18c


分子量: 16211.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A0M3KL54
#20: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S22


分子量: 43234.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287AQT5
#22: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S25 / Mitoribosomal protein ms25 / mrps25


分子量: 19954.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A0M3KL55
#23: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S26


分子量: 23637.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBI Reference Sequence: XP_001924843.2 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287AY01
#24: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S27


分子量: 45761.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A5G2R1I0
#28: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S33


分子量: 16971.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1S8G3
#30: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S2


分子量: 31731.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1S001
#35: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S11


分子量: 20856.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A286ZJJ6
#36: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S34


分子量: 55714.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287AVS9

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非ポリマー , 9種, 148分子

#37: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#38: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#39: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#40: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#41: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#42: 化合物 ChemComp-FS2 / FE-S-O HYBRID CLUSTER


分子量: 335.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O3S2
#43: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#44: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#45: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1, mRNA, and P-site tRNA
タイプ: RIBOSOME
詳細: Mammalian mitochondrial translation termination complex, in vitro reconstituted from porcine mitoribosomal subunits, human mtRF1-3xFLAG, human methionine-tRNA(formyl-methionine), and a ...詳細: Mammalian mitochondrial translation termination complex, in vitro reconstituted from porcine mitoribosomal subunits, human mtRF1-3xFLAG, human methionine-tRNA(formyl-methionine), and a synthetic mRNA (5'-A AUG AGA CAA-3') containing the non-canonical stop codon AGA.
Entity ID: #1-#36 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 細胞内の位置: Mitochondrial matrix / Organelle: Mitochondria / 組織: Liver
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES-KOH pH=7.5, 100mM KCl, 20mM MgCl2, ~1% sucrose (from mtRF1 storage buffer)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMpotassium chlorideKCl1
320 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: In vitro reconstituted complex (55S). Focused refinement on small subunit.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6973
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4CTF補正
7Coot0.9.8.4モデルフィッティング
9cryoSPARC4初期オイラー角割当
10cryoSPARC4最終オイラー角割当
12cryoSPARC4３次元再構成
13PHENIX1.20.1モデル精密化
画像処理詳細: Micrographs were motion corrected and CTF parameters were estimated using Cryosparc live v4.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1471587
詳細: Particles were picked with blob picker in Cryosparc live v4.
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50622 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDAccession code詳細Initial refinement model-IDSource nameタイプ
17NQH

7nqh

7NQHSus scrofa mitoribosome1PDBexperimental model
27QI4

7qi4

7QI4High-res mammalian mitoribosome2PDBexperimental model
3UniProt AF-O75570-F1mtRF1 model prediction3AlphaFoldin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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