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- PDB-8oin: 55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRF1 and P-site tRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oin
タイトル55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRF1 and P-site tRNA
要素
  • (28S ribosomal protein ...) x 8
  • (39S ribosomal protein ...) x 11
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 6
  • (Mitochondrial ribosomal protein ...) x 38
  • (Mitoribosomal protein ...) x 2
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 2
  • 12S rRNA
  • 16S rRNA
  • CP Phe-tRNA
  • Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
  • E-site tRNA
  • ICT1
  • Mrpl34
  • P-site Met-tRNA(fMet)
  • Peptide chain release factor 1, mitochondrial
  • Ribosomal protein
  • bL17m
  • mL42
  • mL44
  • mL54
  • mL62 (ICT1)
  • mL64
  • mRNA
  • mS23
  • mS39
  • uL16m
  • uL24m
  • uS9m
キーワードRIBOSOME / mammalian mitochondrial ribosome / release factor mtRF1 / non-canonical stop codon
機能・相同性
機能・相同性情報


Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / translation release factor activity / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome assembly ...Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / translation release factor activity / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon nonspecific / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon specific / ribosomal subunit / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / organelle membrane / ribosomal small subunit binding / RNA processing / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / nuclear membrane / negative regulation of translation / nuclear body / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / mRNA binding / nucleotide binding / synapse / nucleolus / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, mitochondrial / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / : / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Peptide chain release factor / PCRF domain ...Ribosomal protein L1, mitochondrial / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / : / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / : / : / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / : / Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / : / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / : / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2)
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / N-FORMYLMETHIONINE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / PHENYLALANINE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / RNA ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / N-FORMYLMETHIONINE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / PHENYLALANINE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein uL3m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Mitochondrial ribosomal protein S11 / Large ribosomal subunit protein mL62 / 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein bL28m / 39S ribosomal protein L20, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein mL64 / Mitochondrial ribosomal protein L2 / Ribosomal protein / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Large ribosomal subunit protein uL1m / Small ribosomal subunit protein uS15m / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S34 / Progonadoliberin / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Large ribosomal subunit protein mL42 / 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL23m / Small ribosomal subunit protein bS16m / 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL22m / 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Mitochondrial ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein bL35m / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein uL15m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Large ribosomal subunit protein mL53 / Mitochondrial ribosomal protein L12 / Large ribosomal subunit protein uL30m / 39S ribosomal protein L41, mitochondrial / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL34m / Small ribosomal subunit protein mS38 / Large ribosomal subunit protein mL51 / Small ribosomal subunit protein mS29 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Small ribosomal subunit protein mS31 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Mitochondrial ribosomal protein S18A / Large ribosomal subunit protein uL11m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein bL21m / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS33 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL52 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Mitochondrial ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein bL32m / 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS39 / 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / Peptide chain release factor 1, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Saurer, M. / Leibundgut, M. / Scaiola, A. / Schoenhut, T. / Ban, N.
資金援助 スイス, European Union, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation179190 スイス
Swiss National Science Foundation182341 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)1074-2019European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of translation termination at noncanonical stop codons in human mitochondria.
著者: Martin Saurer / Marc Leibundgut / Hima Priyanka Nadimpalli / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Richard G Lee / Stefan J Siira / Oliver Rackham / René Dreos / Tea Lenarčič / Eva Kummer / ...著者: Martin Saurer / Marc Leibundgut / Hima Priyanka Nadimpalli / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Richard G Lee / Stefan J Siira / Oliver Rackham / René Dreos / Tea Lenarčič / Eva Kummer / David Gatfield / Aleksandra Filipovska / Nenad Ban /
要旨: The genetic code that specifies the identity of amino acids incorporated into proteins during protein synthesis is almost universally conserved. Mitochondrial genomes feature deviations from the ...The genetic code that specifies the identity of amino acids incorporated into proteins during protein synthesis is almost universally conserved. Mitochondrial genomes feature deviations from the standard genetic code, including the reassignment of two arginine codons to stop codons. The protein required for translation termination at these noncanonical stop codons to release the newly synthesized polypeptides is not currently known. In this study, we used gene editing and ribosomal profiling in combination with cryo-electron microscopy to establish that mitochondrial release factor 1 (mtRF1) detects noncanonical stop codons in human mitochondria by a previously unknown mechanism of codon recognition. We discovered that binding of mtRF1 to the decoding center of the ribosome stabilizes a highly unusual conformation in the messenger RNA in which the ribosomal RNA participates in specific recognition of the noncanonical stop codons.
履歴
登録2023年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年4月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order
改定 3.02024年6月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / em_entity_assembly / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code / _struct_ref_seq.seq_align_beg

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B1: Mitochondrial ribosomal protein L12
B2: Mitochondrial ribosomal protein L12
B3: Mitochondrial ribosomal protein L12
B4: Mitochondrial ribosomal protein L12
B5: Mitochondrial ribosomal protein L12
B6: Mitochondrial ribosomal protein L12
B7: E-site tRNA
B8: 16S rRNA
B9: CP Phe-tRNA
BA: Large ribosomal subunit protein uL22m
BB: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
BC: uL24m
BD: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
BE: Mitochondrial ribosomal protein L28
BF: Mitochondrial ribosomal protein L47
BG: Large ribosomal subunit protein uL30m
BH: Mitochondrial ribosomal protein L32
BI: Large ribosomal subunit protein bL33m
BJ: Large ribosomal subunit protein bL34m
BK: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
BL: Mitochondrial ribosomal protein L2
BM: ICT1
BN: Mitochondrial ribosomal protein L4
BO: Mitochondrial ribosomal protein L9
BP: Mitochondrial ribosomal protein L10
BQ: Mitochondrial ribosomal protein L11
BR: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
BS: Mitochondrial ribosomal protein L14
BT: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
BU: uL16m
BV: bL17m
BW: Mitochondrial ribosomal protein L18
BX: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
BY: Mitochondrial ribosomal protein L20
BZ: Mitochondrial ribosomal protein L21
Ba: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
Bb: Mitochondrial ribosomal protein L53
Bc: mL54
Bd: Mitochondrial ribosomal protein L55
Be: Mitochondrial ribosomal protein L57
Bf: mL62 (ICT1)
Bg: mL64
Bh: Mitochondrial ribosomal protein S18A
Bi: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
Bj: 39S ribosomal protein L1, mitochondrial
Bl: Ribosomal protein
Bm: Mitochondrial ribosomal protein L37
Bn: Mitochondrial ribosomal protein L38
Bo: Mitochondrial ribosomal protein L39
Bp: Mitochondrial ribosomal protein L40
Bq: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
Br: mL42
Bs: Large ribosomal subunit protein mL43
Bt: mL44
Bu: Mitochondrial ribosomal protein L45
Bv: Mitochondrial ribosomal protein L46
Bw: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
Bx: Mrpl34
By: Mitochondrial ribosomal protein L50
Bz: Large ribosomal subunit protein mL51
AA: 12S rRNA
AB: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1
AC: Mitochondrial ribosomal protein S24
AD: Small ribosomal subunit protein mS38
AE: Mitoribosomal protein bs6m, mrps6
AF: Mitochondrial ribosomal protein S7
AG: P-site Met-tRNA(fMet)
AH: Mitochondrial ribosomal protein S10
AI: mRNA
AJ: Mitochondrial ribosomal protein S12
AK: Mitochondrial ribosomal protein S14
AL: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
AM: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
AN: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
AO: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
AP: Mitochondrial ribosomal protein S18C
AQ: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
AR: Mitochondrial ribosomal protein S22
AS: mS23
AT: Mitochondrial ribosomal protein S25
AU: Mitochondrial ribosomal protein S26
AV: Mitochondrial ribosomal protein S27
AW: Mitoribosomal protein ms28, mrps28
AX: Small ribosomal subunit protein mS29
AY: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
AZ: Mitochondrial ribosomal protein S33
Aa: Peptide chain release factor 1, mitochondrial
Ab: Mitochondrial ribosomal protein S2
Ac: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
Ad: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial isoform X2
Ae: mS39
Ag: uS9m
Ai: Mitochondrial ribosomal protein S11
Aj: Mitochondrial ribosomal protein S34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,212,795479
ポリマ－3,200,75994
非ポリマー12,036385
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
Mitochondrial ribosomal protein ... , 38種, 43分子 B1B2B3B4B5B6BEBFBHBLBNBOBPBQBSBWBYBZBbBdBeBhBmBnBoBpBuBvByAC...

#1: タンパク質
Mitochondrial ribosomal protein L12


分子量: 21268.975 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A8D0VGD9
#9: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L28


分子量: 30148.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A286ZTW8
#10: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L47


分子量: 29894.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1SGC7
#12: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L32


分子量: 23567.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: I3LTC4
#16: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L2


分子量: 33270.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287A143
#18: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L4


分子量: 33251.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287B9C4
#19: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L9


分子量: 30373.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: I3LR45
#20: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L10


分子量: 29238.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RWJ0
#21: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L11


分子量: 20809.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Corresponds to NCBI reference sequence XP_003122536.1 (positions 17-192)
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RU54
#23: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L14


分子量: 34796.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287BMZ6
#27: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L18


分子量: 21422.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Corresponds to NCBI reference sequence XP_003121157.1 (positions 46-188)
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A4X1VX01
#29: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L20


分子量: 17554.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A286ZU56
#30: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L21


分子量: 23154.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RY70
#32: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L53


分子量: 12057.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBI Reference Sequence: XP_020942999.1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A8D0LKT0
#34: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L55


分子量: 15156.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A4X1ULI6
#35: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 12001.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287BP93
#38: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18A


分子量: 22273.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Corresponds to NCBI reference sequence XP_005654252.2 (positions 35-169)
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RRH6
#42: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L37


分子量: 47917.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287BIV6
#43: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L38


分子量: 44656.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RW03
#44: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L39


分子量: 38523.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Corresponds to NCBI reference sequence XP_003132793.4 (positions 30-324)
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1SHP6
#45: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L40


分子量: 19406.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A286ZP98
#50: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L45


分子量: 35331.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: I3LGM5
#51: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L46


分子量: 32215.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1SRT0
#54: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L50


分子量: 22785.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: I3L9H6
#58: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S24


分子量: 18935.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287ANU4
#61: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S7


分子量: 28150.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A286ZJ25
#63: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S10


分子量: 23105.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RUU2
#65: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S12 / Mitoribosomal protein us12m / mrps12


分子量: 15257.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A0M3KL52
#66: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S14 / Mitoribosomal protein us14m / mrps14


分子量: 15120.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A0M3KL53
#71: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18C / Mitoribosomal protein bs18m / mrps18c


分子量: 16211.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A0M3KL54
#73: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S22


分子量: 43234.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287AQT5
#75: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S25 / Mitoribosomal protein ms25 / mrps25


分子量: 19954.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A0M3KL55
#76: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S26


分子量: 23637.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287AY01
#77: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S27


分子量: 45761.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A5G2R1I0
#81: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S33


分子量: 16971.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1S8G3
#83: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S2


分子量: 31731.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1S001
#88: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S11


分子量: 20856.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A286ZJJ6
#89: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S34


分子量: 55714.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287AVS9

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 B7B8B9AAAGAI

#2: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 894.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: likely the CCA-end of a tRNA / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#3: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 504908.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Corresponds to GenBan sequence ID NC_012095.1 (positions 1099-2669)
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#4: RNA鎖 CP Phe-tRNA


分子量: 23516.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver
#56: RNA鎖 12S rRNA


分子量: 308452.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Corresponds to NCBI reference sequence NC_012095.1 (positions 72-1031)
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#62: RNA鎖 P-site Met-tRNA(fMet)


分子量: 22664.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Corresponds to GenBank sequence ID LC530718.1 (positions 1-71). In vitro transcribed human tRNA with formyl-methionine attached to the CCA-end of the tRNA.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1208989970
#64: RNA鎖 mRNA


分子量: 2902.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic mRNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
Large ribosomal subunit protein ... , 6種, 6分子 BABGBIBJBsBz

#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22m / 39S ribosomal protein L22 / mitochondrial


分子量: 24313.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A4X1TXR4
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30m / 39S ribosomal protein L30 / mitochondrial


分子量: 18921.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A8D0VJF4
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33m / 39S ribosomal protein L33 / mitochondrial


分子量: 7508.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A4X1TLP9
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL34m / 39S ribosomal protein L34 / mitochondrial


分子量: 10871.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A8D1JE64
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL43


分子量: 17622.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1S8U4
#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL51 / 39S ribosomal protein L51 / mitochondrial


分子量: 15249.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A8D1VKN8

-
39S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 BBBDBKBRBTBXBaBiBjBqBw

#6: タンパク質 39S ribosomal protein L23, mitochondrial


分子量: 17685.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A480JJI1
#8: タンパク質 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27


分子量: 15943.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A4X1U0F6
#15: タンパク質 39S ribosomal protein L35, mitochondrial


分子量: 21548.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A5G2QZK0
#22: タンパク質 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L13


分子量: 22988.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: K7GP19
#24: タンパク質 39S ribosomal protein L15, mitochondrial


分子量: 33481.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A5G2RG26
#28: タンパク質 39S ribosomal protein L19, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L19


分子量: 34528.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: I3LNJ0
#31: タンパク質 39S ribosomal protein L52, mitochondrial


分子量: 17989.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1S9B7
#39: タンパク質 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S30


分子量: 49100.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A480QIM3
#40: タンパク質 39S ribosomal protein L1, mitochondrial


分子量: 34372.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287AF82
#46: タンパク質 39S ribosomal protein L41, mitochondrial


分子量: 15073.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A8D1BPA5
#52: タンパク質 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / 39S ribosomal protein L48 / mitochondrial isoform 1 / Mitochondrial ribosomal protein L48


分子量: 29942.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A480J9Z6

-
タンパク質 , 16種, 16分子 BCBMBUBVBcBfBgBlBrBtBxASAaAcAeAg

#7: タンパク質 uL24m


分子量: 24893.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RHJ1
#17: タンパク質 ICT1 / Mitochondrial ribosomal protein L3


分子量: 43708.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A140UHW4
#25: タンパク質 uL16m


分子量: 28680.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBI Reference Sequence: NP_001231896.1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RI89
#26: タンパク質 bL17m


分子量: 19268.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RMQ4
#33: タンパク質 mL54


分子量: 15957.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Corresponds to NCBI reference sequence XP_003123104.1 (positions 55-183)
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: I3LN63
#36: タンパク質 mL62 (ICT1)


分子量: 23545.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A286ZJR2
#37: タンパク質 mL64


分子量: 25815.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A286ZXA6
#41: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 10841.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287A731
#47: タンパク質 mL42


分子量: 16680.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287BQA1
#49: タンパク質 mL44


分子量: 37527.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1SR64
#53: タンパク質 Mrpl34


分子量: 18957.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Corresponds to NCBI reference sequence NP_001231942.1 (positions 34-166)
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A0R4J8D6
#74: タンパク質 mS23


分子量: 21666.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Corresponds to NCBI reference sequence XP_005669023.1 (positions 2-136)
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287AEW3
#82: タンパク質 Peptide chain release factor 1, mitochondrial / MRF-1 / MtRF-1


分子量: 55569.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human mitochondrial release factor 1 (mtRF1), with a C-terminal linker (GGSGGSG) and a 3xFLAG-tag (DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK), expressed from a pcDNA3.1(+) plasmid in HEK293 EBNA cells.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTRF1 / プラスミド: pCDNA3.1(+) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75570
#84: タンパク質 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1


分子量: 13603.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1SU49
#86: タンパク質 mS39


分子量: 78518.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBI Reference Sequence: XP_005662461.1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: K7GKS8
#87: タンパク質 uS9m


分子量: 45604.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: I3LU08

-
28S ribosomal protein ... , 8種, 8分子 ABALAMANAOAQAYAd

#57: タンパク質 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Mitochondrial ribosomal protein S35


分子量: 41357.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1SG95
#67: タンパク質 28S ribosomal protein S15, mitochondrial


分子量: 29596.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A287AKS1
#68: タンパク質 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S16


分子量: 15182.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A480JTD7
#69: タンパク質 28S ribosomal protein S17, mitochondrial


分子量: 14452.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A8D1IXU1
#70: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2


分子量: 29220.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: Q767K8
#72: タンパク質 28S ribosomal protein S21, mitochondrial


分子量: 10724.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A286ZNB3
#80: タンパク質 28S ribosomal protein S31, mitochondrial


分子量: 43516.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1RME2
#85: タンパク質 28S ribosomal protein S5, mitochondrial isoform X2 / Mitochondrial ribosomal protein S5


分子量: 48213.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: F1SU66

-
Small ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 ADAX

#59: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS38


分子量: 22843.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A8D1P8R7
#79: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS29


分子量: 46966.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A8D1XNL0

-
Mitoribosomal protein ... , 2種, 2分子 AEAW

#60: タンパク質 Mitoribosomal protein bs6m, mrps6


分子量: 14283.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A5K1V0G5
#78: タンパク質 Mitoribosomal protein ms28, mrps28


分子量: 21014.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Liver / 参照: UniProt: A0A0M3KL56

-
非ポリマー , 11種, 388分子

#90: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#91: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#92: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#93: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#94: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#95: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#96: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#97: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S
#98: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#99: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#100: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRF1 and P-site tRNA
タイプ: RIBOSOME
詳細: Mammalian mitochondrial translation termination complex, in vitro reconstituted from porcine mitoribosomal subunits, human mtRF1-3xFLAG, human methionine-tRNA(formyl-methionine), and a ...詳細: Mammalian mitochondrial translation termination complex, in vitro reconstituted from porcine mitoribosomal subunits, human mtRF1-3xFLAG, human methionine-tRNA(formyl-methionine), and a synthetic mRNA (5'-A AUG AGA CAA-3') containing the non-canonical stop codon AGA.
Entity ID: #1-#47, #49-#87, #89 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 細胞内の位置: Mitochondrial matrix / 器官: Liver / Organelle: Mitochondrion
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES-KOH pH=7.5, 100mM KCl, 20mM MgCl2, ~1% sucrose (from mtRF1 storage buffer)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMpotassium chlorideKCl1
320 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: In vitro reconstituted complex.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6973
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4CTF補正
7Coot0.9.8.4モデルフィッティング
9cryoSPARC4初期オイラー角割当
10cryoSPARC4最終オイラー角割当
12cryoSPARC4３次元再構成
13PHENIX1.20.1モデル精密化
画像処理詳細: Micrographs were motion corrected and CTF parameters were estimated using Cryosparc live v4.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1471587
詳細: Particles were picked with blob picker in Cryosparc live v4.
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50622 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDAccession code詳細Initial refinement model-IDSource nameタイプ
17NQH

7nqh

7NQHSus scrofa mitoribosome1PDBexperimental model
27QI4

7qi4

7QI4High-res mammalian mitoribosome2PDBexperimental model
3UniProt AF-O75570-F1mtRF1 model prediction3AlphaFoldin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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