PDB-8jn1: Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jn1

タイトル

Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19 in complex with human antibody DENV-115 IgG at 4 deg C (subparticle LLR-LRR)

要素

(Human antibody DENV-115 ...) x 2
Envelope protein (Fragment)
Polyprotein

キーワード

VIRUS / dengue virus / human antibody / dengue-antibody structure

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Fibriansah, G. / Ng, T.S. / Tan, A.W.K. / Shi, J. / Lok, S.M.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ultrapotent human antibodies lock E protein dimers of diverse DENV3 morphological variants
著者: Fibriansah, G. / Ng, T.S. / Lim, X.N. / Shebanova, A. / Ng, L.C. / Tan, S.L. / Tan, A.W.K. / Shi, J. / Crowe, J.E. / Lok, S.M.

履歴

登録	2023年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jn1.cif.gz	330.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jn1.ent.gz	272.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jn1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jn1_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jn1_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8jn1_validation.xml.gz	61.2 KB	表示
CIF形式データ	8jn1_validation.cif.gz	89.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/8jn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/8jn1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	36429MC 36430C 36431C 36432C 36433C 36434C 36435C 36436C 36437C 36438C 36439C 36440C 36441C 8jn2C 8jn3C 8jn4C 8jn5C 8jn6C 8jn7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (18) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (17)

登録構造単位

A: Envelope protein (Fragment)

B: Polyprotein

C: Envelope protein (Fragment)

D: Polyprotein

E: Envelope protein (Fragment)

F: Polyprotein

H: Human antibody DENV-115 heavy chain

L: Human antibody DENV-115 light chain

ヘテロ分子

214 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelope protein (Fragment)

B: Polyprotein

C: Envelope protein (Fragment)

D: Polyprotein

E: Envelope protein (Fragment)

F: Polyprotein

H: Human antibody DENV-115 heavy chain

L: Human antibody DENV-115 light chain

ヘテロ分子

A: Envelope protein (Fragment)

B: Polyprotein

C: Envelope protein (Fragment)

D: Polyprotein

E: Envelope protein (Fragment)

F: Polyprotein

H: Human antibody DENV-115 heavy chain

L: Human antibody DENV-115 light chain

ヘテロ分子

complete point assembly
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
429 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
point asymmetric unit
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

3

登録構造と同一（異なる座標系）
point asymmetric unit, std point frame

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: C₂ (2回回転対称))

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質	Envelope protein (Fragment) 分子量: 53731.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: A0A173H1Z3
#2: タンパク質	Polyprotein 分子量: 8365.854 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) 遺伝子: PrM/M, E / 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: A0A330J7Q8

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体	Human antibody DENV-115 heavy chain 分子量: 13607.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): EXPI293F / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体	Human antibody DENV-115 light chain 分子量: 11496.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): EXPI293F / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 6分子

#5: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	Dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19 in complex with human antibody DENV-115 IgG at 4 deg C	COMPLEX	#1-#4	0	MULTIPLE SOURCES
2	Dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19	COMPLEX	#1-#2	1	RECOMBINANT
3	Human antibody DENV-115 IgG (heavy and light chain)	COMPLEX	#3-#4	1	RECOMBINANT

分子量

ID	Entity assembly-ID	実験値
1	1	NO
2	1	NO
3	1	NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	3	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	2	Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)	7160

ウイルスについての詳細

ID	Entity assembly-ID	中空か	エンベロープを持つか	単離	タイプ
1	1	NO	YES	STRAIN	VIRION
2	2
3	3

緩衝液

pH: 8
詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA)

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The purified virus was mixed with DENV-115 IgG at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and then the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min.

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 4600 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影	電子線照射量: 22.8 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
7	UCSF Chimera	モデルフィッティング
9	PHENIX	モデル精密化
11	RELION	最終オイラー角割当
13	RELION	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₂ (2回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181866 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

ID	PDB-ID	3D fitting-ID	Accession code	Initial refinement model-ID	Source name	タイプ
1	3J6S 3j6s	1	3J6S	1	PDB	experimental model
2	5IFA 5ifa	1	5IFA	2	PDB	experimental model
3	6QB6 6qb6	1	6QB6	3	PDB	experimental model

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	30572
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.588	41418
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.001	4236
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.044	4848
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	5162

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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