PDB-8jeo: Crystal structure of TIGIT in complexed with Tiragolumab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jeo

タイトル

Crystal structure of TIGIT in complexed with Tiragolumab

要素

T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
antibody heavy chain
antibody light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunotherapy / antibody / checkpoint inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of T cell activation / negative regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-10 production / signaling receptor binding / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Sun, J. / Zhang, X.X. / Song, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the unique pH-responsive characteristics of the anti-TIGIT therapeutic antibody Ociperlimab.
著者: Sun, J. / Zhang, X. / Xue, L. / Cheng, L. / Zhang, J. / Chen, X. / Shen, Z. / Li, K. / Wang, L. / Huang, C. / Song, J.

履歴

登録	2023年5月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jeo.cif.gz	451 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jeo.ent.gz	371.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jeo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jeo_validation.pdf.gz	469.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jeo_full_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示
XML形式データ	8jeo_validation.xml.gz	46 KB	表示
CIF形式データ	8jeo_validation.cif.gz	67 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jeo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jeo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jelC 8jenC 8jepC 8jeqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

B: antibody heavy chain

C: antibody light chain

D: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

E: antibody heavy chain

F: antibody light chain

125 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

B: antibody heavy chain

C: antibody light chain

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, chain B, C, A chain E, F, D
62.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

E: antibody heavy chain

F: antibody light chain

登録者が定義した集合体
62.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	214.161, 214.161, 66.885
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 9 / V-set and transmembrane domain-containing protein 3 分子量: 12759.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIGIT, VSIG9, VSTM3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q495A1
#2: 抗体	antibody heavy chain 分子量: 25410.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	antibody light chain 分子量: 24246.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M ammonium citrate tribasic pH 7.4, 14% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.06→151.4 Å / Num. obs: 94450 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.219 / R_rim(I) all: 0.239 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.06-2.18	1.633	29063	0.416	1.791	1
2.18-2.33	1.19	27974	0.623	1.305	1
2.33-2.52	0.865	26124	0.806	0.944	1
2.52-2.76	0.579	24023	0.903	0.633	1
2.76-3.08	0.371	21717	0.965	0.403	1
3.08-3.56	0.239	19153	0.979	0.261	1
3.56-4.35	0.171	16193	0.986	0.186	1
4.35-6.13	0.133	12568	0.988	0.146	1
6.13-10	0.088	6978	0.994	0.096	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.06→48.81 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2055	4748	5.05 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.174	94078	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→48.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8400	0	0	682	9082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8600
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912	11730
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.541	1166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1337
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1497

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.08	0.3326	134	0.3001	2635	X-RAY DIFFRACTION	88
2.08-2.1	0.3772	133	0.2702	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2731	169	0.2456	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.2278	167	0.2292	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.2728	156	0.2178	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.22	0.2487	143	0.2135	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.25	0.2498	166	0.2106	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.2496	140	0.2021	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.2215	155	0.1945	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.35	0.2459	175	0.1915	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.39	0.2344	137	0.1956	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.44	0.2409	157	0.1949	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.49	0.2596	172	0.1986	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.54	0.2346	135	0.1915	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.59	0.2367	164	0.1876	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.65	0.2375	178	0.1892	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.72	0.2413	146	0.1878	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.79	0.2229	157	0.1788	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.87	0.2455	130	0.1879	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.97	0.2618	141	0.1939	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.07	0.2215	163	0.189	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.19	0.2478	132	0.184	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.34	0.2211	175	0.1868	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.52	0.2072	179	0.1782	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.74	0.2038	193	0.1669	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-4.02	0.1896	146	0.155	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.43	0.1593	161	0.1394	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-5.07	0.1531	176	0.1285	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
5.07-6.38	0.1945	188	0.1478	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
6.39-48.81	0.1624	180	0.1613	3120	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 82.4829 Å / Origin y: 47.3199 Å / Origin z: 35.3628 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.263 Å²	0.0348 Å²	-0.0398 Å²	-	0.2816 Å²	-0.0135 Å²	-	-	0.2854 Å²
L	0.2283 °²	-0.0978 °²	0.0118 °²	-	0.3469 °²	0.0787 °²	-	-	0.3505 °²
S	-0.0255 Å °	-0.0172 Å °	0.0462 Å °	0.0202 Å °	-0.0018 Å °	-0.0164 Å °	-0.0712 Å °	-0.0151 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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