[日本語] English
万見
- PDB-8j9o: Cryo-EM structure of inactive FZD1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j9o
タイトルCryo-EM structure of inactive FZD1
要素
  • Frizzled-1,Soluble cytochrome b562
  • anti-BRIL Fab Heavy Chain
  • anti-BRIL Fab Light Chain
  • anti-Fab nanobody
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Frizzled / class-F / FZD1 / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


muscular septum morphogenesis / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / autocrine signaling / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / presynapse assembly / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis / endothelial cell differentiation / Wnt-protein binding ...muscular septum morphogenesis / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / autocrine signaling / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / presynapse assembly / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis / endothelial cell differentiation / Wnt-protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / hard palate development / frizzled binding / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / Wnt signalosome / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / outflow tract morphogenesis / negative regulation of BMP signaling pathway / regulation of presynapse assembly / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / TCF dependent signaling in response to WNT / Asymmetric localization of PCP proteins / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / neuron differentiation / cell-cell signaling / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / signaling receptor binding / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / heme binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like ...Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Frizzled-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
Mus (ネズミ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lin, X. / Xu, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: A framework for Frizzled-G protein coupling and implications to the PCP signaling pathways.
著者: Zhibin Zhang / Xi Lin / Ling Wei / Yiran Wu / Lu Xu / Lijie Wu / Xiaohu Wei / Suwen Zhao / Xiangjia Zhu / Fei Xu /
要旨: The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. ...The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. Understanding FZD activation mechanism is key to unlock these emerging targets. Here we present the cryo-EM structures of FZD6 and FZD3 which are known to relay non-canonical planar cell polarity (PCP) signaling pathways as well as FZD1 in their G protein-coupled states and in the apo inactive states, respectively. Comparison of the three inactive/active pairs unveiled a shared activation framework among all ten FZDs. Mutagenesis along with imaging and functional analysis on the human lens epithelial tissues suggested potential crosstalk between the G-protein coupling of FZD6 and the PCP signaling pathways. Together, this study provides an integrated understanding of FZD structure and function, and lays the foundation for developing therapeutic modulators to activate or inhibit FZD signaling for a range of disorders including cancers and cataracts.
履歴
登録2023年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Frizzled-1,Soluble cytochrome b562
B: anti-BRIL Fab Heavy Chain
C: anti-Fab nanobody
D: anti-BRIL Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,0184
ポリマ－141,0184
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Frizzled-1,Soluble cytochrome b562 / Fz-1 / hFz1 / FzE1


分子量: 75034.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: inactive FZD1
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: FZD1, cybC / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UP38, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 anti-BRIL Fab Heavy Chain


分子量: 28035.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus (ネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 抗体 anti-Fab nanobody


分子量: 13390.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 anti-BRIL Fab Light Chain


分子量: 24557.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus (ネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Frizzled-1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Escherichia coli (大腸菌)562
31Mus (ネズミ)10088
41Vicugna pacos (アルパカ)30538
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
21Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
31Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 327768 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0057826
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69910644
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.0151081
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041195
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071344

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る