PDB-8iub: Crystal structure of GH66 endodextranase from Flavobacterium john...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iub

タイトル

Crystal structure of GH66 endodextranase from Flavobacterium johnsoniae in complex with isomaltotriose

要素

Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase / GH66 / dextran / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Nakamura, S. / Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Bacteroidota polysaccharide utilization system for branched dextran exopolysaccharides from lactic acid bacteria.
著者: Nakamura, S. / Kurata, R. / Tonozuka, T. / Funane, K. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iub.cif.gz	583.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iub.ent.gz	361.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iu8C 8iu9C 8iuaC 8iucC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

ヘテロ分子

65.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: PISA analysis predicted it as a monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.911, 91.058, 137.354
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

分子量: 64578.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
遺伝子: Fjoh_4431 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FBI2

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-6DGlcpa1-6DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a6-b1_b6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100mM Tris-HCl, pH 8.5-9.0, 200mM lithium sulfate, 20% PEG 4000 PH範囲: 8.5-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.18→45.78 Å / Num. obs: 173012 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.18→1.2 Å / R_merge(I) obs: 0.975 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 173012 / CC_1/2: 0.804 / R_pim(I) all: 0.302 / R_rim(I) all: 1.065

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.18→45.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.542 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1896	8674	5.016 %
R_work	0.1626	164236	-
all	0.164	-	-
obs	-	172910	99.81 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.527 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.318 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.528 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→45.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4341	0	42	540	4923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	4542
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4122
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.648	1.644	6182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.567	1.574	9498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.268	5	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.228	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.328	10	731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.568	10	223
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.033	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.076	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.104	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.158	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.474	0.648	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.474	0.648	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.696	1.167	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.696	1.167	2776
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.552	0.766	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.549	0.764	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.774	1.358	3407
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.77	1.354	3402
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.263	8.561	5360
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.197	6.968	5237
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.339	3	8664

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.18-1.211	0.27	597	0.232	11947	0.233	12663	0.945	0.96	99.0603	0.214
1.211-1.244	0.236	588	0.218	11714	0.219	12363	0.956	0.965	99.5066	0.198
1.244-1.28	0.236	639	0.203	11353	0.204	12042	0.958	0.969	99.5848	0.183
1.28-1.319	0.224	602	0.19	11067	0.192	11714	0.963	0.974	99.6158	0.169
1.319-1.362	0.219	567	0.175	10717	0.177	11305	0.965	0.978	99.8142	0.154
1.362-1.41	0.197	529	0.168	10430	0.169	10972	0.972	0.98	99.8815	0.146
1.41-1.463	0.195	583	0.163	9995	0.165	10586	0.972	0.981	99.9244	0.141
1.463-1.523	0.188	491	0.151	9709	0.153	10203	0.975	0.984	99.9706	0.131
1.523-1.591	0.201	469	0.151	9338	0.153	9807	0.971	0.984	100	0.132
1.591-1.668	0.175	490	0.144	8922	0.146	9413	0.979	0.985	99.9894	0.128
1.668-1.758	0.197	446	0.147	8482	0.15	8928	0.972	0.985	100	0.132
1.758-1.865	0.18	452	0.153	7995	0.154	8447	0.978	0.984	100	0.139
1.865-1.993	0.182	380	0.155	7636	0.156	8016	0.975	0.984	100	0.145
1.993-2.153	0.18	378	0.161	7048	0.162	7427	0.978	0.983	99.9865	0.153
2.153-2.358	0.193	332	0.162	6552	0.164	6886	0.976	0.981	99.971	0.157
2.358-2.635	0.182	317	0.164	5939	0.165	6257	0.976	0.981	99.984	0.163
2.635-3.041	0.184	306	0.166	5243	0.167	5549	0.978	0.981	100	0.168
3.041-3.72	0.188	224	0.157	4497	0.159	4721	0.976	0.984	100	0.168
3.72-5.244	0.172	178	0.144	3560	0.146	3739	0.981	0.988	99.9733	0.162
5.244-45.57	0.158	106	0.174	2093	0.174	2199	0.987	0.981	100	0.192

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.498	0.233	-0.0242	2.516	-0.2148	2.4578	-0.0308	0.2671	0.0147	-0.5477	0.0421	-0.0758	-0.2715	0.1633	-0.0113	0.1875	-0.0185	-0.0067	0.0891	0.0042	0.076	-7.592	34.1368	-51.7952
2	0.3822	-0.0156	-0.0415	0.7579	0.3579	1.0095	-0.0254	-0.0021	-0.0897	0.0131	0.0172	0.0264	0.0338	0.0206	0.0082	0.0027	0.0015	0.0075	0.0156	0.0165	0.0746	0.804	18.0762	-30.162

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	41 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	117 - 586

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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