PDB-8iu8: Crystal structure of GH66 endodextranase from Flavobacterium john...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iu8

タイトル

Crystal structure of GH66 endodextranase from Flavobacterium johnsoniae

要素

Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase / GH66 / dextran / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Nakamura, S. / Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Bacteroidota polysaccharide utilization system for branched dextran exopolysaccharides from lactic acid bacteria.
著者: Nakamura, S. / Kurata, R. / Tonozuka, T. / Funane, K. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iu8.cif.gz	556.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iu8.ent.gz	351.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iu8_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iu8_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	8iu8_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	8iu8_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iu8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iu9C 8iuaC 8iubC 8iucC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

ヘテロ分子

64.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: PISA analysis predicted it as a monomer.

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.241, 48.409, 76.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.601, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66 分子量: 64578.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア) 遺伝子: Fjoh_4431 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FBI2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100mM Tris-HCl, pH 8.5-9.0, 200mM lithium sulfate, 20% PEG 4000 PH範囲: 8.5-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→47.3 Å / Num. obs: 47439 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / R_merge(I) obs: 0.875 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 47439 / CC_1/2: 0.87 / R_pim(I) all: 0.546 / R_rim(I) all: 1.033

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→47.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 7.221 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2304	2332	4.917 %
R_work	0.1748	45096	-
all	0.177	-	-
obs	-	47428	99.637 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.254 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.714 Å²	-0 Å²	-0.286 Å²
2-	-	-0.5 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.938 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4341	0	6	355	4702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.011	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.151	1.642	6113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.748	1.574	9397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.294	5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.722	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.865	10	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.138	10	224
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	5311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	3927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.168	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.927	1.615	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.926	1.615	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.546	2.889	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.546	2.888	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.809	1.814	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.808	1.814	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.902	3.231	3353
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.901	3.232	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.783	17.001	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.766	16.253	5174

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.288	170	0.267	3301	0.268	3472	0.936	0.946	99.9712	0.252
1.898-1.95	0.243	139	0.214	3289	0.215	3429	0.959	0.965	99.9708	0.195
1.95-2.006	0.27	170	0.21	3133	0.213	3303	0.949	0.968	100	0.189
2.006-2.068	0.245	156	0.197	3034	0.199	3192	0.96	0.973	99.9373	0.177
2.068-2.136	0.269	158	0.197	2937	0.201	3103	0.952	0.975	99.7422	0.177
2.136-2.21	0.242	156	0.178	2887	0.181	3048	0.962	0.979	99.836	0.16
2.21-2.294	0.243	148	0.177	2753	0.181	2904	0.963	0.978	99.8967	0.156
2.294-2.387	0.249	148	0.182	2672	0.186	2823	0.959	0.979	99.8937	0.16
2.387-2.493	0.257	127	0.177	2547	0.181	2679	0.961	0.981	99.8134	0.157
2.493-2.614	0.28	143	0.178	2410	0.183	2568	0.956	0.981	99.4159	0.162
2.614-2.755	0.253	132	0.174	2295	0.178	2446	0.963	0.982	99.2232	0.16
2.755-2.922	0.262	121	0.178	2217	0.182	2357	0.954	0.979	99.1939	0.164
2.922-3.123	0.247	92	0.186	2084	0.189	2185	0.961	0.977	99.5881	0.177
3.123-3.372	0.203	98	0.177	1933	0.178	2038	0.971	0.982	99.6565	0.174
3.372-3.692	0.219	93	0.164	1776	0.166	1887	0.973	0.985	99.0461	0.165
3.692-4.124	0.184	85	0.15	1615	0.152	1723	0.977	0.986	98.6651	0.158
4.124-4.756	0.155	74	0.132	1436	0.133	1527	0.986	0.99	98.8867	0.142
4.756-5.81	0.218	54	0.141	1221	0.144	1280	0.98	0.989	99.6094	0.15
5.81-8.156	0.16	45	0.146	985	0.147	1037	0.976	0.986	99.325	0.157
8.156-47.3	0.248	23	0.193	571	0.195	597	0.958	0.978	99.4975	0.21

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0737	0.4255	0.6885	1.9699	0.0881	1.2793	0.0068	-0.1129	-0.1054	0.2167	-0.0439	-0.095	0.1185	0.0933	0.0371	0.2337	0.0298	0.0441	0.0257	0.0183	0.0236	-22.485	-33.273	-20.423
2	1.2557	-0.0264	-0.438	1.2809	-0.1017	1.1837	-0.0208	0.0073	0.1197	0.1808	-0.0092	0.0343	-0.0398	0.0169	0.03	0.1966	0.0022	0.0305	0.0015	0.0025	0.0231	-29.188	-18.397	-16.772

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	39 - 246
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	247 - 586

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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