PDB-8iu9: Crystal structure of GH66 endodextranase from Flavobacterium john...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iu9

タイトル

Crystal structure of GH66 endodextranase from Flavobacterium johnsoniae in complex with glucose

要素

Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase / GH66 / dextran / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nakamura, S. / Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Bacteroidota polysaccharide utilization system for branched dextran exopolysaccharides from lactic acid bacteria.
著者: Nakamura, S. / Kurata, R. / Tonozuka, T. / Funane, K. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iu9.cif.gz	553.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iu9.ent.gz	349.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iu9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iu9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iu8C 8iuaC 8iubC 8iucC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

ヘテロ分子

65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: PISA analysis predicted it as a monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.181, 48.381, 76.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.405, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Candidate dextranase Glycoside hydrolase family 66

分子量: 64578.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
遺伝子: Fjoh_4431 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FBI2

#2: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100mM Tris-HCl, pH 8.5-9.0, 200mM lithium sulfate, 20% PEG 4000 PH範囲: 8.5-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.26 Å / Num. obs: 50429 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.083 / R_rim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.963 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 50429 / CC_1/2: 0.854 / R_pim(I) all: 0.591 / R_rim(I) all: 1.133

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→47.256 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 9.796 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2593	2464	4.886 %
R_work	0.2061	47964	-
all	0.209	-	-
obs	-	50428	98.258 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.053 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.111 Å²	0 Å²	1.288 Å²
2-	-	-0.833 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.714 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.256 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4353	0	37	263	4653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	4516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4101
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.165	1.645	6141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.72	1.574	9442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.964	5	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.146	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.967	10	723
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.033	10	223
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	662
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	873
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.093	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.049	0.92	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.049	0.92	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.532	1.647	2750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.532	1.647	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.682	1.09	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.682	1.091	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.508	1.938	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.507	1.939	3392
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.483	10.025	5177
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.486	9.425	5137

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.346	151	0.32	3518	0.321	3784	0.897	0.911	96.9609	0.289
1.847-1.897	0.345	179	0.294	3361	0.297	3627	0.908	0.927	97.6013	0.261
1.897-1.952	0.337	190	0.275	3290	0.279	3576	0.914	0.938	97.3154	0.24
1.952-2.012	0.313	163	0.254	3207	0.257	3474	0.931	0.949	97.0063	0.218
2.012-2.078	0.279	160	0.247	3150	0.249	3365	0.941	0.953	98.3655	0.212
2.078-2.151	0.331	166	0.245	3021	0.25	3244	0.923	0.957	98.2429	0.214
2.151-2.232	0.281	163	0.214	2881	0.217	3117	0.953	0.967	97.658	0.183
2.232-2.323	0.278	145	0.205	2869	0.209	3076	0.955	0.971	97.9844	0.178
2.323-2.426	0.274	145	0.207	2697	0.21	2895	0.951	0.972	98.1693	0.178
2.426-2.544	0.251	126	0.188	2616	0.191	2782	0.965	0.978	98.5622	0.16
2.544-2.681	0.282	120	0.195	2481	0.199	2632	0.95	0.977	98.8222	0.172
2.681-2.843	0.294	114	0.202	2366	0.206	2510	0.947	0.974	98.8048	0.181
2.843-3.039	0.275	114	0.204	2245	0.208	2383	0.951	0.972	98.9929	0.188
3.039-3.281	0.252	111	0.204	2040	0.207	2168	0.956	0.975	99.2159	0.194
3.281-3.592	0.204	91	0.175	1943	0.177	2047	0.977	0.984	99.3649	0.169
3.592-4.013	0.21	84	0.177	1760	0.178	1851	0.973	0.983	99.6218	0.174
4.013-4.629	0.237	81	0.165	1540	0.169	1634	0.967	0.984	99.2044	0.166
4.629-5.655	0.204	76	0.173	1322	0.174	1404	0.976	0.985	99.5726	0.174
5.655-7.941	0.166	50	0.17	1044	0.17	1097	0.981	0.984	99.7265	0.169
7.941-47.256	0.17	35	0.16	613	0.16	653	0.982	0.986	99.2343	0.176

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.415	0.8182	0.0415	2.9635	-0.9423	1.9632	0.0388	-0.1525	-0.0864	0.1423	0.0967	0.3964	0.1645	-0.2752	-0.1355	0.3742	-0.0029	0.0031	0.0691	0.0293	0.0913	-41.086	-40.238	-24.686
2	2.0771	0.9784	0.3473	1.5891	0.0543	0.7801	-0.0296	-0.0973	-0.1835	0.1531	-0.0289	-0.3524	0.1711	0.137	0.0585	0.354	0.0334	-0.0509	0.0497	0.017	0.0887	-11.155	-31.786	-17.366
3	1.5501	0.0025	-0.1384	3.5357	-1.6655	2.3196	-0.0815	-0.1211	0.3149	0.3317	-0.0593	-0.5739	-0.3387	0.4332	0.1407	0.265	-0.0061	-0.1269	0.1848	0.0091	0.2648	0.469	-16.236	-18.682
4	1.1897	0.0834	-0.3583	1.0157	-0.2876	1.1414	-0.0374	-0.054	0.1652	0.1416	-0.0212	-0.032	-0.0494	0.0431	0.0586	0.3263	0.0059	-0.0476	0.0035	-0.0053	0.0382	-24.839	-17.701	-16.785
5	1.4156	0.5034	0.5653	1.6167	0.6045	2.6907	-0.0148	0.0331	0.0022	-0.0043	-0.0107	0.4019	-0.1363	-0.4358	0.0255	0.3691	0.0302	0.0078	0.0846	0.0104	0.1152	-48.427	-18.91	-15.797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	38 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	129 - 228
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	229 - 287
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	288 - 481
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	482 - 586

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