PDB-8iuc: Crystal structure of GH65 alpha-1,2-glucosidase from Flavobacteri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iuc

タイトル

Crystal structure of GH65 alpha-1,2-glucosidase from Flavobacterium johnsoniae in complex with isomaltose

要素

Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase / GH65 / kojibiose / (alpha/alpha)6-barrel / dextran

機能・相同性

機能・相同性情報

kojibiose hydrolase / glycosyltransferase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Nakamura, S. / Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Bacteroidota polysaccharide utilization system for branched dextran exopolysaccharides from lactic acid bacteria.
著者: Nakamura, S. / Kurata, R. / Tonozuka, T. / Funane, K. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	8iuc_validation.cif.gz	125 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iuc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iuc	HTTPS FTP

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関連構造データ

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-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

B: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

C: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

ヘテロ分子

232 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

B: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

C: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

ヘテロ分子

A: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

B: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

C: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
465 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.938, 194.090, 111.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.348, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1255- HOH

#1: タンパク質

Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65 / alpha-1 / 2-glucosidase

分子量: 76489.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
遺伝子: Fjoh_4428 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FBJ5

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-6DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a6-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 300mM ammonium citrate, pH 7.0-8.0, 10mM TCEP, 12% PEG 3350 PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→48.54 Å / Num. obs: 326516 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.56→1.59 Å / R_merge(I) obs: 0.947 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 326516 / CC_1/2: 0.813 / R_pim(I) all: 0.644 / R_rim(I) all: 1.15

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→44.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 5.073 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2114	16344	5.01 %
R_work	0.1873	309888	-
all	0.188	-	-
obs	-	326232	98.263 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.046 Å²	0 Å²	1.149 Å²
2-	-	-3.159 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.728 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→44.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15741	0	189	1414	17344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	16579
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	15453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.974	1.652	22505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.673	1.572	35699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.063	5	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.312	5	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.994	10	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.991	10	770
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	19269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	14415
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	7919
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	8560
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.454	1.372	8054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.454	1.372	8054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.941	2.462	10111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.942	2.462	10112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.501	1.632	8525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.5	1.632	8526
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.648	2.86	12377
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.648	2.86	12378
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.342	14.864	19166
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.315	13.605	18840

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.56-1.6	0.335	1194	0.318	22635	0.319	24557	0.862	0.873	97.0355	0.291
1.6-1.644	0.316	1166	0.301	22041	0.302	23881	0.871	0.889	97.1777	0.273
1.644-1.692	0.287	1108	0.282	21516	0.283	23209	0.913	0.907	97.4794	0.253
1.692-1.744	0.262	1096	0.252	20892	0.253	22522	0.93	0.935	97.629	0.225
1.744-1.801	0.249	1100	0.231	20325	0.232	21906	0.94	0.949	97.8043	0.203
1.801-1.864	0.234	1052	0.21	19658	0.212	21140	0.951	0.961	97.9659	0.184
1.864-1.934	0.228	993	0.193	18999	0.194	20372	0.959	0.971	98.1347	0.17
1.934-2.013	0.216	1034	0.181	18249	0.183	19658	0.967	0.977	98.0924	0.161
2.013-2.102	0.217	926	0.18	17619	0.182	18853	0.969	0.978	98.3663	0.16
2.102-2.205	0.211	877	0.173	16858	0.175	18025	0.97	0.98	98.3911	0.155
2.205-2.324	0.219	820	0.172	16060	0.174	17124	0.967	0.981	98.5751	0.155
2.324-2.464	0.201	755	0.162	15278	0.163	16237	0.975	0.984	98.7436	0.147
2.464-2.634	0.218	714	0.162	14365	0.164	15240	0.971	0.984	98.9436	0.149
2.634-2.844	0.189	717	0.164	13383	0.165	14210	0.976	0.984	99.2259	0.155
2.844-3.114	0.199	645	0.173	12368	0.174	13108	0.975	0.982	99.2752	0.167
3.114-3.48	0.2	576	0.186	11182	0.187	11829	0.977	0.982	99.3998	0.185
3.48-4.014	0.181	552	0.169	9857	0.17	10445	0.983	0.985	99.6553	0.173
4.014-4.906	0.159	433	0.148	8405	0.149	8857	0.986	0.988	99.7855	0.16
4.906-6.897	0.211	383	0.196	6498	0.197	6898	0.983	0.987	99.7536	0.207
6.897-44.71	0.18	203	0.169	3702	0.17	3915	0.983	0.986	99.7446	0.185

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4817	-0.1567	-0.2868	1.2039	0.5965	0.5867	-0.0062	0.0975	-0.0709	-0.0931	-0.0816	0.2833	-0.0189	-0.163	0.0877	0.0954	-0.0081	-0.0035	0.0944	0.0036	0.0993	-35.036	-11.991	0.112
2	1.0299	0.1674	0.2468	1.1015	0.0488	0.6369	0.0029	-0.1871	0.1315	0.1929	-0.048	0.2616	-0.0076	-0.0588	0.0452	0.1305	0.0182	0.0689	0.0902	-0.0239	0.0777	-30.817	11.878	24.953
3	0.4223	-0.055	0.0753	1.7112	-0.1792	0.9521	-0.0058	-0.0473	0.1882	0.0058	-0.0965	-0.3403	-0.1383	0.1982	0.1023	0.1166	-0.006	-0.0053	0.1228	0.0095	0.1442	17.233	8.872	20.311
4	0.4249	0.1391	-0.0026	1.1734	-0.3728	0.7519	0.035	-0.184	0.064	0.322	-0.0938	-0.0963	-0.0128	0.0797	0.0588	0.1686	-0.0174	-0.0155	0.1479	-0.0228	0.0236	10.902	-0.662	34.557
5	1.0955	-0.0688	-0.0678	0.7841	-0.2015	0.3089	0.0067	-0.0319	-0.1701	0.0695	-0.023	-0.1077	0.0719	0.043	0.0164	0.1388	0.014	0.0009	0.0744	0.0055	0.0516	11.031	-41.764	16.968
6	1.0804	-0.1542	0.2041	0.9492	-0.0979	0.5209	-0.0041	-0.2069	-0.1294	0.1891	0.0158	0.1302	0.0103	-0.072	-0.0117	0.1552	-0.0304	0.0533	0.098	0.0177	0.0373	-24.167	-42.815	26.705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	23 - 353
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	354 - 681

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