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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i4x | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 5-subunit Smc5/6 | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Smc5-Smc6 complex / resolution of DNA recombination intermediates / chromosome separation / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / SUMO ligase activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / ATPase inhibitor activity / chromatin looping / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / protein serine/threonine kinase inhibitor activity ...Smc5-Smc6 complex / resolution of DNA recombination intermediates / chromosome separation / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / SUMO ligase activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / ATPase inhibitor activity / chromatin looping / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / SUMO transferase activity / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / protein sumoylation / double-strand break repair via homologous recombination / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å | ||||||
データ登録者 | Qian, L. / Jun, Z. / Xiang, Z. / Zhaoning, W. / Tong, C. / Duo, J. / Zhenguo, C. / Wang, L. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of Smc5/6 in multiple states reveal its assembly and functional mechanisms. 著者: Qian Li / Jun Zhang / Cory Haluska / Xiang Zhang / Lei Wang / Guangfeng Liu / Zhaoning Wang / Duo Jin / Tong Cheng / Hongxia Wang / Yuan Tian / Xiangxi Wang / Lei Sun / Xiaolan Zhao / Zhenguo ...著者: Qian Li / Jun Zhang / Cory Haluska / Xiang Zhang / Lei Wang / Guangfeng Liu / Zhaoning Wang / Duo Jin / Tong Cheng / Hongxia Wang / Yuan Tian / Xiangxi Wang / Lei Sun / Xiaolan Zhao / Zhenguo Chen / Lanfeng Wang / 要旨: Smc5/6 is a member of the eukaryotic structural maintenance of chromosomes (SMC) family of complexes with important roles in genome maintenance and viral restriction. However, limited structural ...Smc5/6 is a member of the eukaryotic structural maintenance of chromosomes (SMC) family of complexes with important roles in genome maintenance and viral restriction. However, limited structural understanding of Smc5/6 hinders the elucidation of its diverse functions. Here, we report cryo-EM structures of the budding yeast Smc5/6 complex in eight-subunit, six-subunit and five-subunit states. Structural maps throughout the entire length of these complexes reveal modularity and key elements in complex assembly. We show that the non-SMC element (Nse)2 subunit supports the overall shape of the complex and uses a wedge motif to aid the stability and function of the complex. The Nse6 subunit features a flexible hook region for attachment to the Smc5 and Smc6 arm regions, contributing to the DNA repair roles of the complex. Our results also suggest a structural basis for the opposite effects of the Nse1-3-4 and Nse5-6 subcomplexes in regulating Smc5/6 ATPase activity. Collectively, our integrated structural and functional data provide a framework for understanding Smc5/6 assembly and function. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i4x.cif.gz | 617.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i4x.ent.gz | 495 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i4x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8i4x_validation.pdf.gz | 636.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8i4x_full_validation.pdf.gz | 682.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8i4x_validation.xml.gz | 83.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8i4x_validation.cif.gz | 127 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/8i4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/8i4x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35187MC 7ylmC 7ymdC 7yqhC 8hqsC 8i13C 8i21C 8i4uC 8i4vC 8i4wC 8wjlC 8wjnC 8wjoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 123390.031 Da / 分子数: 1 / 変異: M824A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: SMC5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q08204 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 126889.375 Da / 分子数: 1 / 変異: L464A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: SMC6, RHC18, YLR383W, L3502.2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q12749 |
#3: タンパク質 | 分子量: 30388.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: MMS21, NSE2, YEL019C 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P38632, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの |
#4: タンパク質 | 分子量: 44498.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: KRE29 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P40026 |
#5: タンパク質 | 分子量: 64079.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: NSE5, YML023C 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q03718 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of 5-subunit Smc5/6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288C |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268567 / 対称性のタイプ: POINT |